Heatmap: Cluster_1 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Light - ZT1
Light - ZT3
Light - ZT5
Light - ZT7
Light - ZT9
Light - ZT11
Light - ZT13
Light - ZT15
Dark - ZT17
Dark - ZT19
Dark - ZT21
Dark - ZT23
Light - ZT25
Nutrient stress - Low nitrogen - 10%
Nutrient stress - Low phosphate - 0%
Nutrient stress - Low sulfate - 2%
Nutrient stress - Low micronutrients - 0%
Nutrient stress - NaCl - 75 mM
Nutrient stress - Mannitol - 100 mM
Nutrient stress - Control
Environmental stress - Prolonged darkness - 72h
Environmental stress - Cold - 4C
Environmental stress - Heat - 37C
Environmental stress - Control
Environmental stress - High light - 150 uE
Environmental stress - Control high light - 40 uE
- - - - - 4.37 - - - - - 1.69 - - - - - 1.05 - - - - - - - -
- 1.96 - - - - - - - 1.77 - - - 1.24 - - - - - 1.44 - - 3.77 - - -
- - - 2.41 - - - - - 2.22 - - - - - - - - - 3.11 - 1.94 - - - 1.83
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
0.64 -1.86 -0.32 -0.42 0.74 1.46 0.59 0.45 1.2 1.48 -1.43 1.24 - -2.03 -1.53 -0.38 - - 0.42 - -1.88 -0.5 1.05 0.04 - -0.44
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.01 3.3 - - - - -
- - -0.41 1.87 0.68 1.57 0.35 0.94 0.64 0.06 0.13 - 0.43 -1.99 - 0.9 - -2.0 0.51 -1.49 -2.35 -0.73 -0.92 -0.51 -1.08 1.11
0.96 - - 3.31 - 2.75 1.47 - - 1.22 - - - - 1.17 - - - - - - - - - - -
- - 1.81 - - - - - - - 1.82 - - - - - - - - 4.04 - - - - - 1.3
0.88 - - - - 2.83 0.95 0.63 - 0.63 1.69 0.85 - - 2.18 - - 0.2 0.39 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
- 3.8 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.59 - - - - - - -
0.74 0.74 - - - 2.85 - - - - 0.57 - 2.33 - 2.98 - - 0.02 - - - - - - - -
0.59 2.46 1.96 1.14 -1.11 -4.83 -2.32 -0.5 -1.23 -0.02 0.26 -0.1 0.63 0.09 -1.16 -1.63 -1.28 -2.27 -2.75 -0.65 -3.41 -3.21 -2.48 -2.16 0.65 0.01
0.61 2.09 1.54 0.94 -2.29 -3.1 -2.0 -1.14 -0.46 -0.25 -0.03 0.57 1.13 -0.19 -1.48 -0.9 -3.23 -2.01 -0.86 -2.13 -3.4 -2.2 0.44 -1.15 0.38 0.85
0.44 2.46 1.56 0.62 -1.69 -3.95 -1.47 -0.54 -1.24 -0.45 0.47 -0.01 0.62 0.15 -1.24 -0.44 -1.1 -0.98 -2.2 -1.09 -4.15 -0.05 -0.69 -1.48 -0.17 0.41
0.62 2.35 1.37 0.76 -2.18 - -2.27 -0.88 -1.05 -0.62 0.58 0.15 0.92 0.2 -1.03 -1.29 -2.15 -2.18 -0.98 -1.85 -2.27 0.6 -0.49 -1.57 0.61 -0.15
- - - - - 3.35 - - - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - 2.83 -
- - - - - - 1.68 - - - - 1.58 2.95 - - - - 3.32 - - 1.03 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - -
- - - - -0.13 - - 0.86 - 2.38 2.11 1.06 - - - - - - 1.71 2.69 - - 0.31 - - -0.53
0.92 0.78 1.35 0.49 0.58 1.13 -0.46 1.1 - 0.45 0.5 -0.38 - - - - - 0.48 -0.48 1.99 - - 0.16 -0.57 -1.08 -
- - - - - 4.06 - - - - - - - - - - - - - - 3.22 - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.61 -0.5 - - -0.38 - - 0.8 - - 1.88 1.01 0.31 - - - - 1.98 0.91 3.0 -1.02 - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.09 - - 2.13 1.86 1.29 - - - - 0.94 - 0.26 0.76 - - - - - 2.86 0.45 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.79 -1.35 - -0.31 -1.79 -1.24 - 0.69 0.7 -1.58 -1.48 -0.18 - -0.43 0.11 -0.29 -0.27 2.39 1.48 -0.09 0.9 0.72 - 0.67 -2.16 0.25
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.07 - 2.52 - 0.84 2.7 - - - - -0.1 0.05 - - 0.77 -0.17 - - 1.68 - - -0.46 0.86 - -0.68 -
1.21 1.47 - - 1.12 2.75 - - - - 1.15 1.31 - 0.63 - - 1.19 - - - - - - - - 1.8
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - 2.87 - - - - - - - 3.66 - - - 2.59 - - - -
- - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - -
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.92 - - 2.56 2.32 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.42 - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.11 - - - - - - - - 3.81 - - - - - - 1.76 - - - - - - -
- - - - - - 2.78 2.79 2.7 - 2.51 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 1.73 - - - - - 3.41 - 1.13 - - - 1.18 1.37 - 2.32 - - - - -
- 3.81 - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - -1.25 - - - - - - - - - - 2.48 3.94 1.82 - 0.15 - - - - -
- - - - 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - -
0.04 -1.27 0.23 -0.13 0.8 1.53 -1.47 -0.51 0.26 -0.55 -0.41 -3.07 -2.33 -0.36 0.52 -0.18 0.38 0.12 0.84 -0.1 -2.68 -1.06 -1.69 -1.0 1.46 0.51
0.8 0.26 0.42 -0.37 -0.35 1.79 0.56 0.27 -0.3 -0.41 1.21 0.36 0.08 - - - - -0.86 0.1 - 0.71 -0.72 1.98 - - -
- - - - - - 3.18 - - - - - - - - - 3.14 3.02 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.32 1.02 - 0.17 -0.16 3.05 1.55 0.16 0.61 -1.5 - -0.36 - -0.03 -0.62 1.1 1.1 - -1.52 -1.77 - - - - - -
1.91 - - 2.29 3.02 2.11 - - - - - 2.3 - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.13 - - - - 3.09 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - -
- - - - - 4.28 - - - - - - - - 2.7 - - - - - - - - - - -
-1.03 0.55 0.15 -1.09 0.17 1.32 -0.72 -0.37 - -0.24 0.14 - -1.77 -0.09 1.06 1.17 -0.02 0.85 0.28 -0.51 -0.07 -0.49 0.82 - -1.2 0.46
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 3.99 - - - - - - - -
0.63 2.94 1.58 -0.58 1.05 -0.64 -0.45 - -0.61 -0.74 - -0.56 1.38 -0.82 -0.91 1.26 - 0.18 -1.01 - - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - -0.31 2.39 0.68 -1.22 0.6 -1.16 - - - - - -0.05 -0.0 1.32 1.17 1.14 - - -1.77 - 1.96 1.51
- - - - - 3.59 - - - - - 3.8 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.17 3.05 - - - - - - 2.41 - - - - 2.56 - - 0.99 - - - - -
0.36 - - - - - 0.68 1.79 0.66 0.55 - 3.58 - 1.02 - - - - - - - - - 0.57 - 0.16
- - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - - 3.67 - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
0.33 1.97 1.59 1.77 0.32 -1.92 -2.22 -1.88 -1.78 -1.07 0.01 0.36 1.07 -1.2 -3.35 -1.13 -3.58 -4.15 -3.59 -3.38 -1.64 0.84 0.02 -0.19 -0.38 0.19
0.5 1.99 - 2.2 1.82 1.05 2.05 2.14 - - - 0.89 - - - - - - - - - - - - - -
1.45 - - 2.83 - - - - 1.74 1.7 - - - 1.59 - - 1.98 - 1.4 - - - - - - -
0.74 - - - - 0.65 0.95 - - 2.44 - - - - - - - 2.02 0.74 - - 1.52 - 2.52 0.07 -
- - - - 3.02 3.22 - - - - - - - 1.67 - - - - - - 1.7 1.07 - - - -
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.71 1.63 - - - - 1.85 - 1.48 - - - 2.93 0.56 1.11 - - - 1.0
- - - 1.02 - 3.37 1.28 - - - 1.49 0.03 - - 0.86 - - - 0.59 - 1.15 - - - 0.89 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.77 - 3.08 - 0.59 - - 1.63 - - - - - - - - - 1.37 - -0.0 0.98 -0.3 1.66
- - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.48 - - - - - - - - - 3.22 1.92 - - - 1.76 0.78 - 1.15 - - - - - -
- 1.22 - 2.48 1.98 0.1 0.29 0.11 - -0.0 - - - -0.5 - - 1.05 - - 1.0 - -0.31 0.42 - - 1.51
- - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.66 - - - - -
- 3.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.52 - - - - - -
- - - - - 3.27 - 2.26 - - - - - - - - - 1.78 3.02 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.05 - - 2.44 - 2.85 - - - - - - - 0.77 - - - 0.77 - - - - 2.98 - - -
- - - 3.4 - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - - - - - - 2.82
- - - - - - - - - - - - 0.45 1.21 2.13 - - - - 4.06 - - -0.61 - -0.62 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - -
- - - - - - - - - 3.6 - 3.79 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 2.59 2.08 2.79 2.72 0.17 0.22 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.58 - - - - - - - - - 3.82 - - - - - - - - - -
- - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.96 - - -
- - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - 2.83 2.55 - - - - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.9 - - - - - - - 3.47 - - - - - -
2.32 - - - - - - 1.65 1.67 - 2.6 - - - - 1.61 - 2.48 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - 3.76 - 3.63 - - - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.48 - - 1.86 0.49 1.74 - - 0.77 2.27 - 1.87 - 0.62 - - - - - - -0.16 - - - 1.14 -
- - - - - - - - - - - -1.7 - 0.78 0.28 -0.85 -0.58 -0.49 0.83 2.65 0.98 1.08 0.91 1.44 0.56 1.39
-1.41 -1.52 0.05 -0.11 2.3 2.54 -0.2 - 0.26 2.64 -0.55 - -1.11 - 0.35 - -2.93 -0.67 -3.48 -0.33 - -3.38 - - -3.8 -
- - - -0.66 - 1.72 - 0.34 2.23 0.89 - 1.08 - -1.2 -0.7 -0.72 -0.64 2.52 - - - -1.01 -1.27 - -0.26 1.24
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - -
- - - - - 2.44 0.14 0.89 - -0.12 0.92 0.02 - - - - 0.13 2.3 -0.42 - 0.49 1.89 - - 0.32 -0.57
1.39 - - - 2.39 1.59 - - - 0.6 - - 0.58 1.8 - 0.67 - 1.02 0.68 0.61 -0.25 - - - 0.02 -
- -1.59 -0.95 -0.87 -0.7 1.87 0.62 1.35 1.23 -0.29 0.24 -1.43 -2.64 -0.46 0.61 -0.45 0.49 1.06 0.97 -0.03 -2.98 -0.58 -2.05 -2.64 -1.4 -1.48
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 2.44 - - 3.34 - - - - 2.4 - - - - - - - 2.37 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- -0.63 - - -0.53 2.75 - -1.56 - -0.65 -1.58 - 0.07 -0.95 - -1.6 0.62 1.51 2.0 - -2.57 -1.98 -0.5 -0.47 -2.2 2.09
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - -
- - - 3.58 - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - 3.1 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.31 - - 1.35 -0.08 - 1.32 0.79 - - - - - - - - 1.52 3.28 - - - - 1.68 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.66 - - - - - - -0.57 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - -
- - - - - 3.69 - - - - - - - - - - - - - 3.71 - - - - - -
- - - - - - - 1.6 - - - - - - 1.63 1.85 - 4.02 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 3.77 - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.26 - 0.04 -0.0 - - 1.15 - - 1.55 - 0.13 - 1.2 -0.04 - - 1.3 0.84 1.54 0.35 - 0.53 - -0.57 1.62
- 4.49 - - - - - - - - - - - - - - - 1.8 - - - - - - - -
- 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.48 0.67 0.14 -0.28 -0.67 1.45 -0.75 - 0.56 0.39 -0.27 1.23 1.39 -0.36 0.05 -1.97 - -2.4 -0.63 -0.55 - -2.11 0.39 0.33 - 1.11

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.