Heatmap: Cluster_89 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - 4.11 - - - - 5.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - -2.87 2.82 2.7 0.21 -2.76 -1.19 - -3.21 - - - 4.17 - -0.86 - - - - -2.8 0.33 - - - 0.29 1.61 0.79 2.62 0.33 0.97 -0.34 -3.22 -10.8 -7.31 -1.91 -0.52 - -4.55 - - - -0.25 0.46 -1.55 -2.13 -2.49 - - -1.93 -5.0
- 2.77 - - - - - - -0.31 0.36 - - 2.13 - 1.76 - - - 1.25 - - 1.96 - - - 0.41 - - - - - - - 1.97 - - - 1.87 2.16 - - - 1.8 2.16 2.9 2.11 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.16
- - - - - - - - 3.26 - - - - - - - - - 5.27 - - - - - - 2.97 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 2.55 -5.71 -0.41 1.0 - - - - - - - - 1.81 - - - - - - 0.93 - - - - - - - 2.41 1.33 - - -5.77 2.8 2.68 2.26 1.46 1.14 - - - - -0.15 - 1.15 1.64 - - 2.24 - -
4.54 - - - - - - - 0.47 - - - - - 3.39 - - - - - - - - - - - - - 4.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.9 3.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.93 - - - - - - - - - - - - - - 3.51
-1.94 -3.63 -2.83 -5.9 -1.7 -2.44 - -1.34 2.69 -0.27 3.01 1.73 1.57 2.75 1.59 - - - 0.31 -2.68 -4.43 - - - - -2.93 -2.44 - - - - - - - - - - - - - - - 1.8 0.11 1.55 -1.9 - 1.0 0.65 1.4 1.01 -0.95 0.69 0.04 -1.59 1.0
- - - - - - - - 1.62 5.29 - - - - - - - - 3.23 - - - - - - 2.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-3.85 -2.31 - - - - - -7.57 1.33 2.08 - - - - - - - - 1.74 - -5.56 -6.62 -3.98 -3.51 -4.41 -1.03 - -5.68 -6.81 - 0.05 0.08 0.04 -0.61 -0.68 -0.7 0.22 0.69 0.75 0.3 2.26 -1.41 -2.13 -5.28 -2.54 -5.98 -5.48 0.54 0.69 1.95 2.65 1.68 1.91 0.84 1.13 2.12
- - - - - - - - 1.7 4.65 - - - - - - - - 4.77 - - - - - - -2.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.18 - -2.44 - -4.38 - - 0.75 - - -3.61 - - - -0.77 - - -2.71 -0.43 -0.17 -0.14 0.81 1.85 - -2.18 1.23 -2.9 -3.03 0.65 0.69 -0.83 -1.66 1.96 0.65 2.85 2.49 2.15 0.81 2.2 1.57 1.88 -3.98 -2.31 - -0.03 -2.7 -3.53 -3.91 -3.86 - - - -2.41 -3.77 -
- - - - - - - - 2.59 5.18 - - - - - - - - 3.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.32 - - - - - 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.05 - - - - - - - 3.64 - - 3.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.07 - - - - - - - - - - - - - 3.23 2.24 2.72 - - - - - - -
- - - -1.54 - - - - 2.46 1.46 - - - - - - - - 2.43 - - - - 0.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.63 - 0.21 0.4 3.37 0.4 -1.59 4.19 2.18 -0.53 1.35
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.58 - - - 2.33 - - - - - - 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.07 2.26 3.35 - - - - - - - - - - -
- - 3.99 - - - - - -0.19 - - - - - - - - - - - - - - - - -0.6 - - - - - - 2.96 - - - - - - - - 2.91 - - - - - - - - - 3.91 - - 3.06 -
- - - - - - - - 2.08 4.04 2.26 2.62 - - 3.21 - - - 2.27 - - - - - - 0.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.96 - - - -0.4 - - - - - - -
- - - - - - - - 4.83 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.47 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 4.17 - 3.49 - - 3.15 -0.13 - - - - 2.71 - - - - 2.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.55 0.53 - - - - - - 1.58
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.79 3.21 - - - - - - - - 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.57 - - - - - - - - - - - 2.65
- - - - - - - - 5.35 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.85 - - - - - - -0.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.07 - - - - - 2.81 - - - - - - - - 3.19 - - - - - - 2.74 3.04 3.14 -
- 3.85 - - - - - - -0.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.07 - - - - - 2.81 - - - - - - - - 3.19 - - - - - - 2.74 3.04 3.14 -
- -3.62 - - - - - - 3.59 -1.64 - - - - - - - - -1.02 - - - - - -4.01 -3.63 - - - - -3.98 - -4.51 -3.53 -3.21 -2.23 - -3.48 - - -1.37 -4.17 -6.01 -5.92 -2.64 -4.75 - 3.62 3.71 0.86 1.68 1.53 1.2 -1.87 -0.77 2.36
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.7 - - - - - - - - - 0.61 - - - - - 3.0 -1.65 - - 2.77 - 1.69 2.2 2.44 2.56 1.88 - - 1.67 2.2 1.41 - - - - - - - -0.71 -2.27 - 0.56 - - - - 1.09
- - - - - - - - 2.57 - - - - - 5.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.03 3.8 - - - 4.82 - - - - 3.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.49 - - - - - 2.36 - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.5 2.51 - - - - - - 3.06
1.68 - - - - - - - 1.7 0.51 1.21 0.95 0.93 0.86 2.34 - - - 1.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.95 1.56 2.61 - - 1.11 -1.25 1.2 - -0.34 1.25 1.08 - 2.14
- 2.22 - 1.86 - - - - 0.71 - - 2.62 3.1 2.91 - - - - - - - - - - - -0.07 - 3.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.56 - - - - - 1.39 1.26 - - -
- 4.6 - - 3.26 - - - 2.39 - - - - 3.35 - - - - 2.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 0.76 -23.68 -0.49 -0.08 - - 0.51 - - - - - -1.19 -0.02 - - 1.66 2.75 - -0.82 - - - - 2.55 2.82 1.16 0.57 0.22 - - - -0.26 1.34 3.23 - - - - 0.24 - - -1.51 - - - 2.01 - 1.69 -
- - 2.96 - 0.1 - - - 2.76 - - -23.85 - - 0.72 - - - 2.24 - - - - - - -0.66 - 3.79 2.29 - - - 1.0 - - 0.79 - 2.08 - 0.57 0.82 - - - 0.86 - - -0.66 -0.01 - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - 0.76 -23.68 -0.49 -0.08 - - 0.51 - - - - - -1.19 -0.02 - - 1.66 2.75 - -0.82 - - - - 2.55 2.82 1.16 0.57 0.22 - - - -0.26 1.34 3.23 - - - - 0.24 - - -1.51 - - - 2.01 - 1.69 -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.83 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.83 - - - - 3.94 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.03 3.73 4.44 - - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.85 - - - - 5.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.87 5.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.76 -2.46 -2.24 - - - - -1.62 0.51 2.08 -4.34 -4.11 -4.1 - - - - - 1.99 -3.16 -1.14 -1.3 -0.25 1.02 -1.5 -2.26 -0.68 -2.37 -2.5 -3.41 0.19 0.58 0.23 -0.7 -0.08 0.81 -0.5 0.46 -0.67 -2.26 1.86 -0.07 -2.45 -5.29 -3.73 -2.06 -3.17 -0.68 -0.28 1.57 1.61 1.06 2.18 3.14 -0.42 -0.27
- - - - - - - - 1.48 -0.15 - - - - - - - - 0.51 1.32 1.38 - - 1.26 - -1.64 1.37 - - - 0.41 - - - 0.47 1.73 - - 1.31 1.0 - - 0.95 -0.66 2.76 0.3 - - -0.71 0.3 2.33 2.89 1.2 - 0.41 0.58
-0.22 -1.33 - -5.68 -5.95 -4.9 - -1.44 2.47 2.74 -2.94 -3.61 -1.77 -4.29 -3.29 - - - 2.7 -3.81 -0.65 -0.43 -0.94 2.93 -0.45 -1.29 -1.71 -3.64 -3.77 -3.27 -0.8 -0.2 -0.88 -0.29 0.03 -0.64 -0.46 -0.42 0.03 -0.87 -0.59 -1.25 -1.35 -3.2 -5.59 -2.46 -0.59 -0.01 -0.18 0.39 -1.07 -1.34 1.36 0.91 -1.06 2.22
-1.1 3.29 -0.67 -0.88 -1.91 -1.65 - -1.99 1.84 1.87 -3.14 0.27 -0.64 -0.04 0.52 -1.73 - -3.18 1.65 - -0.42 - -1.42 -3.13 -2.18 -0.25 - - - - -4.9 -4.04 - -3.01 - -3.16 -4.03 -2.17 -1.88 -4.38 -4.13 -2.9 -1.81 -3.82 -4.06 1.62 -0.92 0.89 0.97 1.79 0.03 -0.6 1.07 1.97 -0.65 2.46
5.23 - - - - - - - 3.49 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.48 - - - - - - - - - 2.57 - 4.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.22 - - - 3.87 - - - 2.31
- 4.04 - - - - - - 3.62 - - - - - - - - - 3.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.0 - - - - - - - - - - - 1.41 - - - 3.07 - - -
- - - - - - - - 2.69 - - - - - 5.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.83 - - 2.77 - 3.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - -
- 1.71 - - - - - - 3.92 - - 1.09 - - - - - - - - - 2.49 - - - 2.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.95 2.0 - - - - - - - - 3.86
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.21 4.97 - - 3.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.25 1.69 - - - - - - - - 2.9 - 4.22 - - - - - - 4.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.48 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.96 0.74 - - 2.49 - 2.12 - - - 0.3 - 3.33 - - - - 1.63 - - - - - - 2.38 - - - - 2.22 2.52 - - - 2.16 1.72 - - - - - 2.12 - - - - - 0.8
- - - - - - - - 4.04 0.42 - 1.19 1.23 - - - - - 1.01 - - - - 1.9 - - - 1.9 - - -2.77 2.18 - - 2.69 1.16 - 1.75 1.23 - - -0.37 - 0.4 - 1.15 - -1.32 -1.62 - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
4.02 1.59 - - - - - 0.79 3.19 - - - - - - - - - - - - - 3.38 - - -0.51 - - - - - - - - - - - 0.44 - - - - 0.62 - - - - 0.52 0.23 - - - 2.27 0.6 - 1.55
- - - - - - - - 3.48 - - - - - - - - - 5.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.55 3.57 - - - - - - 3.44 -0.89 - - -2.34 - - - - - -0.03 -1.91 -0.69 - 0.34 -0.74 -0.36 -5.68 -1.06 -1.89 -0.66 -1.12 -7.32 -8.24 -5.32 -7.79 -6.89 -5.44 -5.1 -4.06 -5.14 -6.6 -5.4 - -8.52 -6.12 -4.16 0.59 -4.69 2.77 2.82 0.89 -5.06 -4.68 -0.63 0.57 -3.17 2.62
-0.71 0.74 -2.59 -1.45 -3.11 -2.42 -1.68 -1.57 2.71 2.43 -1.97 -1.94 -1.17 -3.3 -2.71 -3.1 - -1.44 2.62 -2.39 -1.34 -1.77 -1.56 0.7 -1.58 -2.71 -1.61 -1.86 -2.28 -1.87 -0.94 -1.06 -1.12 -0.9 -1.13 -0.96 -0.85 -0.72 -0.46 -0.78 0.01 -1.32 -1.19 -2.21 -1.45 -1.81 -1.58 0.04 -0.09 2.11 0.68 -0.89 1.34 1.3 -0.74 2.47
- - - - - - - - 3.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.04 - - - 3.75 3.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-3.43 -3.54 - - - - - - 1.98 2.34 - - -5.18 - - - - - 1.82 - - -4.39 - - -4.5 -0.78 - - - -4.49 -0.39 -0.0 -0.64 -0.86 -0.63 -1.57 -0.14 0.36 0.79 -0.08 2.19 -1.32 -3.1 -6.37 -1.64 -5.41 -4.25 0.48 0.76 1.78 2.54 1.69 1.88 0.95 1.11 2.3
- 2.22 - 0.27 - 1.25 - 0.89 2.15 -0.4 - - - - - - - - -0.72 - 0.85 - 3.65 - - -1.71 - - 0.6 2.27 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - 1.93 - -1.72 -2.92 1.14 0.92 -0.27 0.82 1.26 1.88 -0.07
- - - - - - - - 4.92 - - 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.04 2.53 - - - - - - 1.2
- - - - - - - - 1.41 - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - -1.58 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.5 3.31 - - - - 1.18 - - - - - 4.01 -
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.72 - - - - - - 1.98 2.51 - - - - - - - - 1.2 - - - 2.92 - - -1.41 - - - - -0.18 - 0.89 - - - - 0.56 - - 2.11 2.03 0.72 - 0.87 - - -1.7 0.93 2.39 - 0.95 - 2.44 0.96 -
- 1.52 - - - - - - 4.35 2.39 - - - - - - - - 2.75 - 2.32 -0.33 - 1.61 - -0.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.56 - 0.5 0.28 - 0.68 - - - - 0.39
- - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.97 3.47 - - - - - - - 2.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.34 3.64 3.73 -
- - - - 3.72 - - - 4.82 - - - - - - - - - 2.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.85 - - - - - - - -
- - - - - - - - 5.07 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.42
-3.29 -0.59 - - - - - 0.23 0.56 1.16 - -4.05 -2.38 - -4.4 - - - 1.41 -2.84 0.36 -0.14 0.62 0.69 -3.1 -1.96 -0.88 -3.31 -3.44 - 0.69 1.55 1.25 0.34 0.32 0.98 0.56 0.38 0.85 -1.33 2.53 1.06 -0.73 -2.42 -3.67 -1.03 -2.1 -0.46 -0.47 0.85 0.58 -0.5 1.72 2.42 -1.5 -0.93
- - - - - - - - 3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.66 3.05 - - 2.57 - - 2.98 - - - - - - -1.62 - - 3.21 2.93 - - - - - - 0.02
- 1.01 - - - - - - 3.32 2.33 - - - - - - - - 2.41 - - - - - - -1.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.35 - 3.58 2.94 0.01 0.05 - 1.06 0.21 0.23 2.57
- - - - - - - - 0.53 2.29 - - - - - - - - 1.78 - 4.82 - - - - 1.53 - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.9 - - - - - - - - - 4.34 - - - - - - -1.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.99 - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.