Heatmap: Cluster_183 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.77 1.22 1.44 - 2.84 2.04 - - - 2.54 - - - - - - 0.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.42 - - - - 2.25 - - -
- - - - - - - 1.23 - 3.7 - 1.43 - 1.39 1.72 - - - 3.67 - - -0.8 - - - -0.84 - 1.91 - - - - - - 1.48 - - - 0.46 - - - - - - 0.41 1.36 -2.35 -0.79 1.13 0.22 0.3 - 0.08 - -
- 3.12 - - - - - - -1.19 4.62 - - - - - - - - 3.64 - - - - - - - - - - - -0.22 0.85 - - - 1.64 - - -0.26 - - 1.17 - - - - - - -0.68 - - - - - - -1.58
- - - - - - - - - 4.39 - - - - - - - - 4.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.22 - 1.71 1.62 - - - -4.3 3.32 - 2.33 1.16 2.56 2.38 2.0 - - 1.19 0.93 1.99 - - - - -1.81 - - - - - - -0.96 -0.7 - - - - -0.91 - -1.13 -0.72 - -0.31 - 1.36 - 0.41 -1.27 - - - - - - -2.51
- -0.33 - - - - - 1.19 1.41 4.35 - - - - - - - - 2.94 -1.56 1.21 1.64 - -0.74 - -1.92 - - - - -1.55 - - - 0.54 - -0.08 -0.76 - 0.66 - - - - - 0.75 1.98 1.06 -0.56 - -0.31 -0.45 -0.98 - - -1.89
- - - - - - - - - 5.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.18 - - - - - - -
-0.44 - -2.79 -3.78 -4.92 - - - -3.97 2.51 3.08 -0.26 -2.18 0.94 -0.0 - - -4.98 1.64 - -1.48 - -2.22 -4.49 - -2.28 -2.22 -4.92 -5.05 -4.96 1.7 0.26 -0.04 0.06 0.01 0.67 0.4 0.41 0.68 1.4 0.68 -0.62 -1.23 -3.5 -3.54 -2.6 -3.71 -0.04 -0.59 -0.15 1.24 0.98 0.1 1.18 1.33 -0.33
-1.83 - - - - - - - -4.46 5.0 - - - - - - - - 4.36 - - - - - - -6.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.78 - - - -5.35 -5.51 -1.06 -1.16 -0.46 -0.9 -0.4 - -4.39
-2.22 -1.26 - -5.66 - - - -0.49 0.08 3.41 -6.08 -4.33 - -8.02 -5.43 - - - 2.58 -2.92 -0.78 -1.4 -3.34 -3.46 -2.98 -2.69 -3.94 - -6.76 -5.67 -0.71 -0.47 -0.8 -0.31 -0.38 -0.49 -0.25 0.07 0.66 0.92 -0.27 -1.23 -5.11 -5.38 -5.4 -0.7 -0.78 0.04 -0.6 1.36 1.83 2.29 0.89 2.34 1.78 -3.38
- -1.52 - -2.65 -1.53 - - -3.74 -0.14 3.36 -0.89 1.21 -0.1 0.52 1.73 - - - 3.52 -2.26 - -1.43 0.91 - - -5.6 - -5.02 - -3.07 - -2.69 - -3.0 - -5.11 - -4.57 - -2.85 -3.45 -3.22 - - - -2.04 - -3.59 -2.77 2.15 1.04 0.81 1.97 2.36 1.23 -1.23
-3.65 -0.38 -2.35 -2.23 -4.91 -4.98 -2.57 0.51 0.63 3.05 -0.8 0.49 0.25 0.79 1.26 -3.67 - - 3.36 -4.6 -1.86 -2.2 -1.55 -3.89 -2.83 -4.24 -2.78 -4.6 -4.61 -4.64 -2.73 -1.76 -1.93 -2.58 -3.59 -2.29 -3.8 -1.86 -3.75 -1.33 -1.68 -2.55 -6.41 -5.98 - -3.99 -4.27 -3.5 -3.86 2.43 0.98 0.5 2.25 2.27 1.37 -1.06
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.61 - - - - - - - -0.86 3.67 - - - - - - - - 2.47 0.19 -1.52 -2.45 -0.52 1.37 0.31 -3.98 0.06 0.69 -0.76 0.85 - 0.04 -0.91 -2.21 -2.42 -1.16 - -2.78 0.12 0.07 -1.0 -2.63 1.57 1.86 2.37 -0.38 0.89 0.05 0.09 - -0.24 -0.92 -0.68 0.04 -2.43 -3.17
- - - - - - - - -1.35 4.22 - - - 3.19 - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.29 3.04 - - - - - - 2.12 - - - -
- - - - -3.1 - - - 0.6 5.04 - - - - - - - - 4.2 - -1.26 - - -0.06 - -5.3 - - - - -2.86 - -3.34 - -3.17 - - - -3.16 - - -2.97 - - - -0.13 - -3.54 -3.08 - - - - - - -4.73
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.65 - - - - - - - - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.67 - - - - - - - - - - - - - - - -2.09 - - - - - - - - - - - - - - - 2.23 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.34 4.48 - - - - - - - - 4.09 - - - - - - -1.83 - - - - - - 0.59 1.93 - - 0.89 - 0.72 - 0.5 - - - - - - -1.71 -2.52 0.41 - - 0.31 - - -0.88
- - - - - - - - - 5.55 - - - - - - - - 3.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.43 0.98 - -1.91 - -0.46 - -0.06 -0.68 1.84 2.19 1.05 0.64 -1.35 0.18 - - - 0.82 -2.57 0.12 -1.79 -2.34 -0.87 -1.92 -0.76 -0.02 -1.13 -0.41 -1.49 0.34 0.54 0.58 0.2 0.16 0.35 0.33 -0.58 0.12 0.28 0.37 -0.3 -0.61 -0.69 0.73 -0.7 -3.25 -1.18 -0.84 0.49 0.73 1.38 0.34 0.5 0.99 -0.18
- - - - - - - - - 5.4 - - - - - - - - 3.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.99 2.95 - - - - - - - 3.44 - - - - - - 2.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.53 - - - - - - - - 2.57 - - - - - - 1.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.28 - - - - - - - - 3.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.5 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.62 3.22 - - - - - - - - 3.78 - -0.58 - -0.58 - - -4.98 - - - - 0.09 0.41 2.22 2.29 -0.58 0.22 -0.54 1.18 0.55 1.96 1.21 0.52 -0.87 -0.28 - -1.44 1.09 -0.32 -1.27 - - - - - - -
- - - 4.01 - - - - - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.16 - - - - - - -
-1.95 - - - -3.13 - - -2.19 1.34 4.54 - - -0.16 -2.39 -3.51 - - - 3.61 -0.84 -2.29 0.86 -0.68 - - 2.23 - -2.22 -2.45 - -3.8 -1.38 - -1.15 -2.17 -1.45 - -1.24 -1.6 -2.0 -1.7 -3.26 - -2.03 - -0.05 0.96 -0.65 0.28 - - - - - - -
-1.11 1.59 -2.0 - -1.63 - - 0.34 -0.01 2.61 - -0.49 -0.83 - - - - 1.27 1.72 -0.31 0.99 -1.06 -0.43 1.46 0.4 -0.83 -1.02 1.57 0.74 1.16 -0.02 0.55 0.52 -0.07 -0.66 0.67 0.25 -1.7 -2.91 -2.22 -1.88 0.3 0.69 0.12 -0.76 0.41 0.08 -3.08 -2.07 -1.23 -2.93 -1.02 - -2.02 -1.93 1.36
- -1.22 - - - - - - 1.68 5.14 - -0.81 - - - - - - 3.39 - -0.01 - - - - -4.44 - - - - - -1.01 - - 0.0 -0.87 -2.26 -0.79 - - -0.89 - - - - -0.98 - -2.7 -3.65 - - - - -1.11 - -1.03
- - - - - - - - - 5.19 - - - - - - - - 2.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.94 - - - - - - - - - - - - - - -
-0.58 4.0 -0.75 1.58 -2.49 -0.66 0.54 2.39 -8.92 2.61 -2.45 0.73 0.32 1.39 1.6 -2.56 - -4.75 3.24 - -1.57 -3.61 -4.57 - - 0.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.63 0.43 -4.49 -7.35 -8.31 -3.3 -4.11 -2.82 -4.66 -4.12 -2.71 -2.64
- - - - - - - 1.61 2.54 5.09 - 0.7 - - - - - - 1.55 - - 0.46 - - - -2.89 - - - - - - 1.44 - 0.28 - - - - - - - - - - 0.65 - -0.05 - - - - - - - -0.97
- - - - - - - - - 4.97 - - - - - - - - 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.78 -2.77 - -5.72 - - - -4.47 0.9 4.29 - -4.65 -6.93 - - - - - 3.09 -3.18 -3.15 -3.03 -3.83 -3.09 -2.32 -2.18 -1.83 -2.46 -3.23 -3.72 -0.63 0.04 0.27 -0.01 0.24 -0.3 -0.64 -0.79 -1.25 -0.35 0.01 -0.96 -0.05 -0.54 -1.5 -3.86 -1.81 0.5 1.03 -1.71 0.01 -0.42 -1.6 -1.97 0.16 2.25
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.27 - - - - - - - - 3.59 -0.33 -0.86 -1.91 -0.86 -0.98 -1.03 -3.91 0.13 -0.97 - - -2.96 -0.13 -0.9 -0.74 -2.09 - 0.1 -0.43 -0.75 -0.04 -0.44 - -2.06 - - -0.72 0.23 -2.28 -3.02 1.02 1.27 1.1 1.3 0.01 -0.24 -
1.39 2.04 - - - - - -1.87 1.67 2.25 -3.73 -4.39 -1.15 - -4.67 - - - 1.59 2.07 - 0.36 -0.92 2.05 -0.82 1.68 1.9 0.57 -1.39 0.29 -0.03 -1.35 -0.96 -0.02 -1.94 -2.71 -0.88 -0.16 -1.16 -0.84 0.74 -2.26 - -4.84 - -0.11 2.07 0.12 0.36 -0.76 -2.38 -3.19 -1.58 -1.68 - -
-4.19 - - - -3.64 - - - 1.84 4.35 -5.27 - -2.52 - -5.31 - - - 3.16 0.45 -0.39 -0.89 -4.1 -4.05 0.79 -1.97 1.1 -0.34 -1.2 -0.38 -0.21 -0.47 0.36 -0.01 -0.26 -0.41 -1.4 -0.09 -0.71 -0.57 -0.02 -1.43 -4.52 - -4.15 -2.55 -0.68 -0.9 -1.48 -1.43 -1.56 -1.63 -1.54 -1.24 -0.67 -2.72
- - - - - - - 1.25 - 4.94 - 2.42 - - - - - - -0.23 - 1.92 - - - - -2.51 - - - 1.76 - - 1.82 - - - - - - - - - - - - 1.39 - - - - - - - - - 1.68
-4.12 -3.0 - - - - - - -0.44 4.99 - - - - - - - - 4.2 -5.26 -1.7 -2.05 - -2.23 - -3.4 - - - - -3.78 - - - -1.91 -2.38 -5.27 -3.01 -2.98 -2.92 -2.56 -5.14 -5.2 -4.06 -4.08 -2.04 0.29 -0.93 -1.58 -5.44 - - - -4.28 -3.41 -2.12
- - - - - - - - 1.43 4.25 - -1.35 1.44 - -1.81 - - - 4.17 -0.02 - - -0.55 - - -3.01 - - - - -1.73 - - - -1.78 -1.78 - - - - - -1.26 - -2.16 -0.3 - -0.46 0.8 0.25 1.14 -1.47 -1.52 -0.18 -0.81 - -0.57
- - - - - - - - - 5.11 - - - - - - - - 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.22 - - - - - - - 1.05 4.59 - - - - - - - - 3.8 - - - - - - -4.75 - - - - - - -2.22 - - - - - - -0.28 - - 0.86 -0.44 - -2.0 - -0.42 0.37 - - - - - - -0.7
- 1.38 - - 2.74 - - - 0.94 4.89 - -0.24 - - - - - - 3.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.15 - - - - - - - -0.5 - 0.67 -1.33 -3.19 -0.63 -0.47 - -0.59 - - -1.9
- - - - - - - - -1.92 5.27 - - - - - - - - 3.85 - - - - 0.21 - - - - - - - - - - - - - - - -0.4 - - - - - - - -3.03 - - - - -0.84 - - -
- - - - - - - - - 5.28 - - - - - - - - 3.53 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.5 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - -0.27 -0.17 4.8 - - - - - - - - 2.97 - - 1.26 - - - - - - - 0.58 - - - - - - 1.59 - - - - - - -0.88 - -0.13 - -0.46 -2.96 0.59 2.01 -0.3 -0.29 - 0.74 -0.88
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.33 - - - - - - - 0.46 4.54 - - - - - - - - 3.57 - - 1.37 - - - - - - - - - 1.91 - - - - - - - - - - -0.74 - - 0.35 - - -2.07 - - - - - - -0.15
- - - - - -1.24 - - -0.89 5.3 - - - - - - - - 3.15 -1.7 - -2.29 - - -0.4 -1.21 0.93 -1.35 0.33 -0.8 -2.26 - - -3.23 -3.03 -3.08 - - - - - -1.75 - - - - - - -4.14 - - - - - - -
- -17.44 - - - - - -0.91 0.69 2.74 0.92 1.28 0.08 1.74 1.7 - - - 3.22 - -1.13 - - - - -3.81 - - - - -0.53 -4.48 -1.8 -1.54 -1.15 -2.15 -2.89 -4.49 -2.53 -1.49 -2.26 0.04 - - -2.68 - - -3.7 -2.98 2.32 0.75 0.87 2.18 1.9 1.95 -1.34
0.67 - - - - - - - -0.31 4.81 - -0.09 0.99 0.3 - - - - 4.1 - - - - - - -1.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.27 - 0.9 - -1.59 -2.93 - - - - - - 0.2
- - - 3.36 - - - - - 4.09 - - - - 2.72 - - - 3.74 - - - - - - -2.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.88 - - - 0.17 - - - - - - -
- 3.63 - - - - - - -0.37 4.28 - 1.43 - - 0.98 - - - 4.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.32 - - - - - - - 0.62
- - - - 3.38 - - - - 5.06 - - - - - - - - 3.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.62 -0.95 - - - - - 1.11 2.62 3.01 -2.25 -2.56 -1.79 -1.4 - - - - 3.2 -1.18 0.43 -2.77 -0.16 - -1.33 -0.92 -1.16 -2.85 -0.99 - 0.41 1.44 0.45 0.66 -0.01 -0.96 0.91 0.21 -0.43 0.45 0.41 0.28 0.08 -2.11 - -3.39 -1.0 1.08 0.68 - -3.91 -0.8 - -4.06 - -
0.96 -2.22 - - -7.5 - - -1.09 1.29 3.55 -3.68 -4.55 -0.45 -1.48 -4.1 - - - 3.62 0.02 -0.69 -0.29 -1.07 -1.43 0.74 1.25 -1.5 -0.33 -0.38 -0.5 -0.37 0.52 0.56 0.33 -1.09 -1.07 -0.32 -0.05 -1.02 -0.45 -0.32 -0.22 -1.6 -3.36 -3.84 -3.62 0.11 0.47 0.57 -7.22 -2.97 -1.41 -7.04 -7.21 -3.82 -
- - - - - - - - - 3.91 - 4.19 - - - - - - 3.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.95 - - - - -
- - - - - - - - 1.57 5.06 - - - - 2.18 - - - 3.79 - - - - - - 0.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 0.84 -1.62 4.26 - - -0.59 - -0.93 - - - 2.56 0.03 0.3 1.26 - - - -0.72 - - - - 0.25 0.16 0.4 -0.36 -0.47 1.8 0.61 -0.89 -0.88 1.57 -0.63 -0.41 0.07 - - -0.58 - -0.82 -0.32 0.06 - - - 0.13 0.38 -2.36
- - -0.7 -2.47 -1.62 -2.37 - 1.72 -0.37 4.6 - - - -0.57 - 1.41 - - 2.56 - -1.52 - - -2.06 -2.69 -3.53 0.17 -2.64 -1.19 -3.68 0.16 -0.98 -0.05 -0.16 -0.64 -0.14 -1.0 -0.19 -1.21 -0.43 -0.17 -2.5 -0.12 -0.11 0.73 - - -0.22 -0.96 -4.6 -3.07 -2.24 -2.72 -4.85 -1.67 -4.09
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -3.87 5.24 - - - - - - - - 3.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.23 -2.7 -2.26 -0.13 -0.54 -2.37 -0.17 -0.05 0.43
- - - - 4.48 - - - - 4.71 - - - - - - - - 2.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.52 - - -1.4 -2.38 -4.18 - -2.05 -2.35 3.13 0.81 -1.06 -2.41 -0.65 -1.31 -3.6 - - 2.52 -2.76 -0.29 -2.31 -1.29 -1.53 - -3.18 -3.3 - -3.54 -2.44 1.76 0.61 0.63 -0.48 0.38 0.67 0.61 0.66 0.44 1.27 0.91 -0.74 0.24 0.07 -0.84 -0.53 -3.21 -1.6 -1.5 -1.14 0.93 0.96 0.28 0.57 0.47 -0.01
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.84 - - - - - - - 0.83 4.67 - - - - - - - - 4.32 - - - -0.74 - - -2.25 - - - - - -1.77 -1.82 - - -0.77 -1.99 - - - -1.86 0.13 - - - -1.61 - -0.66 -0.73 - - - -1.76 1.24 -1.71 -
- - - - - - - - -0.12 3.09 - - - - - - - - 2.98 -2.18 -0.94 - - - - -2.51 - - - - 0.52 0.34 -0.73 0.16 -1.21 0.61 -0.81 -1.24 -0.86 0.05 0.05 -2.5 -0.83 -0.42 -3.58 -1.39 - -0.41 -0.51 2.11 2.24 1.83 2.15 2.66 -0.17 -3.11
- - - - - - - - - 5.69 - - - - - - - - - - - - - - - 2.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.39 - 4.92 - - - - - - - - 2.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.03 - - - - - - - - 0.9 - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.