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Heatmap: Cluster_8 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - - 5.34 - - - - - - - - - - - - - 1.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - - - - -
- - - - - - - - - 1.87 - 5.02 2.35 - 1.88 - - - -0.16 - - - - - - - - - - - 1.41 - - - - - 2.39 - - - 1.14 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.24 - 3.5 - - - - 2.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.02 - - 2.97 - - - - 3.72 - 3.39 - - 3.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.17 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.49 1.43 - 2.99 - - 4.37 - - - 1.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.15 - - 4.19 - - - - - - - - - - 1.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.21 2.24 - -0.69 - -1.74 - - -4.47 - -1.3 4.5 -3.35 2.3 3.62 - - - 0.99 - - - - - - -2.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.04 1.9 0.6 - - -1.2 - - - - - - -1.72
- - - - - - - - 0.1 - - 4.85 - - 3.25 - - - - - - - - - - - - - - - 1.79 - 2.42 - - - - - - - - 2.52 - - - - - - 1.02 - - - - - - -
- 5.08 - - 2.45 2.49 - - - - - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.41 1.55 -2.63 -3.94 2.64 - - -2.68 -1.35 5.26 -1.94 -2.08 0.7 0.35 - -2.33 -1.82 - - - - - - -4.87 - - - - - - - - -2.95 - -2.17 -3.26 - -1.86 - - - - - -3.22 - - - -1.77 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.41 - - 2.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.6 - 5.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.53 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.01 - - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.53 - 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.3 - - - - - 2.49 - 4.26 2.94 - - - - - 1.57 - - - - - - -1.42 - - - - 0.52 - - - - - - 1.51 - - - - - - 2.7 - - 0.18 - - - - 1.75 - - -
- - - - - - - - - 2.97 - 5.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.56
- - - - - - - - - - - 5.09 - 4.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.76 - - - - - - - - - 4.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.37 - 3.2 - - 4.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.77 2.85 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.83 - - -
- - - - - - - - - 1.47 - 4.23 - - 2.98 - - - - - - - - - - -0.24 - - - - - - - - - 0.05 2.28 - - - - - - - - - - - -0.28 1.23 2.89 1.41 2.72 - - -
- - - - 3.76 - - - - 2.99 - 3.78 - - 4.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.0 - - 4.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.3 - 3.81 3.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.53 2.38 - -
- - - - - - - - - - - 5.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.94 - - - - - -
- - - - 2.8 - - - - - - 4.83 - 3.2 3.38 - - - - - - - - - - 0.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.65 - - 4.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.52 - - - -
- - - 2.18 - - - - -1.59 0.16 - 2.91 2.94 3.85 3.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.02 - - - -0.29 - - - - - - - 1.63 - - - -
- - - - - - - - - - - 5.01 - - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 0.55 - 1.33 -0.37 - - -0.67 1.63 -0.64 2.21 3.33 2.75 3.21 - - - 0.97 - - - - - - -0.79 - - - - 0.54 -0.49 -0.41 - - -0.32 - -0.82 - 0.83 -0.13 - - - - - - -1.98 - -0.67 - 1.1 -0.48 1.17 -0.46 -
- - - - - - - - - - - 4.78 - - - - - - - - - - - - - 0.82 - - - - - - - - - 4.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 5.21 - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.45 - - - - - - 5.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.49 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.34 - 4.91 - - 3.06 - - - 2.27 - - - - - - 1.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.23 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.34 - 4.91 - - 3.06 - - - 2.27 - - - - - - 1.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.23 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.89 - 4.83 - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.36 - - - - - - 2.1 - - - - - - - - - - 2.33 - -
- - - - - - - - - - - 5.34 - - - - - - - - - - - - - 1.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.21 3.03 - 2.63 - - - - - - - - - - - - - - - 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.26 3.29 2.31 3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.99 - - -
- - - - - - - - - - - 5.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.66
- 5.08 - - - - - - - - - 4.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.73 - - - - - - - 0.76 - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.74 - - - - - - - - - - - 0.67
- - - - - - - - - - - 3.58 3.63 4.51 3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.44 - - - - - - - 3.6 3.62 - 2.94 4.11 - - 0.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.12 - 4.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.61 - 4.71 - 2.72 3.12 - - - - - - 2.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.06 - - - - - -
- 4.23 - - - 2.64 - - - 2.76 - 3.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.57 - - - - - - - - - -
- - - - 3.48 - - - - - - 5.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.83 - 5.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.62 - 3.61 - - -
- - - - - - - - - - - 4.5 2.88 2.18 3.71 - - - 1.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.82 2.25 5.18 - 1.72 - - - - - - - - - - - 0.37 - - - - 1.72 - - - - - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.67 - 3.56 - - - - 1.1 - 3.24 - 1.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.04 - - - -
- - - - - - - - - - - 4.2 - - 3.35 - - - 0.35 - - - - - - - - - - - - - 3.01 - - 1.8 2.0 1.92 - 1.65 - - - - - - - - - - 1.86 - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.15 3.53 - 3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.26 - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.01 - - 4.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.65 - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.44 - 3.79 3.82 3.13 2.81 - - - -0.0 - - - - - - -1.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.61 - - 1.72 1.71 - -
- - - 2.46 -0.04 - - - -2.01 -1.15 - 3.61 2.25 3.76 3.67 - - - - - - - - - - -5.06 - - - - -0.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.23 - 0.32 0.27 - 0.48 -
- - - - - - - - - - - 5.2 - - - - - - - - - - - - - 2.52 - - - - - - - - - - - 3.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.93 - - 4.5 - - - - - - - - - - 1.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.63 - - - - - - 4.65 - - 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.28 - 3.64 4.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.57 - 3.88 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.78 - 5.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.36 - 4.24 - - 3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.89 2.0 3.87 1.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.04 - - - - - - - 1.99
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.88 2.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.99 - 2.21 -1.57 - 2.39 - - - 1.48 2.58 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.97 - 3.31 4.59 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.01 - - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.17 - - 4.56 - - - -5.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.84 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.08 - 4.44 3.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.31 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.52 -0.36 -0.43 - 1.31 -3.27 -0.28 - 3.41 2.78 2.68 4.09 - - - 0.2 - - - - - - -1.32 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.19 1.15 0.04 - - - -2.23 - - - - - 0.19 -
- - - - - - - - - - - 5.27 - - - - - - - - - - - - - 0.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.02 - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.67 - 4.32 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.37 - - - -
- - - - - - - - - - - 4.66 - - 2.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - 3.0 - - - 3.13 -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.8 - - - - - - 4.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.96 - 2.71 3.86 - - - - - - - - - - 1.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.23 - - 3.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.54 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.64 - - - - - - - - - - - - - 0.03 - - - - 1.97 - 3.14 - - - - - 2.96 - - - - - - - - - - - - 3.25 - - - -
- - - - - - - - - - 1.11 5.04 - - 3.07 - - - 1.84 - - - - - - - - - - - 3.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.26 - - - - - - -0.35 2.68 3.28 2.12 1.98 3.88 - - - 1.09 - - - - - - - - - 2.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.33 - - - - - - - -
- - - - - - - 3.42 - - 3.14 3.52 - - 4.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.27 4.45 - - 2.77 - - - - - - - - - - - - - - - 1.75 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.21 - 2.58 - 2.42 - - 2.46 -
- - - - 4.11 - - - - 2.65 - 3.79 - - 3.38 - - - 2.98 - - - - - - -1.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.79 - - - - - - - - - - - - - -0.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.37 - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.4 - - - - - - 4.43 - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.4 3.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.23 - 2.94 - - - - - - - 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.02 - - 4.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.13 2.19 - 2.52 3.49 3.75 - - - - - - - - - - - -1.22 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.29 - - - - - - - 2.41 - - 2.33 - -
- - - - - - - - - - - 4.5 - - 5.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.18 4.46 - - - - 1.28 - - - - 3.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.04 -
- - - - - - - - - - - 4.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.82 - 3.45 - - - - - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.18 - - 4.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.51 - - 3.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.13 - - - - - - 4.74 2.19 1.52 4.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.6 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 4.44 - - - - 3.27 - 4.44 - - - - - - 1.25 - - - - - - -1.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.