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Heatmap: Cluster_110 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Light - ZT1
Light - ZT3
Light - ZT5
Light - ZT7
Light - ZT9
Light - ZT11
Light - ZT13
Light - ZT15
Dark - ZT17
Dark - ZT19
Dark - ZT21
Dark - ZT23
Light - ZT25
Nutrient stress - Low nitrogen - 10%
Nutrient stress - Low phosphate - 0%
Nutrient stress - Low sulfate - 2%
Nutrient stress - Low micronutrients - 0%
Nutrient stress - NaCl - 75 mM
Nutrient stress - Mannitol - 100 mM
Nutrient stress - Control
Environmental stress - Prolonged darkness - 72h
Environmental stress - Cold - 4C
Environmental stress - Heat - 37C
Environmental stress - Control
Environmental stress - High light - 150 uE
Environmental stress - Control high light - 40 uE
- - - 3.29 - - - 3.42 - - - - - - - - - 2.46 - - - - - - - -
1.8 - - - - - - - - - - - 4.13 - - - - - - - 1.12 - - - - 1.53
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.21 0.09 0.51 0.59 - - - 1.57 0.5 0.39 2.1 2.61 1.4 - - - - - - - - - - - - 1.09
- - - - - - - - 3.66 - - - - - - - - - 3.26 - - - - - 1.94 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.17 0.41 0.22 - 0.72 - - -1.15 0.26 - 1.77 -1.26 2.01 1.3 - - - 0.21 - 1.09 - -1.76 0.05 -1.47 1.56 -0.23
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.76 -0.5 -0.52 - - 0.27 0.92 1.75 2.69 2.05 0.2 0.94 0.94 - - - 0.47 - -0.82 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
0.01 1.44 0.67 0.05 0.16 -0.38 -0.17 -1.35 0.23 -0.08 -1.43 -0.56 -0.22 -0.54 0.77 0.82 -1.43 0.88 0.98 -0.91 -1.84 -0.36 -2.49 0.11 -0.03 -1.85
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.96 - 0.24 - - - 2.03 3.45 - 0.12 - - 2.26 - - - - - - - - - - - - -
- - 2.83 - - - - 2.81 2.65 2.48 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.91 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.67 - - - 2.52 2.36 - - 0.92 1.32 - - - - 2.13 - - - - - - -
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.16 - - 1.29 1.64 0.4 1.42 1.44 - - 0.49 0.29 - 1.9 - - - - 0.07 - - - - - 0.89
- - - - - - - 3.8 2.11 - - - - - 1.98 - - 1.92 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.75 0.84 0.81 0.78 1.96 0.75 - - - - - - 0.77 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.78 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.21 - - 2.12 1.08 - 2.87 2.7 - - - - - - - - 0.48 1.0 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- 2.58 2.33 2.87 - - - 2.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.85 0.69 0.8 - - 0.64 0.74 - 0.62 - - 0.45 2.11 0.6 - - 0.54 - - 0.36 -0.05 - 1.75 -
- - 0.51 - 0.21 - - - 3.14 2.03 - - 0.4 - - 2.49 - - - 1.43 - - - - -0.16 -
1.99 - - - - 2.38 - - 1.28 - - 1.38 2.73 0.7 - - - - 0.94 - - - - - - 0.71
- - - - - - - 3.23 - - 2.95 - - - - 3.16 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.18 -1.88 -1.23 - -1.27 0.03 0.33 - 3.34 -1.5 -1.49 0.96 - - - 0.5 -0.37 0.3 1.09 -0.25 - -1.85 - -1.56 -0.09 -0.02
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.53 - - - - - 3.23 - - 2.34 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
1.02 1.25 0.51 -0.12 1.23 0.4 0.81 1.22 2.17 0.04 - -1.96 0.62 - -2.16 -1.93 -0.88 -1.39 -2.43 1.05 - - - - - -0.96
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.94 - 3.42 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.42 - - - - - - 3.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 1.86 2.06 3.89 - - - 1.74 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.89 - 2.73 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.6 3.2 - - - - - - - - - - - - 1.35 - 1.89 2.45 - 1.02 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.0 - - - - - 2.86 2.09 2.56 - 0.9 - - - - 0.86 - - - - - - 1.56 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.84 - - - - - - - - - - - - - 2.0 - - - - - - - 2.94 -
1.52 1.96 - - - - - - - - - - 3.58 1.66 - - 2.05 - - - - - - - - -
- - - - - 2.64 - 4.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 0.35 1.1 1.12 2.22 0.11 0.31 2.87 0.15 - 1.11 - - - - - - 0.43 - - - - 0.59 - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.86 - - - - - - 4.26 - - - - - - - - - - 1.66 - - - - - - -
0.4 0.21 -0.59 -1.64 -0.0 0.17 2.35 0.47 1.07 1.89 0.38 0.83 1.35 - - -0.65 - - - 0.71 - - - - -2.21 -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 0.74 3.71 - 0.61 3.0 0.82 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.31 - 4.4 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 0.8 2.56 0.76 2.92 - - - - - - 1.53 0.52 - 1.2 1.33 - - - - - -
- - - 3.08 - - - 3.21 3.05 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.72 - 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.68 - - 3.72 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.98 - - - - 3.35 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.83 - 2.31 - - - - - - - - - 2.78 -
- - - - - - - 4.13 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - 1.72 -
- - - - - - 2.38 0.61 3.44 3.07 - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.01 -1.46 -1.7 0.92 0.49 0.31 0.3 -1.49 0.64 -0.79 0.59 -1.61 2.16 -1.06 - -1.72 -1.47 -2.45 -1.78 -0.37 0.23 -1.03 - -1.1 0.45 1.96
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.08 - 4.16 1.96 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 0.68 2.84 - - - 1.23 0.21 - 2.78 - - 2.79 - - - - - - -
- - - - - 3.7 - 2.78 2.61 - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.7 0.37 0.52 0.89 0.78 -0.04 -0.38 0.22 -1.08 -1.24 0.04 -0.37 2.42 -1.36 -0.46 -1.94 -0.76 1.24 -1.92 0.68 -4.2 -5.62 -1.67 -1.89 -3.58 -2.54
- - - - - - - - 3.6 - - - - - - - 3.79 - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.23 4.06 - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.22 - 2.2 - - - 1.09 1.11 1.13 - - - 3.11 - - - - - - 1.0 - - - 0.98 - -
- - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.19 - - - - - - - - - - - - - - - 2.96 - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.