Heatmap: Cluster_381 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - 4.01 - - - - - - 3.92 2.11 1.99 3.47 - - - - - - - - - - -2.86 - - - - - 0.91 - - - - - - - 0.54 - 0.94 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.88 - - - - 3.58 3.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.92 - - - 1.01 - 3.85 1.22 - 2.52 - - - -1.27 0.95 - - - - - - - - - - -0.25 - - 2.23 - - - - - 1.3 1.52 - - - - - - - - - - - 0.7 0.68 - -
- - - - 2.64 4.69 - - - - - 3.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.49 -
-1.93 -3.32 3.0 1.97 2.01 1.53 0.89 -4.42 -4.43 0.49 - 2.4 1.17 0.8 1.37 1.36 - -0.3 0.74 -1.69 - -2.89 -1.1 - -3.59 -1.33 -0.84 - - - -1.57 - -2.85 -2.3 -1.63 -2.9 - -2.07 -2.65 -4.79 -0.58 -3.25 - - -3.49 -4.49 -2.33 -3.55 -2.6 0.7 0.5 1.26 0.88 1.28 0.84 -2.97
- - - - 3.62 3.78 - - - - - 4.47 - - 1.72 - - - 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.57 - - - - 1.51 - 3.26 - - 3.88 - - - 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 - - - - - - - - - - - -
- - - 0.72 1.98 - 4.2 - -3.41 - - 3.89 - - 2.39 0.73 2.2 - -0.18 - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - -1.13 - - - 1.13 - - - -0.12 - - - - -
- - - 0.09 1.31 3.55 - - - - - 1.74 3.56 - 1.32 - - - - - - - 4.15 - - -1.58 - - - - - - - - - - - 0.2 - - - - - - - 0.49 - -2.11 - 0.15 - - 0.25 - - -
- - - 1.19 1.89 1.02 3.16 - - - - 3.63 2.35 3.57 2.94 - - - -3.03 - - - 0.0 - - -3.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.48 - - - - - - - - - - -2.67
-0.26 - 3.23 1.83 2.58 -1.95 - 1.0 - -1.18 - 3.89 0.71 0.63 2.73 - 1.0 - -2.44 - - 0.28 - - - 1.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.02 0.13 - - - - - - - - -
- -3.21 -1.44 -0.64 1.69 1.86 0.91 -3.42 -0.42 -0.06 - 3.02 1.23 1.03 1.08 2.1 2.94 0.73 0.49 -1.89 - -0.58 - -0.7 -3.34 -0.3 0.41 -3.12 -2.25 -2.16 -1.81 -4.17 -2.63 -2.47 -1.73 -3.17 -1.87 -2.34 - -3.88 -3.16 -4.14 -0.96 -2.59 -0.22 -2.19 -1.5 -1.66 -1.11 -0.06 -1.15 0.16 -1.47 -0.07 0.1 -0.39
- - - - 3.93 - 5.11 - - 0.44 - 1.89 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.0 2.94 1.78 - - -1.62 -1.06 - 3.83 1.73 1.68 2.58 - - 1.39 2.25 - - - - - - -3.62 - 0.59 0.53 - - - - - - - - - - - -0.55 -0.14 - - -0.48 - 0.66 -2.58 -1.09 - 0.6 - - - -7.59 -
- - - - 4.19 - - - - 1.06 - 2.94 - - - - - - 2.06 - - - - - 4.56 -2.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.92 1.06 1.3 - - -3.2 1.6 -1.0 3.59 1.84 2.06 2.31 2.1 - 2.23 2.45 - - -0.92 - - -0.08 -3.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.39 - - -2.48 -2.0 - - 0.01 0.46 -1.1 -0.87 -0.93
- - - - - 4.29 - - - - - 2.91 3.97 2.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.41 - - - - - - - - - - - 1.35 - 1.65 - - - -
- - - 0.61 1.83 4.46 - - - - - 2.28 3.26 - 3.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.03 3.36 - - -2.62 2.85 - - - 3.5 3.09 - - - 2.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.67 - - 2.86 - - -
- - 0.93 2.41 1.95 3.4 1.49 0.01 -2.84 -0.05 1.95 2.56 0.11 2.03 1.02 2.41 - -0.26 -0.35 - - - - - - -1.33 - - - - -1.72 - - - - - - - - - - - - 0.82 -1.14 - - -3.66 -2.56 -1.29 - -0.15 - -1.09 - -0.64
- - 0.86 0.61 -0.21 1.83 2.67 -0.59 -3.98 0.95 0.22 2.57 1.14 1.83 0.61 3.01 - - 0.59 -2.02 -0.96 -2.98 - - - -3.93 - -1.08 - - - -2.05 - -2.66 - -1.82 -1.99 -2.15 - -2.67 - -2.67 - -3.58 -1.03 -2.04 -1.88 -3.07 -3.22 1.01 0.08 0.44 1.2 1.34 0.77 -3.44
- - - - 4.12 - - - - - - 3.87 2.56 0.3 3.51 2.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.6 - - - - - 4.0 - - 3.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.85 - 5.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.56 2.32 -0.05 2.17 - - -3.33 2.1 1.8 2.47 0.1 2.65 0.33 1.65 - - 2.1 - -0.04 - - - - -1.72 - - - - -2.14 -1.04 - - - - -1.28 - 0.07 - - - -1.46 - - -0.11 - - - -0.17 -0.96 0.96 0.8 1.11 -0.03 -2.61
- - - - - 2.65 - - 0.04 -0.28 - 0.32 3.73 2.94 - - - - 1.07 - - - - - - -0.1 - - - - - - 0.08 - - - - - - 1.75 - - -1.06 -0.92 0.07 - - 0.09 -0.29 0.7 1.01 1.68 2.24 -0.08 - 0.82
- - - - 4.53 - - - - - - 2.95 - - - - - - - - - - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.88 - - - 2.54 - - - - - -
- - - - 3.69 - - - - - - 4.72 3.65 - - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.56 3.28 - - - - - - 3.63 4.29 - - - - 1.03 - - - - - - -0.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.39 - - - - - 4.36 - 3.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.25 3.14 - - -2.68 2.02 - 1.48 2.7 3.61 1.81 - - 2.85 0.82 - - - - - - -2.27 - - - - -1.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.47 - - - -0.62 0.72 -
- - - - - 4.68 - - - - - 4.65 - - - - - - 2.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.58 - 3.18 - - - 1.03 2.31 4.64 - - - - - - 1.01 - 1.98 - - - - -0.73 - - - - - - 0.94 - - - - - - - - - 0.55 - - - - - - - - - - - 1.01 -
- - - - 3.05 - - - - - - 4.06 1.02 - 2.6 - - - - 0.55 - 0.73 - - - -2.04 - 1.67 - - - - - - 0.99 - - 0.42 - 0.41 - - - -0.25 0.73 - - -0.21 -1.79 0.58 1.84 - - 1.59 - -
- - - - 4.74 - - - - - - 3.65 2.62 - 3.21 - - - - - - - - - - 0.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 0.96 1.05 2.83 - -1.71 -4.99 -0.74 2.32 3.06 2.06 2.77 1.97 3.24 1.45 - 0.09 - - - - - - -4.06 - - - - -2.97 - - - - - - - - -1.41 - - -1.9 - - - - -4.28 - -1.91 - -0.7 - - -0.65 -3.18
- - -1.28 -0.04 1.46 2.28 3.21 -2.2 - 0.03 0.43 3.04 -0.34 1.39 1.92 2.98 - 0.53 -0.32 - - - - - - -1.61 1.41 - -1.54 0.22 -3.3 -2.21 - - - - - -1.25 - - - - - - -2.35 - -0.21 - -4.79 -0.11 - - -1.4 0.26 -0.52 -3.79
- - 3.5 - 1.65 3.69 - - -0.93 - - 4.64 - - - - - - 0.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.87 - - - - - - -
- - - - 0.44 1.9 3.0 - - -0.08 - 3.67 1.85 2.66 2.04 - - - 0.26 - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - 1.29 - - - - - - - - 0.48 0.77 1.24 0.6 - 1.74 -1.96
- - - - 1.04 3.28 - - - 2.76 - 3.04 3.66 1.43 1.65 - - - 2.79 - - - - - - -0.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.67 - - - - - -
- - - - - 4.62 - - - - - 4.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.02 - - - 2.98 - 3.99 2.44 - 2.02 - - - 0.19 - - - - - - -0.18 - - - - - - - - - - 2.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.9 0.74 -0.86 0.68 - - -4.0 -0.61 -2.29 3.27 1.67 3.01 2.29 - - 1.29 -1.62 - - -2.13 - 0.35 - -1.05 - -0.23 -0.36 -1.27 0.04 -0.17 -0.16 -2.12 0.35 -0.32 0.39 1.04 0.94 -0.9 0.09 - - - - -1.19 - -4.67 -4.58 -0.42 0.47 -2.23 -1.35 -0.24 -0.49 -
- - - - - 4.74 - - - 0.86 - 4.3 - - 2.27 - - - 1.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.34 - 2.9 3.24 - - - - - 4.51 2.11 - 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.16
- - 0.92 -2.07 2.69 3.11 - - -3.46 2.34 - 3.37 2.38 2.57 1.73 - - 0.73 1.42 - - - - - - -1.83 - - - - -1.98 - - - - - - - - -0.8 -1.21 -0.8 - - 0.17 - - - -2.11 -1.16 - - - - -1.08 -2.71
- - - - - - - - - - - 4.1 1.73 1.82 2.26 - 3.4 - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.26 - - - - - - - - - 1.27 - - - - -
- - 2.84 0.25 2.0 2.98 - - -3.67 2.1 - 1.6 1.61 2.65 0.58 1.51 - - 1.64 - - - - - 1.65 -1.64 - - - - -1.45 - -0.12 0.88 - - - - - - - - - - -0.23 - - -1.01 -2.81 -0.38 - -0.21 -0.49 - -0.17 -1.85
- - - - 2.31 3.44 - - - 2.65 - 2.79 2.27 - 0.8 - - - 2.37 - - - - - - 0.26 - - - - - - - - - - - 0.7 - - - - - - - 0.99 - - - 1.85 - - 1.04 0.87 1.15 -0.42
- - - - - 4.41 - - - - - 3.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.06 0.72 2.5 4.4 0.93 - -3.31 - 2.78 2.17 1.7 1.64 - - - -2.08 - - - - - - -2.67 0.86 - - - - - - - - - - - - - - - - -2.33 0.22 - - -4.54 - - - - - - - -3.22
- - - - - 4.12 - - - - - 3.76 - - - - - - - - - - - - - 0.02 - - - - - 1.46 - - 2.22 2.23 - - - - - - - - - - - - -1.23 1.04 2.35 0.52 - - 1.54 -
- - - - - 3.04 - - - - - 3.01 - 2.28 - - - - 1.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - 1.15 - - - - 2.64 3.89 -
- - - 1.1 0.31 2.57 2.14 -1.18 - -2.15 - 3.09 2.44 4.17 1.19 - - 1.97 -1.19 0.36 - 0.36 - - - -3.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.79 - - - -3.51 - - - - - - - -
- - - 0.3 4.48 - - - - - - 2.97 2.96 3.46 2.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.33 4.42 - - - - - 2.34 3.29 3.67 1.96 - - - - - - - - - - -0.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.15 - 3.25 - - -1.57 0.19 - 4.21 1.87 - 1.48 - - - 1.11 - - - - - - -1.36 - - - - 0.61 - - - 1.81 1.86 1.48 - - - - - - 0.68 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.63 3.57 - - - - - - - - - - - 4.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.69 - - - 1.64 - 1.46 4.49 3.67 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.03 - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 2.38 - - - 0.77 - 3.59 3.38 3.8 2.3 - - - 1.72 - - - - - - -3.71 - - - - -0.34 - - - - -0.79 - -0.9 - - - - - - - - - - - - -0.68 - -0.94 -0.64 -0.59 -
- - - - - 4.94 - - - - - 3.35 - - 3.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.97 0.39 - 3.17 - -0.05 -0.95 1.99 0.78 1.71 3.72 3.06 - - - - 1.32 - - - - - - -1.09 - - - - -0.14 - - - - 1.11 - - - - - - - 0.16 - - - -1.47 - - - 1.57 - -0.05 - -1.52
- - - - 4.57 - - - - - - 4.49 - - 2.06 - - - 0.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.13 - - - - -
- - - -2.27 -0.14 1.65 3.54 - - -0.78 -0.3 3.31 2.98 3.46 2.31 - - - -3.57 - - - - -1.41 - -3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.9 - -2.34 -2.37 - -2.04 -5.08 -1.6 -2.46 -1.29 - -2.3 - 1.26
- - - 1.96 3.89 -0.53 - - - - - 1.48 3.27 1.34 3.86 - - 1.08 - - - - - - - -1.82 - - - - -0.75 0.3 - - - 0.19 - - - - - - -0.16 - - - - - - - - - - - - -0.27
- - 0.53 2.41 2.8 2.79 0.5 - -3.77 0.8 - 2.01 1.26 3.11 0.88 - - - 1.11 - - - - - - -1.16 - - - - - - - - - - -0.21 - -0.75 - - - -0.69 - - - - - - 0.83 1.84 1.08 -0.51 1.26 - -
- - 2.4 - - 3.4 - - - - 2.25 3.56 1.51 1.91 2.74 - - - 0.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.03 - - - - - - - - - - - - 1.46 - 2.07 - - -
- 2.1 - - - - - - 0.36 -0.09 - 0.51 3.92 3.22 - - - - 2.68 - 1.31 - - - - -3.26 - - - - - - 0.27 - - - - - - - - - -0.86 -0.73 0.26 - - 0.28 -0.92 - 1.2 0.19 -0.0 0.11 1.34 0.32
- - - - 4.56 - - - - - - 3.72 1.75 - 3.32 - - - 1.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.2 - - - - - - 1.05
- - - - 3.63 - 4.04 - - 0.06 -0.61 2.97 2.25 1.57 1.82 - - - 1.2 - 0.47 - - - - -2.6 - - - - - - - - - - - - - -0.26 - -0.24 - - - - - -1.86 - - - - - -0.85 - -
- - - 1.47 2.75 1.32 2.88 1.86 - - - 2.76 -0.54 2.28 1.51 1.0 3.05 1.72 - - 0.5 -0.7 - - - -1.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.4 - - - - - -0.86 - - -
- - - 2.86 1.95 4.22 - - - - - 3.34 2.65 - 1.58 - - - 1.03 - - - - - - 1.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.31
- - - - 3.3 - 4.48 - - - - 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 5.01 - - - - - 4.43 - - - - - - 1.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.81 - - - 0.89 4.43 - - - - - 4.27 - 1.76 2.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.2 - - - -0.27 - - -
- - - - 3.56 3.28 - - - - - - 3.63 4.29 - - - - 1.03 - - - - - - -0.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-3.22 -0.53 -0.12 -0.96 0.77 2.27 1.56 -3.14 -1.75 1.55 -0.57 2.84 1.95 2.21 1.54 0.26 2.2 -0.98 1.72 -2.66 -2.13 - - - -2.3 -0.16 -2.14 - -3.38 - -2.32 -3.14 -1.79 -4.01 -1.6 -2.1 -2.53 -1.34 -2.64 -4.5 -1.7 -3.84 -1.59 -2.11 -0.95 -0.67 -1.04 -2.12 -1.28 -0.79 0.06 -0.02 -1.14 -0.1 -0.51 -1.29
-2.4 - -0.71 -0.29 1.85 1.89 2.85 -1.72 -2.56 0.69 -2.4 3.38 2.2 2.38 1.92 0.85 - 1.52 1.02 -1.36 -2.3 -1.77 - - -0.47 -1.49 - -0.83 - - -2.49 - -3.18 - -3.54 - -3.03 - - - -2.25 - -3.05 - -2.04 -2.27 -0.63 -5.01 -4.24 -2.13 -1.32 -1.69 -1.43 -3.31 -0.44 -2.25
- - - - 3.7 - 4.49 - - - - 1.1 - - - - - - - 3.44 - 0.9 - - 1.74 -1.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.05 - - - - - - - - - -
- - - - - 4.16 - - - 0.62 - 3.4 - - 4.26 - - - 0.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.43 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.22 4.04 - - - - - - 2.89 1.91 2.26 3.3 3.38 - - - - - - - - - - - - - - -0.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.7 -0.15 3.93 - - -3.68 1.81 - 3.32 1.41 - 2.91 - - - 0.45 0.63 - - - - - - - - - - -0.58 - - -0.01 - - - 1.16 1.0 - 0.7 - - - - - - - - -0.52 -0.37 - -0.63 - - -1.93
- - - - - 4.84 - - - - - 4.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 4.13 - - - - - - 3.52 3.86 3.11 - - - -0.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.63 - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.