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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)
| Gene | Immature female cone | Immature male cones | Cambium and expanding xylem | Cambium | Expanding xylem | Expanding and mature xylem | Maturing xylem | Wood | Bark | Bark, healthy | S1 xylem tracheids | S1 whole sections | S2 ray cells | S2 xylem tracheids | S2 whole sections | Dead late wood | Phloem and cambium | Dear early and late wood | Bark, root and butt rot | Vegetative shoots - needles | Vegetative shoots - stem | Vegetative shoots | Girdled twig - stem | Dried twig - needles | Girdled twig - needles | Needles | Needles - dawn | Needles - later afternoon | Needles - midday | Needles - night | Light, 1 hour | Light, 3 hours | Light, 5 hours | Light, 7 hours | Light, 9 hours | Light, 13 hours | Light, 15 hours | Darkness, 1 hour | Darkness, 3 hours | Darkness, 5 hours | Darkness, 7 hours | Darkness, 11 hours | Vegetative buds | Female buds | Male buds | Buds | Pineapple galls | Somatic germinants - abnormal type | Somatic germinants - normal type | Cell culture - H20 - 5 days | Cell culture - KI added - 5 days | Cell culture - KI added - 20 days | Cell culture - KI removed - 4 days | Cell culture - KI removed - 12 days | Cell culture - solid medium | Somatic embryogenic cell line |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| - | - | - | - | - | - | - | - | 0.64 | 2.82 | - | 3.97 | - | 4.31 | 3.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| -1.01 | - | - | -0.15 | -1.17 | 0.79 | - | - | -2.39 | 2.79 | -2.1 | 3.3 | 0.83 | 2.34 | 1.76 | - | - | - | 2.29 | -0.39 | -0.92 | -1.93 | - | -0.04 | 0.5 | -0.26 | 1.07 | - | - | -0.07 | -2.06 | -0.93 | - | - | - | - | -1.64 | 0.12 | - | - | -0.97 | - | - | -1.53 | -2.0 | -0.33 | - | -2.92 | -1.53 | -1.23 | 0.1 | 1.23 | 0.87 | -0.93 | 0.12 | -1.12 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.49 | - | 3.24 | - | 4.42 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.74 | - | - | - | - | - | - | 4.35 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | 1.98 | 1.09 | - | 3.14 | - | 3.97 | - | - | 2.33 | - | - | - | 2.28 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.91 | - | 3.08 | - | 0.73 | 0.78 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.54 | - | 4.4 | - | 3.71 | 4.0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 0.8 | 2.43 | - | - | - | - | - | 4.15 | 2.83 | 3.96 | 2.43 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.13 | 3.6 | - | 3.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 1.41 | - | - | - | - | - | - | 3.39 | 3.43 | 4.58 | 3.02 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | -2.44 | -0.65 | - | 1.11 | - | -3.77 | 2.51 | -0.58 | 3.49 | 1.75 | 2.64 | 2.33 | -0.77 | - | 0.36 | 1.52 | 0.74 | - | - | - | - | -0.63 | 0.06 | - | - | - | - | -2.08 | - | - | - | - | 0.05 | -1.07 | -0.46 | - | 0.11 | 1.0 | -1.53 | -2.63 | -2.08 | 0.04 | - | - | -1.89 | -1.24 | - | -0.59 | 0.12 | -1.73 | -0.05 | 0.6 | -3.12 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.79 | - | 4.21 | 2.59 | - | 2.72 | - | - | - | 0.4 | - | - | - | - | - | - | -1.61 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.17 | 2.7 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.41 | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.92 | 5.14 | - | - | 3.73 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.69 | - | 4.03 | - | -1.22 | 3.72 | - | - | - | -0.45 | - | - | 0.35 | - | - | 2.78 | -0.3 | - | - | - | - | - | - | - | 2.04 | - | - | - | 0.01 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.98 | - | 1.4 | - | 0.25 | 0.06 | 0.36 | 0.51 | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.43 | - | 3.12 | - | 4.28 | - | - | - | - | 1.95 | - | - | - | - | - | - | - | 2.95 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.59 | - | - | - | - | - | 1.89 | 3.05 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.28 | - | 4.16 | 2.35 | 3.48 | 0.96 | - | - | - | -0.5 | - | - | - | - | - | - | -1.78 | - | - | 2.92 | - | - | - | - | - | - | 1.01 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.1 | - | - | - | - | 1.18 | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | 0.64 | 2.82 | - | 3.97 | - | 4.31 | 3.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | 1.57 | - | - | -2.08 | 3.01 | - | 4.35 | 2.12 | 3.22 | 2.73 | - | - | - | 1.11 | - | - | - | - | - | - | -1.64 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.56 | - | - | - | -2.21 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | 2.96 | - | - | - | - | - | - | 2.75 | - | 4.46 | 0.59 | -0.08 | 3.86 | - | - | - | 1.26 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 2.09 | -0.2 | - | - | - | - | - | - | 4.07 | 0.43 | 3.24 | 2.61 | - | - | - | -1.19 | - | 1.28 | - | - | - | - | -2.68 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.54 | - | - | - | - | 1.14 | 0.11 | - | 0.97 | -0.05 | 2.34 | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.47 | - | - | 5.08 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.0 | - | - | 4.59 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.88 | - | 4.24 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.49 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.98 | - | - | 4.61 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | -0.88 | - | - | - | - | 2.82 | -0.2 | 4.34 | - | 1.03 | 4.04 | - | - | - | 3.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 1.98 | - | - | - | - | 2.13 | - | 3.78 | 0.73 | 2.82 | 4.13 | - | - | - | 2.67 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.44 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 1.95 | - | - | - | - | - | - | 3.54 | 3.51 | 4.12 | 3.54 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | 2.62 | - | - | - | - | - | - | -0.6 | 2.98 | - | 3.77 | 1.9 | 0.43 | 1.26 | - | - | - | 2.53 | - | - | - | - | - | - | -1.56 | - | - | - | 1.35 | - | - | - | - | - | - | -0.52 | - | -0.31 | - | 0.97 | 0.53 | - | -1.11 | - | - | - | -1.48 | -1.02 | -0.7 | - | 0.43 | 0.2 | 0.25 | -0.48 | -2.17 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.02 | - | 4.39 | 3.67 | - | - | - | 2.6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.63 | - | 3.43 | - | 4.89 | 2.03 | - | - | - | 1.78 | - | - | - | - | - | - | -0.95 | - | - | - | - | - | - | - | 2.36 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.26 | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 1.68 | - | - | - | - | - | - | 4.91 | - | - | 4.51 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | -1.23 | -12.87 | 3.19 | 2.0 | 3.52 | 1.2 | - | - | - | 0.48 | - | - | - | 3.03 | - | - | -0.94 | - | -8.48 | - | - | -14.91 | - | - | 0.75 | 0.54 | 0.59 | - | - | - | - | - | - | 1.02 | 1.53 | 0.96 | 0.58 | - | - | -1.12 | - | 1.4 | - | - | 0.12 | 0.45 | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.37 | - | 4.16 | 3.99 | - | - | - | 0.6 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | 4.05 | - | 0.79 | 0.6 | - | 3.26 | - | 2.62 | 2.87 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.0 | - | - | - | -0.64 | - | - | 3.09 | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.82 | - | 4.6 | 3.06 | - | 2.58 | - | - | - | 1.15 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.24 | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | -2.04 | -0.17 | - | 4.5 | 1.56 | 4.49 | 2.78 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.08 | - | 4.48 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | 0.95 | 3.02 | - | 4.69 | - | - | 4.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 1.03 | - | - | - | - | - | - | 4.49 | - | 4.61 | 2.84 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.26 | 4.13 | - | 4.7 | 2.95 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | -1.11 | - | 4.55 | 2.71 | 4.24 | 2.24 | - | - | - | -1.19 | - | - | - | - | - | - | -3.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.47 | - | - | |
| - | - | 4.19 | - | 1.34 | - | - | - | - | 2.6 | - | 3.37 | - | - | 3.53 | 2.86 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.5 | - | 4.31 | - | 4.19 | 2.87 | - | - | - | 2.96 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.93 | 2.95 | 4.25 | - | - | - | - | -0.28 | - | 2.75 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.72 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.95 | - | 2.79 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.52 | - | - | 4.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -1.16 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.92 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 2.13 | - | - | - | - | 1.68 | - | 3.16 | 2.2 | 4.47 | 1.7 | - | - | - | 0.5 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.16 | - | - | - | - | - | - | - | 1.85 | - | - | - | - | |
| 3.49 | 3.38 | - | - | - | - | - | - | 0.95 | - | - | 3.75 | - | 3.11 | 3.37 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| -0.57 | -4.22 | -0.68 | 0.11 | 0.74 | 0.81 | 1.82 | -0.77 | -0.75 | 1.99 | -0.79 | 2.11 | 0.46 | 1.59 | 1.13 | 0.6 | 2.77 | 0.54 | 1.77 | -1.29 | -0.79 | -4.04 | -0.85 | -5.72 | -4.19 | -0.91 | -1.91 | -2.72 | -2.85 | -3.17 | -1.54 | -3.18 | -1.94 | -1.89 | -2.07 | -1.77 | -2.12 | -2.21 | -1.8 | -2.74 | -1.37 | -3.62 | 0.12 | -1.46 | -0.8 | -1.68 | -2.06 | -1.67 | -1.04 | -0.31 | 0.28 | 0.51 | -0.21 | -0.25 | 1.09 | -1.52 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | -3.14 | 3.13 | 1.81 | 4.04 | 0.55 | 2.91 | -0.12 | - | - | - | 2.56 | - | - | - | - | - | - | -1.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.65 | - | -0.35 | 0.72 | - | - | - | 1.88 | - | - | -1.19 | - | - | 0.33 | - | - | -0.23 | -0.58 | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.16 | - | 4.86 | - | - | 4.04 | - | - | - | 2.97 | - | - | - | - | - | - | -1.09 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | 1.01 | - | - | - | - | 2.83 | - | 3.82 | 2.08 | - | - | - | - | - | 1.71 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.98 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.69 | 1.8 | 1.73 | 2.72 | 2.75 | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.98 | - | - | 4.61 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.86 | - | 3.13 | 3.46 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.44 | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | -0.48 | 2.28 | - | 4.66 | - | 4.0 | 1.45 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.65 | - | 1.68 | - | |
| - | - | - | - | 0.56 | - | - | - | - | - | - | 4.57 | 2.54 | 4.51 | 1.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | 4.5 | - | - | - | - | - | - | - | 4.25 | - | - | 3.85 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.16 | - | 4.64 | - | - | 3.21 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.43 | 3.13 | - | - | |
| - | - | 3.89 | 2.21 | -0.13 | -0.2 | - | 3.35 | - | - | - | 3.21 | - | - | 3.56 | - | - | 1.53 | -0.75 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.46 | - | 5.09 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | -1.19 | 1.03 | -0.51 | -0.6 | 0.94 | 3.06 | -2.79 | -2.32 | 1.42 | 0.78 | 2.14 | 0.38 | 1.18 | 1.97 | - | 2.69 | -0.97 | 1.2 | - | - | - | - | - | - | -2.2 | -1.8 | - | - | - | -1.13 | - | - | -0.48 | -2.59 | -1.06 | -2.81 | - | -1.81 | - | -1.91 | - | -3.21 | -2.83 | -2.87 | - | - | -4.35 | -1.44 | 1.38 | 0.15 | 1.28 | 0.66 | 0.15 | 1.72 | -4.26 | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.55 | - | 4.23 | 2.48 | - | - | - | 2.61 | - | - | - | - | - | - | 1.07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.69 | - | 4.45 | - | - | - | - | - | - | 1.39 | - | - | - | - | - | - | 0.21 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.95 | - | 3.29 | - | |
| - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.0 | - | - | 4.59 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.