Heatmap: Cluster_312 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - 4.21 - - - - - - - - 4.76 - - - - - - 3.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.92 - - - - - - - - - - - - - 4.95 - - 4.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.92 3.34 - - - - - - - 1.79 3.35 1.85 -6.15 - - - - 2.27 - - - - - 1.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.21 - - - 1.29 1.15 - - -0.17
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.65 4.44 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - 3.31 - - - - - 4.96 - - 3.83 - - - - - - - - - - -0.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -2.48 2.04 -0.8 0.48 - - - - - - 1.6 - - -0.36 - - - -1.17 - - - - 0.98 0.29 2.24 0.97 2.6 1.76 0.69 3.04 2.29 - 1.63 1.94 - - - -0.78 - -1.02 -1.07 - - -0.82 -0.23 - - 0.61
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.12 - - - - 2.7 - - 5.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.11 - 2.69 0.81 2.77 3.98 1.93 - - - -0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.4 1.58 0.64 - - 1.45 1.23 - - 1.32 - - - 0.48
- - 2.77 - - - - - - 1.16 - - 2.98 3.87 3.75 - - - -0.61 - - - - - 2.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.67 - - - - - - 0.28
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.81 - - - - - - - - 1.45 - 3.49 - 4.49 - - 2.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.62 - - 2.85 - - - - - - -
- - - - - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.61 - - - - 4.09 4.01 - - - - - - - - - - - - - - - 1.47 - - - - - - - -
- - - 1.02 - - - - -22.17 - 2.98 - - - - - - - - - - - - - - -0.95 -23.13 - - - - - - - - - - - - - 3.01 - - - 2.91 3.8 - - - - 2.6 2.4 2.24 - - -
- - - - - - - - 1.12 2.54 - - - - - - - - 3.59 - - - - - - - - - - - 2.84 - 3.43 - - - - - - 3.23 - - - - - - - - - 2.92 - - - 0.08 - -
- - - - - - - 1.82 -3.12 1.12 - - - 0.62 1.91 - - - 1.2 - 1.14 0.08 - 1.02 - 0.09 - - - - - - - - -0.1 - - - - - - - 2.37 1.61 3.4 2.22 - -2.52 -1.11 - 1.03 1.68 1.05 1.04 - 0.9
- - - 2.92 1.55 1.48 - - - - - - - - - 4.08 - - - - - - - - - 0.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.61 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.27 1.98 - - - - - - - - 3.65 - - - - - - 1.59 - - - - - - 3.95 - - 3.65 - - - - - - - - - - - - 2.87 - - - - - - -
- - - - - - - - -0.48 1.1 - - - - - - - - 1.79 - - - - - - 2.6 - - - - - - 1.72 1.79 1.76 2.48 - 2.44 - - 3.18 - - - - 1.81 - - 1.84 - 1.62 - - - 1.68 -
- - - - - - - - -1.56 - - - - - - - - - - - - - - 2.58 - 0.02 - - - - - 3.2 - 3.08 - 1.56 - - 1.96 - 1.78 - - - - - - 2.14 2.8 - 1.54 1.67 - - 1.72 -
3.43 3.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.47 - - - 1.09 - - - 3.37 - - - - - - - - - - - - - - 2.47 - - - - - - - - - 2.61 -
- - 1.7 3.51 - - - 4.38 -0.78 - - - - - 1.09 2.38 - - 0.74 - - - - - - -1.03 - - - - 0.44 0.66 0.74 0.81 - - - - 0.79 - - 0.58 - - - - - -1.64 -0.97 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.27 1.98 - - - - - - - - 3.65 - - - - - - 1.59 - - - - - - 3.95 - - 3.65 - - - - - - - - - - - - 2.87 - - - - - - -
- 2.48 - 1.12 2.4 - - 0.79 - 1.14 - 2.46 - 2.92 1.43 - - - 2.27 - - 1.68 1.69 - - - - - - 2.53 - - - - - - - - - - - - - - - 2.27 - - - 0.48 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - -2.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.74 3.72 4.09 -
- - - - - - - - - - - 5.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.97 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.02 4.63 3.41 3.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.71 - 2.4 - - - -0.07 - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.42 - 3.2 4.21 - - - - - 3.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.91 - - 3.03 -
- 3.45 - - - - - - -0.84 - - - - - 2.41 - - - - - - - - - - -2.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.18 - - - - - 2.6 - 2.63 - - 3.13
- - - - - - - 2.59 -1.43 -1.21 - - - - - - - - -0.06 - - - - - - 0.67 - - - - 2.9 1.33 1.92 - - 2.17 - 2.98 1.38 1.86 2.88 0.43 - - - - - 0.85 1.91 - - - - - - -
- - - - - 3.71 - - - - - - - - - - - 5.33 - - - - - - - 1.46 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.38 3.28 3.48 - - 4.83 -
- - - - - - - - - - - - - 4.15 - - - - 3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.06 - - - - 4.4 - -
- - - - 0.53 - - 0.47 1.33 -1.24 - - 0.58 - - - - - 0.91 - 1.37 2.94 - - - 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.08 - - - 0.37 1.94 0.16 1.32 1.92 - - 4.22 -
- - - 2.92 1.55 1.48 - - - - - - - - - 4.08 - - - - - - - - - 0.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.61 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - - - 3.79 1.86 -1.94 - - - - - - - - -1.0 0.8 2.38 - - -0.24 -0.88 -1.8 1.99 - 1.21 0.14 - - - - - - - - - - - - 3.65 0.03 - 0.87 0.38 1.03 1.34 -2.78 - - - - - -1.44
- - - - - - - - - - - 3.84 4.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.53 - - - - -
- - - 4.28 - - - - -1.3 2.82 - 2.82 - - - - - - 0.17 - - - - - - 2.39 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.46 - - - - 1.25 1.76 - - - 1.33 1.44 1.72 -
- - - - 2.97 - - - - -0.11 - - - - 1.27 - - - - - - - - - 2.31 0.17 - - - - 1.86 - - 1.79 - 3.41 - 2.3 - 1.11 1.37 - - - 1.4 - - 1.51 0.37 1.07 - - - 1.29 - -
- - - - - - 0.4 - - 2.22 - - - - - - - - 2.21 - - - - - - 2.58 - - - - 2.72 - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 - - 2.17
- - - - - - - - - 3.13 - 3.87 - - - - - - 2.45 - - - - - - 1.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.61 - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.8 - - - - - - - - - - - - 1.87 - - - - - 2.65 - - - - - 2.29 3.84 - - - - - 3.17 - - - - 2.23 - - - 2.64 - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.96 - - - - - - -0.82 - - - - - - 3.54 4.02 - - - - - - 3.42 - - - - - - - - - - - - - - 0.44
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.76 0.05 - - - - - - - - 0.88 - - - - 2.6 2.55 0.28 - - - 3.57 - - - - 2.49 - - - - - - - - - - - 2.81 - 0.64 - - - - - 3.77 -
- - -0.79 - -2.28 - - 2.86 1.76 -2.04 - - - - - - - - -1.09 -1.27 2.29 0.96 0.78 -0.33 -0.97 -0.19 1.89 2.4 1.12 0.04 - - - - - - - - - - - - 3.56 -0.06 - 0.78 0.28 0.94 1.25 -2.88 - - - - - -1.17
- - - - - - - - - 3.1 - - - - 5.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.77 - - - 1.8 - 3.26 - - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - 3.73 - - - - - - - 3.65 - - - - - - - 1.15 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.88 - 3.38 1.7 3.71 3.36 1.3 - - - - - - 2.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - - -0.03 - - 1.54 - - - -
- - - - - - 2.09 - -0.77 3.64 2.96 2.45 - 0.76 0.9 - - - -0.17 - 0.65 - - - - - - - - - - 0.98 - - 2.69 - - - - - - - - - - -0.42 - 1.86 2.43 - - - - - - 0.29
- 2.91 - - - - - 0.5 -1.78 - 0.26 - - - - - - - 1.9 - 3.1 - - - - -1.16 - - - - -0.54 - 1.11 1.86 -0.13 -1.01 -0.64 2.45 -0.42 - - - -1.7 0.02 1.18 0.54 - 3.31 1.66 - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.13 - - - - - 5.2 - - -0.33 - - - - - - -1.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 1.79 2.47 1.78 - 1.39 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.21 - 3.75 - - - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - - -
- - - -0.79 - - - - - -0.67 1.85 1.73 2.93 2.85 2.07 - - - 0.75 - - - - - - -1.37 - - - - 2.86 0.12 1.49 0.54 - - - 0.26 - 2.36 1.38 2.3 - - - - - - - - - - - - - -1.73
- -0.27 - - - - - 2.79 -0.16 -2.74 - -0.86 - - - - - - -0.02 - 2.84 -1.12 - - - -2.76 1.93 - - - - - - - - - -1.09 - - - - - 3.29 1.36 -4.99 -0.85 4.19 - 0.6 - -1.11 -1.1 - - - -
- - - - - - - - - 3.57 - 3.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.14 - 3.43 3.53 - - -
- - - - - - - - - 1.82 - 4.58 - 3.92 - - - - 1.96 - - - - - - - - - - - 3.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - -
- - 4.32 - - - - 2.3 - - - 3.48 2.52 - 3.09 - - - - - - - - - - 0.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.02 1.6 - - - - - - -
- - - - - - - - -0.32 - - - 3.17 2.5 3.71 - - - - - - - - - - 0.19 3.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.6 3.27 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.14 - - 3.74 - - - - - - - - - - 0.39 - - - - - - - - - 3.8 - - - - - - - - - - - - 3.28 - - - - - - -
- - - - - - - - -0.05 - - 2.58 - - 2.17 3.07 - - - - 4.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.33 1.31 - - - - - - -
- - - - 0.43 - - 0.9 - -0.77 - - - - 0.65 - - - 0.76 3.18 - - 2.91 - - 1.49 3.49 - - 2.75 1.24 0.91 - - - - 0.67 - - - 2.04 - - - - - - - - - 0.74 - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.99 2.97 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.58 - - - - - - - - - - - 4.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.39 - - - - - - -
- - - - - - - 1.32 - - - -15.61 - - - - - - - - - - 2.23 - 2.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 1.43 - - 2.31 - - 0.81 2.81 2.77 - 4.1 1.26 -0.27
- - - - 2.5 - - - - - - 3.35 4.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.25 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.96 3.69 - - - - - - 2.02
- - - - - - - - - 2.03 - - - - - - - - - - - - - - - 0.01 - - - - - - - - - - - 3.27 - - - - - - - - - - - 4.32 - 3.51 3.31 - - -
- - - 2.19 - 0.23 - - -2.23 - - 1.36 4.03 - 1.0 - - - 0.59 - - - - - - 2.73 - - - - - - - 2.22 - - - - - - 2.28 - - - - - 2.22 -0.44 -0.62 0.73 1.0 - - 0.83 - -
- - - - - - - - - 3.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.77 4.62 - - - - - - 3.18
- - - 2.3 - - - 2.91 0.01 0.89 - - 3.66 - 1.66 - - - -0.17 - 3.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.0 - 0.87 0.08 - - - - - - 1.34
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.61 2.87 - - - - - - -
- - - - - - - - 2.41 3.77 - 3.26 3.35 - - - - - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.96 - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.15 - - - - - - -
- 1.64 - 1.34 - - - 0.3 -2.08 -0.99 2.11 -0.56 1.02 2.21 -0.98 - - - - 0.02 - -0.76 0.26 - - -1.47 0.25 - - - - - - - -0.54 -0.97 -0.98 - - - - - 0.58 2.87 3.44 2.43 0.35 -3.07 -3.36 0.67 -0.91 - 0.58 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.02 - - 3.39 - - - - - - - - - 2.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.37 1.11 - - - - - - 4.47
- - - - - - - - - 0.4 - - 2.12 - - - - - 0.32 - - - - 3.13 - - - - - - 1.78 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.55 0.88 3.34 - 3.3 3.21 1.98 - -1.3
- - 1.29 -1.24 -0.08 - - - - -0.47 - - - - - - - - 2.83 - - - - - - -0.27 - - - - 1.63 0.7 2.98 0.91 1.46 -0.59 3.66 -1.53 0.11 2.47 1.48 1.57 - - - -1.75 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 2.95 - - - - - 4.44 - - - - - - - - - 2.17 - - - - - - - - 3.62 - - - - - - - - 0.95 - - - 2.97 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.51 - - - 2.82 - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.76 - - - - - - - - 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.99 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 2.32 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - - 5.54 - - - - - - - - - - - - -
- - - 2.55 - - - - - - 1.93 - - 1.58 - - - - - 2.96 - 2.01 - - - - - 3.9 - - - - - - - - - - - - - - 0.85 2.22 - - 3.11 -0.34 -0.51 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.25 - - - 4.16 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.65 - 4.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.59 0.46 - - - - - - - - 1.68 2.96 - - 2.52 - - 0.11 - 2.6 - - - - - - - - 1.81 - - - 1.23 - - - - - - 1.58 1.51 0.78 1.16 2.16 1.96 1.07 1.23 -0.3
- - - - - 2.1 - - - 1.25 - 1.45 - - 2.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.26 1.64 0.91 2.85 2.87 0.99 2.33 3.7 -
- - - - - - - - - 0.55 - - - - - - - - - - - - - - - -1.59 - - - - - 2.65 - 2.06 - 1.59 1.72 2.44 - - - - - - - - 4.42 - -1.0 - - 2.72 - - 1.83 -
- - - - - - - - 3.68 5.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.69 - - - - - - - -0.71 - - - - - 2.54 - - - 2.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 - - 4.27 - - - - - - 2.71 - - - - - - - - - -
- - 3.9 3.32 2.41 - - - -0.45 - - 4.07 - - - - - - 0.86 - - - - - - 0.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.21 - - - - - - -
- - - - - - - - - -0.38 3.06 - - 3.07 3.3 - - - -0.46 - - - - - - -1.98 - - - - 1.39 - - 3.12 - 2.07 - - 2.31 - 1.27 1.32 - - - - - - - - - - - - 1.22 -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.