Heatmap: Cluster_36 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - - - 3.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.23 - 2.4 3.35 1.35 3.42 - 2.35 - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.55 3.2 - - - - - - -
- - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - 5.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.49 - - 2.84 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.72 - - - - - - - - - 2.55 - - - - - - -
- 0.75 1.97 3.0 - - - 4.03 -3.63 -0.68 - - - - - - - - - - - -0.06 - - - -1.03 - - 2.33 0.83 - - - - - - - - - - - - - - - 1.84 - 2.89 2.08 - -0.21 - - - -0.01 -
- - - - - - - 2.29 0.48 1.81 - - 2.51 - 2.06 - - - - - - - - - - 2.61 - - - - 2.4 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.47 1.56 3.59 2.13 - - - - -
- - - - - - - 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.17 - - - - 2.73 - - - - - - - - - - - - - 3.36 4.58 - - 1.84 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.8 5.23 - - - - - - -
- - - - - - - - 2.42 1.63 - - - - - - - - 1.88 - - - - 2.88 - -0.66 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.52 1.81 1.25 - - 1.95 1.19 1.58 1.78 - - - 1.83 1.28
0.4 0.99 -1.49 -2.43 -1.59 -3.65 - -0.32 -0.77 -0.86 0.39 1.24 0.47 -0.82 0.53 -2.82 - - -0.41 -0.37 -0.0 1.89 -0.63 1.38 -0.09 0.43 0.22 -1.88 -0.88 0.45 -0.88 -0.53 -0.12 -0.82 0.78 0.22 -0.84 -0.22 -0.18 0.27 0.63 -0.84 0.87 0.18 -0.52 1.01 1.88 1.35 1.14 -2.18 -2.1 -1.53 -2.93 -3.06 -2.25 -0.2
0.18 -0.02 - -1.87 - -3.21 - -0.11 -1.07 -0.09 0.36 1.48 0.14 -0.66 0.69 - - - 0.22 -1.11 0.62 1.4 0.62 1.85 -0.63 1.02 -1.63 -0.42 -0.71 0.12 -0.74 -0.44 0.05 -0.85 0.32 0.34 0.24 -0.19 0.48 -0.95 1.02 -1.28 0.75 0.18 -0.65 0.75 1.63 1.38 1.06 -2.85 -1.69 -2.67 -1.77 -2.38 -2.6 0.38
- - - - - - - - 2.51 5.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.23 - - - - - - - 4.71
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.86 1.4 - - - - - - - - 0.96 - 1.7 0.98 - - - 0.41 - - - - 0.77 - - - - - - - - - - - 0.84 - 0.95 - - 2.58 2.58 2.77 0.87 - - 0.84 3.43 1.4
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.02 - - - - - 2.22 - - - - - - 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.37 4.64 - - - - - - -
- - - - - - - 2.4 1.5 2.33 - - 1.56 - - - - - - - 2.35 - - - - 1.13 - - - - - 1.32 - - 1.44 - - - - - - - 3.91 3.25 - - - 0.35 0.62 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.1 - - - 1.36 - - - - - - - - 3.21 - - - - - - - - - 3.07 - - 3.25 3.55 - - - - - - 2.56
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.29 3.47 2.64 2.66 3.61 - - - -1.07 - - - - - - -0.68 - - - - - - - - - - - - -0.92 - - - - - 0.24 - - 2.36 2.87 - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.43 - - - - - - - - - - - - - - - 2.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.11 - - - - - - -
- 1.92 - 0.66 - - - - -2.39 - - - 1.34 - 2.48 - - - - 1.1 2.13 - 2.14 - 2.97 0.72 - - 1.89 - - - - - - - - - - - - - -0.04 - - 2.21 - -1.48 -0.44 2.06 1.42 - 0.96 1.0 - -0.41
- - - - - - - - 0.95 - - -0.8 - - - - - - 2.36 - - - - - - 1.66 4.49 - - - - - - - - - - - - - - - 2.26 - - - - 0.8 - - - - - 2.84 3.17 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.57 - - - - - - 2.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.93 2.85 1.25 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 3.6 - 3.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.61 3.35 - - - - - 3.67 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 - - - - - - 5.27
- 2.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.13 - - - - 3.16 2.02 - - 3.11 - - 3.06 3.27 - - - - - - - - - 0.57 - 2.12 - - - - 0.7
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.29 5.05 - - - - - - -
- - - - - - - - 2.81 4.61 - - - - - - - - 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.71 - - - - - - - - - 0.53 - - - -0.53 - - -1.75 - - - 0.73 - - - - - - - - - - - - - - 3.87 0.65 1.0 3.45 - - 2.12 - 2.43
- - - - - - - - - - - 3.71 - - - - - - - - - 0.53 - - - -0.53 - - -1.75 - - - 0.73 - - - - - - - - - - - - - - 3.87 0.65 1.0 3.45 - - 2.12 - 2.43
- - 4.54 2.37 3.2 - - - 0.05 - - 2.13 2.16 - - - - - - - - - - - - -0.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.78 - - - 2.03 -
3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.21 -0.13 - - - -1.62 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.38 2.59 1.83 3.58 0.97 -0.55 2.72 - - - - - - -
- - - - - - - - 2.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - 5.44 - - - -
- - 5.36 - - - - - -0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.65 - - - - - - - - - - - - - 2.99 - - - - - - - - 2.19 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
2.98 2.87 - - - - - - 0.69 2.31 - - 1.23 - 2.45 - - - 0.76 - - 1.02 - - - 1.49 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.47 0.04 - 1.0 2.16 -0.49 1.41 - 1.03 2.07 - - - -
- - - - - - - - -0.49 - - - - - - - - - 4.31 - - - - - - 1.17 - - - - 2.12 - - - - - - - - - 3.04 - - - - - - 2.01 - - - 2.99 - - 3.11 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.74 - - - - - - - - 3.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.19 1.67 - - 4.34 - - - -
3.2 - - 2.73 - - - - 0.64 0.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.81 - - 3.64 3.13 - - - - - - 0.82
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.26 - - - 2.67 - - - - - - -
- - - - - - - - 1.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.68 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.02 - - - - - - -
- - - - - - - - 1.53 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 - - - 4.9 - - - 3.37
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.03 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.05 - - - - 3.87 - - - - - - - -
0.97 0.7 -3.17 - - 2.13 - 1.5 0.34 2.14 - - - -4.64 - -1.5 - - 2.62 - 2.37 0.35 -0.19 0.87 -3.36 -0.99 - - - - 0.63 0.97 -0.09 -0.55 -0.42 -0.14 0.9 1.27 -0.05 -0.43 0.83 -0.92 -1.16 -1.02 - 0.03 0.81 0.68 0.97 -2.78 -1.66 -4.3 -3.28 -3.26 - -3.17
- - - - - - - - 3.32 - - - - - - - - - 5.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.42 - -0.07 - - 0.66 0.31 2.71 2.72 - 1.08 - - - - - - - - - - - -1.22 - - - - - - - 0.84 - - - - - - - - 1.11 - 1.78 - - 0.56 2.13 - 2.03 2.14 0.36 1.37 1.55 2.42
1.54 - - - - - - - 0.24 - - - - - - - - - - 1.8 3.26 - - 3.34 - -1.01 - 1.02 - 0.98 - - - - - -0.09 - - - - - - -0.07 - - - 3.8 1.28 2.58 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.41 3.02 2.97 - - 4.16 3.03 3.12 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.35 - - - - - - - -
- - - 2.57 2.38 - - - 1.16 -0.33 - 2.45 1.43 - - - - - -0.0 - - 1.26 - - - -0.91 - - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - - 1.22 - - -1.58 1.8 - 1.23 1.3 - - 1.31 -
- 1.54 - - - - - - 0.49 - - - - - - - - - - - - - - - - -0.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 - 3.42 3.22 0.98 0.69 0.77 - 1.99 1.75 0.95
1.03 - - - - - - - - -0.43 - - - - - - - - -0.91 1.66 3.13 - 3.71 - 0.96 -1.73 - - - 0.97 -1.12 - - - - - - - - - 0.01 - 1.77 1.3 1.65 0.26 1.21 1.3 1.16 - 0.96 0.01 - 0.87 - -
- - - - - - - - 3.48 - - - - - - - - - - - - 3.85 - - - 1.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 4.02 - - - - - - 2.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.47 - - - - - 4.77 - - - - 2.51 - 3.05 - - - - - - - - 3.22 2.0 - - - - - - -
- - - - - - - 1.94 -0.6 2.69 - 2.13 - - 2.71 - - - 4.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 1.33 1.89 - - - 1.8 - - - - - - -
- - - - - - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.54 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.02 3.41 - - - - - - - - 2.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.73 0.76 3.37 3.28 3.41 - - - -
- - - - - - - - -1.32 - - - - - 2.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.37 2.0 - 2.96 - 1.78 1.54 - - 1.35 2.64 2.71 - 2.25
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.51 2.96 - - - - 4.32 - 3.92
- - - - - - - - 2.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.14 3.89 - - - - - - -
2.64 - - - - - - - -1.4 2.14 - - - - - - - - 1.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.36 2.55 1.53 - - - 3.15 2.74 2.94
- - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.99 - - - - - - - - - 3.46 - - - - - - - 3.65 4.21 - - 3.12 1.05 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.89 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.5 - - - - - - 1.56 - - - - 4.3 2.85 - 3.27 1.61 - - 2.77 -
- - - - - - - - - 2.52 - - - - - - - - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.42 2.38 - - - - - - -
- - - - 3.77 - - 3.24 - 1.64 - - - - - - - - 1.79 - - - - - - 1.38 - 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.23 0.53 - - - - - - -
3.73 - - - - - - - -0.48 2.06 - - - - 2.6 - - - 2.99 - 2.83 - - - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - - 1.71 - - 1.79 1.78 - - 0.17 1.56 - - - - - - 0.18
- - - - - - - - -0.85 - - - - - - - - - - - - - - 4.05 - 0.25 - - - - - - - 1.45 - - - - - - - - - - - - - 4.12 4.14 - - - - - - -
- - - - - - - - -0.25 - - - - - - - - - - - - 3.16 - - - -0.1 - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - 4.13 - - 0.88 2.21 - - - - - - -
- - - - - - - 3.82 2.57 - - - 1.9 - - - - - - 2.69 2.75 - - - - -1.09 - 2.63 - - - - - - - - - - - - - - 1.55 2.72 - - - -0.11 1.0 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - 5.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.46 - - - - - 4.07 -
- - - 1.02 - 0.87 - - 0.38 0.71 - - 1.73 - - - - - 1.16 - - - - - - 1.37 - 3.37 - - 0.41 - 1.44 - - 1.37 - 1.59 - - - - - - - - - 0.58 1.62 - - 3.66 - - 1.97 -
- - - - - - - - - 3.34 - - - - 4.55 - - - - - - - - - - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.33 - - - - - - - -
- - 3.88 - - - - - 1.43 - - - - 2.36 - - - - 0.83 - - 3.81 - - - 1.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.26 - - 2.82 - 2.85 - - -
- - - 5.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.6 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.57 2.71 - 3.39 - 3.14 - - 2.77
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.42 - - - 3.72 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.44 - - - - 3.04 3.93 - - - - - - -
1.97 - - - 1.55 - - 4.53 0.6 0.97 - - - - - - - - 0.69 - - -0.03 2.99 - - 1.26 - - - - - - - - - - - - - - 1.32 - - - - - 1.07 0.8 1.7 - - - - - - -
- - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.12 - - 0.55 2.17 - 3.01 - - - 4.18 -
- - - - - - - - 0.71 4.43 - - - - - - - - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.79 - - - 1.04 2.44 - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.83 - - - - - - - - 4.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.82 - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.63 3.97 - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - - - - 1.15 1.81 - - 3.62 3.93 - - - - 1.94 - - - - - - -2.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 - - - - - 3.08 - -
- - - - - - - - 2.59 2.82 - - - - - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.19 - - - - - 4.35 -
- - - - - - - 4.05 2.68 2.03 - - - 2.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.85 3.1 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.64 4.96 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.52 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.