Heatmap: Cluster_56 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - -0.55 1.34 - - 3.04 - - - - - 0.84 - - - - - - -0.14 - - - - - - - - - 2.76 - - - 2.54 2.92 2.95 - - - - - - - - - 2.89 2.71 - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.37 1.95 - - - - - - - - - - - - - - - 0.89 - - - - 1.66 - - - 3.02 5.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.35
- - - - - - - - - - - - - - -0.88 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - 2.99 - - - 4.21 3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.75 - - - 2.78 3.19 - - 2.53 3.29 3.4 - - - 2.18 - 2.49 - 0.9 - - - - - - - - - - - 0.72
- - - - 0.65 - 4.09 - - - 1.51 1.81 1.04 3.57 1.07 - - - -0.74 - - - - - - -3.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.27 1.14 -0.75 2.05 2.28 0.1 0.3 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.56 - - - - - - - - 3.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.49 3.9 2.8 2.1 - - 2.4 0.25 0.61 -1.37 - 1.51 - - - - 2.63 -0.27 -0.87 - 0.67 0.72 0.92 - 1.06 - -1.4 -1.53 - - - - -1.97 - - - - - - - - -2.7 -3.32 -0.54 -0.77 -1.19 -2.44 -1.89 - - - - - - -
0.3 - - 1.25 -1.44 - 4.55 - -1.18 1.63 - 1.14 1.87 3.9 0.18 - - - 0.16 - - - - - - -2.7 - - - - -1.31 - - - - - - -0.87 - - - - - - - - - - -1.69 - - - - -0.93 - -
- - 1.24 2.7 1.98 0.98 4.09 - -4.65 - - 0.37 - 3.73 0.98 - - 1.46 - - -0.36 - - - - -3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.53 -1.17 0.17 -0.33 - -2.67 -1.04 - - - - - -1.32 -1.9
- - 4.49 3.71 - - - - -1.46 0.3 - - - - - - - - -0.14 - - - - - - - - - - - 1.79 - - - - - - - - - - - - - - 1.82 - -0.76 - - 1.84 - - 1.57 1.93 -
-2.56 0.85 4.35 2.43 1.95 1.24 0.32 0.24 -1.46 1.94 -4.05 -1.88 -2.3 -1.85 -1.58 -0.85 1.11 0.2 1.84 -5.1 0.14 -0.31 -2.0 -2.08 -3.76 -2.28 - -7.16 -5.29 -7.2 -5.25 -6.49 -5.06 -5.28 -5.91 -4.73 -4.56 -3.86 -4.54 -3.92 -4.62 -7.76 -8.22 -6.56 -4.87 0.33 0.61 -6.03 -6.3 -3.6 -4.03 -4.66 -3.57 -3.5 -2.2 -1.96
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.48 3.23 0.82 - - 1.95 - - - - - - - - - - - - 1.3 1.25 - - 2.13 -2.13 2.29 - - - - - - - - - - - - - - - 0.1 -0.74 - - 1.39 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - -0.07 -0.65 0.08 - 4.3 0.01 -3.54 1.66 2.36 1.11 0.1 2.34 - - - - 1.9 - - - 1.92 - - -0.84 - - -0.33 - -0.33 - - - -0.88 - - - - 0.13 -1.2 -1.19 -2.25 - 0.17 - - -0.43 -0.87 -0.22 - - - - - -1.7
- - 5.05 - 1.56 - - - - - - 3.22 - - 2.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.47 - - - - - - - - - - - -
- - 5.06 - - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.12 - - - 3.08 -
- - 1.31 0.9 3.09 - - - -2.99 2.07 2.21 1.8 1.1 3.2 1.06 - - 2.71 1.3 - - - - - - -0.91 - - - - - - - 0.3 - 0.07 - - - - 0.18 -0.81 - - - - - - -3.2 -0.91 - 0.84 -1.01 -1.03 - -1.33
-6.64 - 4.63 1.9 2.83 -0.35 -1.0 -1.58 -9.87 -7.32 -2.55 -0.74 -1.11 0.57 -0.37 -2.4 3.87 -3.02 -6.27 - -5.54 -4.02 -6.55 - - -4.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.23 -3.65 -7.59 -6.06 - - - - - - -
-2.05 -6.27 2.06 1.33 1.52 0.22 0.76 1.16 -5.06 1.48 -1.88 -0.35 1.94 1.35 -0.67 1.67 - 1.26 1.07 -0.08 0.77 -1.92 -1.54 1.68 0.84 -0.98 1.12 0.76 1.26 0.85 -1.78 -2.24 -1.69 -1.58 -1.93 -2.57 -2.53 -2.7 -3.26 -2.21 -2.52 -2.65 -1.71 -1.57 -3.15 -1.23 0.36 -3.53 -2.6 -4.05 -3.93 -3.6 -5.6 -3.89 -3.54 -4.47
- - - - - - - - - - - - 2.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.2 - 2.27 - 2.51 3.15 - 1.94 - 2.93 2.32 2.33 - - - - - - - - - - - - 2.34 -
- - 4.97 - - - - - - 2.32 - - 2.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.21 - - - - 2.25 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 4.99 - - -0.18 - - - 3.69 - - - - 0.95 - - - - - - -0.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.44 - - 2.44 -
-5.47 -0.98 4.17 1.37 2.23 -0.57 - 0.03 0.18 -3.72 -1.66 1.76 1.23 0.84 1.99 - - - -3.84 -3.2 -0.62 -3.56 -0.98 -5.49 - -2.92 - -3.91 - - - - - - - - - - - - - - 2.07 1.56 2.0 1.02 -2.12 -5.92 -3.27 -5.58 -6.54 - - - - -1.84
- - - - - - - - -0.09 1.48 - - 4.25 - 2.86 - - - 1.61 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - 2.98 - - - - - - - - - - -
- - - 3.58 3.14 - - - - 1.37 1.89 2.16 2.13 4.07 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.02 - 4.54 0.76 2.86 -0.26 - 0.91 0.82 - -0.56 - -1.32 -2.02 - 1.54 - - -1.28 - - - - - - -1.1 - - - - - - - - -1.27 -1.32 - 0.27 - -1.18 1.21 - - - -0.95 -1.38 0.78 -0.06 -0.75 - 0.11 0.1 - -1.79 -0.46 -
- - - - 4.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.97 2.49 2.24 - - - - - - - - - - - - - - 2.32 - - - - - - - 2.26 - - - 0.32 - - - - 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.08 - - - - - - 2.42 - - - - - - - - 2.09 - - - - - - -0.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.98 - - - - - 3.01 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.82 0.5 - 2.27 - - - - - 3.66 - - - - - - -0.19 - - 1.47 - - - -0.82 - - - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.31 - - - - -0.02
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.99 - - - - 3.52 1.46 - 1.37 1.48 4.51 - 0.94 1.05 0.93 2.27 1.19 - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.17 1.11 0.74 3.99 -1.54 -4.98 1.85 - 0.86 -1.43 3.09 2.03 1.05 - 0.18 0.43 - 1.36 -0.69 - - - -4.15 - - -0.89 - -1.35 -0.06 -1.67 -1.33 - - -0.07 - - -0.35 -0.0 0.5 - - - - -0.55 - -4.14 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.45 - - - - - - 1.83 - - - - - - - - - 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.04 - - - 4.01 - - - - - - - 2.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.76 - - - - 2.26 - - - - - - - - - - - 1.92 - - - - - -3.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - 2.3 3.25 -0.46 - - - - - - - -
0.21 1.1 - - -1.53 - - -0.6 -1.55 1.65 0.13 - -0.48 -1.15 -0.95 - - - 0.66 0.78 - -0.71 0.31 0.19 - 0.1 - - 1.06 - 0.48 - 0.86 1.37 -0.93 3.07 -0.71 0.13 0.41 1.81 0.87 0.6 - - - - 1.4 -1.43 -0.76 - 0.39 0.33 -0.0 0.7 - 1.36
- - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - 2.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.48 - - - - - - - - -
- - 1.21 - -0.57 - - - -2.2 1.4 - 1.1 1.35 0.89 - 2.47 - 4.33 1.57 - - - - - - 1.18 - - - - - - - - - - - - - - - - -0.97 - 0.15 - - - - 1.06 2.22 - - 0.01 1.35 -0.34
- - 4.66 1.18 - - - 2.74 - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - -1.43 - - - - - - - - - - 1.67 - - - - - - - - 1.57 - - - - 2.68 - - 1.32 1.7 1.04
- - - 1.89 2.48 0.82 4.51 - -1.06 - - 2.24 2.6 3.26 -0.2 - - - - - - - - - - -1.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.11 - - - - - - - - 2.94 3.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.6 - - - - - - 2.42 - - - - - - - - - - - - - - 3.2 - 1.79 -
- - - - - - 4.73 - - - - - 2.34 4.13 0.89 - - - - - - - - - - -1.8 - - - - - - - - - - - - - 1.45 1.04 - - - - - - - - - - - - - - -
1.21 -0.62 3.33 0.65 2.07 -0.67 0.66 -1.56 -1.54 -1.92 -1.19 -2.13 -1.04 0.4 -2.13 1.45 - 0.75 -1.93 -0.87 0.52 0.95 0.74 0.26 -1.25 -2.26 -2.0 -3.55 -3.25 - -0.19 -0.63 0.36 0.61 0.38 -0.76 -1.91 0.18 0.12 -1.26 0.09 -0.4 -4.14 -1.6 -4.48 1.2 1.51 -2.21 -1.75 -2.43 -1.43 -2.33 -1.67 -1.46 -3.55 -2.2
- - 5.75 - - - - - - - - - - - - - - - 1.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.33 - - 2.92 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.88 - - - - 4.85 - - - - - - - - - - - - 1.17 - - - - - - -
5.17 - - - - - - - -0.19 - - - - - - - - - 0.92 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.84 - 4.17 3.42 - - - 1.35 - 0.78 - - - - - - - - -0.61 1.12 1.36 0.34 - - 1.18 - - - 1.11 - -0.54 - - - - 0.5 - - - - - - - - - 1.39 - - - - - - - - - -
-1.89 - 1.22 2.61 2.75 1.65 2.59 -0.75 -4.52 0.27 -1.92 -1.61 - -0.29 - 2.85 - 2.79 1.14 -2.85 -0.21 - 1.53 -0.91 -0.38 -0.14 - -0.91 -2.04 - -2.69 - - - - -2.36 -4.19 -2.02 - - -0.39 -4.06 - - -0.42 -2.87 -1.14 -1.12 -0.77 -2.87 -2.84 -1.77 - - -2.71 -1.46
- - 5.47 - 2.66 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.54 - - 1.97 - - - - -
- - - - - - - - 1.64 - - - - - - - - - 1.83 - - - - - - 0.47 - - - - 1.4 - - - - 4.34 - - - - - - 3.08 - - - - 1.83 0.67 - - - - - 3.51 -
- -1.19 3.51 2.52 2.98 -0.07 1.07 1.3 -2.75 2.15 -0.27 0.32 0.93 1.43 1.26 - - -0.32 2.72 - -2.31 -3.37 -0.14 - - -2.89 - - - - - -4.34 -2.72 - -3.55 -4.54 - -4.67 - -3.03 -2.84 -4.29 -2.62 -3.23 -4.36 -1.59 -3.23 -2.7 -1.96 -2.42 -2.33 -4.43 -3.4 - -1.98 -4.85
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.07 2.55 1.02 3.09 - 2.89 -1.07 -2.42 2.26 1.36 - 0.54 2.41 - 1.01 - -0.44 2.17 - - - - -0.38 -0.44 -0.61 - - - - -1.54 - -1.3 - - - - -1.37 - - - - - - -1.35 - -0.18 -3.09 -2.02 -1.47 -1.32 -0.34 -1.58 0.56 -0.22 -
- - - - - - - - - 1.89 - 1.64 - - 1.23 - - - -0.54 - - - - - - -1.22 - - - - - 1.31 2.44 - - 2.89 1.43 2.15 - 2.75 1.34 - - - - - - - - 1.31 1.6 1.33 2.58 - - -
- - - - - - - - - 0.98 - - - - - - - - 0.28 - - - - - - 1.89 - - - - 3.08 - 1.87 - - 3.78 1.93 1.69 1.69 3.24 -0.5 - 1.53 - - - - - - - - - - - - -
- - 5.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.79 - - -
-0.37 -1.34 3.18 1.46 1.9 -0.4 -0.96 0.97 0.28 0.36 0.41 -0.5 0.79 0.01 -0.05 -0.77 - -0.2 -1.39 -1.32 -0.84 -0.4 -0.39 -3.14 -1.63 -0.85 -1.39 -2.9 -1.81 -1.65 -0.76 -0.7 -0.27 -0.24 -0.88 -0.68 -0.74 -0.65 -1.04 -1.06 -0.76 -1.26 1.5 0.49 0.54 -0.41 0.26 -0.58 -0.52 -0.52 -0.11 0.05 -0.69 -0.96 -0.06 -1.35
- - 5.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.61 - - - - - - - - 0.19 - 2.39 0.86 - - - - - 0.1 - - - - - - 1.37 - - - - 0.22 0.31 1.85 - - 3.52 - -2.09 2.0 2.83 0.7 - - - - - - -1.95 -1.76 0.63 0.78 1.59 0.68 - 0.74 -0.83
-4.72 -1.83 3.88 1.61 0.41 -0.83 -1.05 1.66 -8.91 -4.4 - -0.34 0.01 0.29 0.7 -2.93 - -1.34 -3.66 0.36 -0.09 -0.25 3.04 -0.04 0.99 -0.88 0.69 -0.04 0.99 0.08 -2.86 -3.32 -1.94 -3.25 -3.68 -2.34 -3.21 -3.22 -1.62 -2.73 -2.45 -3.38 -2.51 -3.07 -2.1 1.3 -0.73 -0.66 -1.0 - - -5.59 - - -4.57 -4.86
- - 4.09 - - - 3.06 - - 0.91 - - 2.23 - - - - - 2.39 - - 3.02 - - - - - - - - 1.37 - - - - - 2.35 - - - - - - - - - - - - 1.66 - - - - - -
- - - - - - - - - 1.68 - - - - - - - - 1.26 - - - - - - - - - - - 2.19 - - - - 4.13 - - - - - - 3.69 2.68 - - - - - - - 3.17 - - - -
0.73 -3.08 1.83 1.64 -0.24 0.15 2.53 1.16 -1.55 1.05 -1.99 -2.71 -1.35 0.45 -1.52 2.98 - 2.67 1.85 -2.47 0.46 -3.93 -1.88 -3.28 0.65 -0.39 -0.3 -0.67 -0.54 -1.03 - - - - - - - - - - -3.86 - 0.18 -1.65 -1.75 1.75 0.79 -2.39 -2.83 - -3.93 -3.41 -4.05 - -2.25 -2.8
- - - - - - - - -0.69 2.06 -1.13 -1.59 -1.58 - -0.92 2.55 - - 2.7 - - - - - - -0.31 - - - - -0.61 -0.87 1.96 -2.58 -0.76 1.87 - 1.83 -1.17 2.72 -0.4 1.95 0.53 0.17 0.51 -0.59 - -1.41 -0.97 -0.25 -0.13 0.71 0.0 0.31 -1.46 -2.71
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.65 - - 2.16 4.94 - - -0.96 - - - 3.64 -0.61 - - - 1.19 - - - - - - - - - - - - - - - 0.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.43 - - - - - - - - 1.99 - - - - - - 0.81 - - - - - - - - - 4.05 - - - - - - - - - - - - - 3.81 - - - 3.83 - -
- - - - - - - - 0.06 0.68 - 0.13 - - - - - - -0.21 - - - - - - -1.79 - - - - 2.13 1.88 1.0 2.05 2.45 3.5 -0.26 1.21 1.59 2.27 1.59 0.01 - - - - - -0.95 -1.05 - -0.06 0.94 - - -0.01 -1.67
- - - 1.16 - - 4.71 - -2.88 1.38 - 1.73 - 3.25 - - - - 1.77 - - - - - - -2.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.63 0.43 0.53 2.03 - -
- - 5.02 1.54 1.53 - - - - - - 3.17 2.16 - 1.8 - - - - - - - - - - -0.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.8 - - - - - - - 4.16 -2.7 4.19 - 1.92 - - 1.93 1.3 - - - 0.2 2.76 - - - - - - - - -
- -1.9 1.48 -0.65 2.87 0.84 - - -0.57 -2.68 0.62 -0.18 -2.49 1.2 -1.91 3.04 - 2.58 -2.25 0.5 -1.7 -1.73 - 0.18 -1.87 -0.54 - -1.82 0.37 -1.85 -0.66 -1.71 -2.73 -1.64 -1.76 -1.7 - -2.81 -1.06 -1.41 -2.82 -1.81 1.65 1.09 0.4 -1.66 -1.61 -1.52 -0.51 -0.07 -1.28 0.71 -0.66 -0.87 -0.64 -1.7
- - - - - - - - -0.51 - - 2.99 3.2 - - - - - - - - - - - - 1.15 - - - - - 3.5 - - - 3.94 - - - - - 3.21 - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 5.51 - 2.07 - - - - - - - - - 2.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-3.02 - 2.04 1.16 1.76 1.21 2.52 -0.54 -1.11 0.97 - -0.58 -0.29 0.05 -0.84 3.05 - 2.6 1.26 -0.19 -0.6 -2.38 -0.12 - -1.51 -0.1 -0.93 -1.04 -1.17 -1.08 -1.97 -2.35 -4.0 -0.55 -3.72 -1.8 -2.59 -1.79 -1.76 -2.25 -3.65 -3.4 -0.9 -0.74 0.18 -1.0 -0.66 -0.12 0.46 -3.16 -2.34 - -4.09 -3.93 -3.89 -1.36
- - - - - - - - - 3.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.5 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.35 - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.