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Heatmap: Cluster_254 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
-0.4 -0.44 -1.68 -1.96 -1.92 -5.49 - -0.3 1.35 0.4 -2.12 -1.2 0.44 0.53 -0.38 -2.2 - -2.55 0.8 -1.15 -0.17 -0.24 0.21 1.36 -0.01 -0.03 -1.12 -2.81 -1.14 -0.68 0.36 0.15 0.44 -0.13 -0.96 -0.17 -0.5 -0.84 -0.18 0.03 0.21 -0.3 0.13 -0.33 0.68 -0.07 -0.22 -0.29 0.07 1.06 1.11 1.22 1.38 1.0 1.06 0.44
0.31 -3.23 -4.85 -3.97 -5.39 -6.03 - 0.02 0.64 1.69 -0.79 0.35 1.03 0.32 0.66 -8.35 - -4.12 1.71 -2.9 0.15 -2.09 -0.82 -2.86 -2.33 -0.41 -4.06 -1.35 -2.01 -3.03 -0.03 0.09 0.08 0.43 0.21 0.07 0.27 0.5 0.19 0.33 0.12 0.12 0.92 0.79 -0.02 -1.14 -0.23 0.64 1.02 0.15 0.96 1.27 0.51 -0.11 1.19 0.35
-0.12 -3.09 - - - - - -1.25 1.74 2.02 -2.28 -2.2 -0.35 -1.77 -2.51 - - - 2.12 -0.4 -2.0 -2.69 -0.57 -1.76 -1.05 -0.88 -2.37 -0.98 -0.58 -1.75 -0.05 0.55 0.24 0.37 -0.18 -1.11 -0.02 0.28 0.3 0.03 0.81 -0.64 1.76 1.44 1.11 -1.09 -1.48 1.19 0.71 0.39 0.76 0.7 0.1 0.57 0.37 0.76
0.15 -0.54 -1.41 -0.65 -1.61 -3.59 -3.2 0.57 0.94 1.16 -0.2 0.31 0.9 0.09 0.03 -1.91 - 0.25 1.54 -1.02 0.14 -0.28 0.78 -0.77 -0.77 0.41 -0.71 -0.38 -0.76 -0.38 -0.95 -1.37 -0.97 -0.96 -1.08 -0.86 -0.84 -1.09 -1.06 -0.91 -0.22 -0.94 0.89 0.31 1.29 0.5 0.07 0.55 0.95 -0.49 -0.24 0.27 -0.06 -0.44 0.09 1.97
0.26 -1.93 -5.62 -2.65 -5.58 - - -0.31 0.91 1.83 -3.42 -1.03 -0.42 -2.1 -0.49 - - - 1.62 -0.11 0.48 -1.06 -0.03 -0.26 -0.99 0.61 -0.43 -2.05 -1.12 -2.79 -1.29 -1.29 -0.88 -0.96 -1.09 -0.85 -1.14 -0.77 -0.87 -0.87 -0.62 -1.12 1.53 1.67 2.01 0.41 -0.78 1.19 1.27 0.02 0.76 1.05 0.06 0.1 1.11 1.39
-1.65 -1.9 -4.0 -3.33 -6.49 - - -0.35 1.11 0.07 -1.56 -0.47 -1.6 -0.52 -0.52 - - -3.6 -0.09 -3.36 -1.1 -1.95 -3.43 -3.54 -4.18 -0.02 -3.02 -3.54 -2.45 -4.17 -0.61 -1.04 -0.57 -0.57 0.05 -0.51 -0.52 -0.45 -0.45 -0.47 -0.73 -0.77 2.53 1.94 2.46 -0.89 -1.93 1.07 1.13 0.68 1.79 1.58 0.53 0.34 1.82 1.14
-0.04 -0.42 - - -5.91 -6.98 - -0.57 0.61 1.22 -3.41 -1.99 0.31 -1.61 -1.44 - - - 1.15 -1.68 -0.3 -0.74 0.48 -1.02 -1.34 -0.18 -0.83 -1.19 -0.4 -0.47 -1.45 -0.9 -1.03 -0.42 -1.52 -1.23 -1.27 -0.43 -1.28 -0.74 -1.23 -0.7 1.59 1.54 2.22 0.13 -0.53 1.53 1.75 0.47 1.14 0.84 0.54 0.37 1.2 1.42
-0.71 -2.33 -1.95 -1.35 -1.66 -2.33 -1.95 -0.15 1.6 1.92 -2.2 -2.12 -1.47 -2.53 -2.13 -1.27 - -1.62 2.09 -1.71 0.01 -0.82 -0.45 -1.42 -2.57 -0.22 -2.34 -2.54 -2.3 -2.28 0.57 0.5 0.64 0.83 0.51 0.51 0.62 0.68 0.66 0.61 0.82 0.36 -0.87 -1.03 -1.42 -0.69 -1.27 1.35 1.35 0.71 0.46 0.47 0.36 0.23 0.48 -0.16
0.08 0.31 -4.79 -2.79 -4.44 -4.93 -3.41 0.78 0.35 1.12 -2.04 -0.14 0.42 0.11 -0.93 -2.8 - -2.4 1.16 0.12 0.42 0.04 0.72 0.55 0.65 -0.38 0.86 0.27 -0.09 0.25 -1.01 -1.52 -0.79 -1.31 -1.65 -1.25 -1.72 -1.09 -1.41 -1.08 -0.67 -1.56 1.4 0.9 2.05 0.22 -0.2 -0.26 -0.03 0.58 0.72 0.5 0.41 0.02 0.93 0.04
-1.6 -1.12 - - -4.34 - - -1.48 1.19 2.79 - -1.0 0.01 0.88 -0.41 -2.81 - - 2.9 -3.56 - -3.56 - - - -2.13 - - - - -2.53 -1.25 -1.96 -3.19 -1.1 -3.36 -1.97 -1.4 -3.77 -2.5 -2.62 -2.48 1.56 1.31 1.34 -3.58 -0.83 1.41 1.09 0.51 1.45 1.29 0.83 1.21 2.0 1.41
0.23 -2.05 - - - - - -0.19 1.41 1.55 -0.99 0.03 1.3 -0.07 1.01 - - - 1.29 -1.14 -0.03 -0.28 -0.84 0.04 0.99 0.37 -0.26 -0.96 -1.51 0.91 -1.23 -1.62 -0.72 -0.7 -0.05 -0.68 -2.14 -1.1 -0.82 -0.54 -0.86 -2.37 2.09 1.77 1.82 -0.36 0.05 0.73 0.81 -1.67 -1.3 -0.89 -0.6 -0.21 -0.62 0.94
0.33 -1.42 -0.51 -0.1 -1.2 -1.82 0.31 -0.34 1.24 1.46 0.1 -0.2 -0.04 0.15 -0.02 -0.56 - -0.39 1.19 -1.53 -0.39 -1.55 -0.52 -0.5 -1.46 0.7 -1.3 -1.41 -1.38 -1.63 -0.33 -0.7 -0.22 -0.48 -0.5 -0.62 -0.33 -0.52 -0.47 -0.69 -0.04 -0.57 1.05 0.96 1.95 -0.48 -0.54 1.08 1.2 -0.76 -0.68 -0.28 -0.9 -1.66 0.04 1.75
0.67 -0.09 - - - - - -3.34 -0.02 0.08 -2.49 -0.89 -0.04 - -1.63 - - - 0.9 -0.48 -0.75 -0.0 - -2.37 0.43 0.1 - -0.86 -0.19 -1.48 -0.12 -0.37 -0.42 -1.19 -1.22 -0.18 -0.72 0.06 -0.85 -0.22 -0.97 -0.45 1.92 1.84 2.26 0.75 0.12 0.5 0.84 0.85 1.16 0.79 -0.3 0.3 1.65 1.67
- -2.8 - - - - - - 0.08 2.41 -2.33 0.72 0.47 -2.25 0.35 - - - 3.41 -3.65 -2.53 -2.61 - -2.71 - -0.43 - - - -2.75 -0.75 - -0.1 -1.39 0.37 0.46 -1.6 -0.29 -2.49 -1.13 - -2.17 0.44 -0.17 0.34 - - 1.51 1.89 -0.18 1.9 1.89 0.61 -0.06 1.58 1.14
-1.14 -1.49 - -7.72 -4.38 - - -0.48 1.13 1.13 -0.51 -0.98 0.38 0.32 -0.87 - - - 1.12 -3.39 -1.22 -1.18 -1.49 -0.9 -2.1 -0.36 -2.16 -2.08 -2.67 -2.31 -0.62 0.01 -0.19 -0.36 -0.87 -0.26 -0.54 -0.04 -0.3 -0.5 -0.12 -0.24 1.85 1.3 2.01 -0.46 -1.43 0.86 0.94 1.28 1.47 1.39 0.85 0.81 1.41 0.31
0.18 -0.5 -3.0 -3.26 -4.86 -3.16 - -0.4 0.56 -0.09 - -3.35 -2.59 -2.74 -3.26 -5.65 - -4.52 -0.07 0.68 0.02 -0.12 0.12 -0.14 0.76 0.07 0.88 1.1 1.01 0.96 0.42 0.52 0.23 0.59 0.73 0.43 0.12 0.57 0.14 0.19 0.2 -0.1 1.44 1.33 1.5 0.41 -0.04 0.57 0.71 -0.96 -0.8 -0.85 -0.94 -1.83 -0.58 -0.14
-0.06 -0.06 - -4.23 -5.5 - -0.28 0.7 1.51 1.47 -1.45 -0.53 -0.05 -0.02 -1.0 - - - 1.31 -0.66 0.04 0.52 0.86 0.13 -0.13 -0.01 0.03 0.08 -0.33 -0.29 0.21 0.06 0.19 0.16 -0.21 0.1 0.05 -0.36 0.13 -0.78 0.04 -0.74 -0.17 -1.36 2.01 0.48 0.47 0.76 1.05 -1.15 -0.66 -0.51 -1.22 -0.72 -0.53 0.58
0.04 -2.15 - -1.56 -2.6 -3.82 - -0.47 0.79 0.77 -2.68 -1.45 -0.71 0.04 -1.71 - - -4.12 0.16 -0.93 -1.14 -1.28 -0.14 - -0.53 -0.21 - -2.06 -4.2 -1.86 1.04 0.49 0.6 0.96 0.38 0.61 0.6 0.38 0.26 0.46 1.02 0.01 1.78 1.67 2.54 -0.67 -1.05 -0.35 0.15 -0.81 0.43 0.65 0.11 -0.26 0.49 0.61
-0.4 -0.96 -1.65 -0.43 -1.75 -1.12 -2.51 0.46 0.43 0.78 -0.15 -0.63 0.02 0.26 -1.21 -1.28 - -0.76 0.56 -0.32 -0.27 -1.57 -0.5 -1.2 -0.41 0.01 -0.0 -1.08 -1.27 -0.73 0.23 -0.25 -0.02 -0.14 -0.02 0.06 -0.01 0.3 0.13 0.03 0.43 -0.62 1.56 1.16 1.41 -0.51 -0.41 -0.77 -0.59 0.72 0.9 0.83 0.53 0.67 1.13 -0.12
-0.72 -3.69 -3.48 -2.72 -1.98 - - -1.61 1.61 0.76 -0.72 0.51 -0.05 0.03 0.87 - - - -0.02 -0.25 -0.9 -1.52 - 0.64 -2.07 -0.33 -2.28 -1.6 -1.41 -1.6 -0.05 -1.24 0.16 -1.19 -0.56 0.18 -1.23 -0.15 -0.59 -0.05 0.36 -0.26 -0.06 -0.66 0.53 -0.22 -1.77 1.63 1.81 1.55 0.87 0.5 1.36 0.7 1.29 1.97
0.64 -0.33 -3.34 -2.75 -3.09 -3.23 - 0.29 1.25 1.21 -0.94 -1.18 0.09 -1.39 -1.36 -1.79 - -3.11 1.06 -0.4 -0.03 -0.05 -0.48 0.47 -0.71 -1.08 -0.55 -0.25 0.14 -0.84 -0.01 -0.87 -0.16 -0.99 -0.59 -0.63 -0.3 -0.13 -0.34 -0.72 -0.23 -1.14 1.28 1.26 1.47 0.63 -0.6 0.97 0.44 0.84 0.81 0.49 0.7 0.54 0.26 0.9
-0.08 -1.41 -3.78 -3.36 -4.27 - - -1.56 1.4 1.42 -2.32 -1.14 0.84 -0.33 -1.03 - - -3.97 1.83 -2.44 -0.99 -0.36 -0.99 0.41 -1.96 -0.03 -0.8 -0.1 -1.72 -1.14 -0.33 -0.15 -0.88 -0.18 -0.95 -0.04 -0.38 -0.38 -0.96 -0.95 0.18 -1.22 1.5 0.42 1.01 -0.08 -0.54 0.33 0.6 1.04 1.29 1.55 1.2 0.96 1.25 0.37
0.2 -0.66 - -5.73 -7.15 - - -0.36 0.74 1.42 -2.31 -1.73 -0.48 -0.94 -1.27 - - - 1.18 -1.03 0.21 -0.17 0.05 -0.47 -1.42 -0.07 -0.49 -0.4 -0.71 -0.7 -0.58 -0.86 -0.35 -0.43 -0.42 -0.58 -0.39 -0.13 -0.41 -0.37 -0.49 -0.65 1.6 1.61 2.28 0.27 -0.58 1.21 1.24 0.04 0.65 0.67 0.02 -0.02 0.7 1.21
0.52 -1.67 -3.13 -5.1 -3.29 -5.54 - 0.12 0.84 1.48 -0.17 -0.39 0.49 -0.26 -0.46 -2.57 - -3.19 1.47 -0.29 0.42 -0.98 -0.44 0.3 -0.16 -1.02 -0.55 -0.17 0.32 0.01 -0.27 -0.34 -0.13 -0.18 -0.3 -0.07 -0.29 -0.14 -0.17 -0.23 0.21 -0.35 1.03 0.84 0.6 0.15 -0.29 0.98 0.83 0.37 0.31 0.58 0.35 0.26 0.6 0.19
-0.19 -0.89 - - - - - -0.28 0.8 1.13 -1.4 -0.38 0.39 -0.07 -0.43 - - - 1.61 -0.48 0.28 -2.06 -0.57 0.33 -1.12 -0.07 -0.34 0.04 -0.06 -0.25 -0.12 -0.86 -0.93 0.1 -0.54 -1.4 0.19 -0.2 0.01 0.23 0.19 -0.18 0.95 0.49 1.43 -0.58 -1.38 0.81 1.15 0.71 0.75 0.96 0.36 0.54 0.98 1.08
0.01 -0.36 -2.91 -2.05 -3.16 -4.65 - 0.47 0.41 0.0 -2.31 -1.38 -0.14 -1.09 -1.42 -2.79 - -2.73 0.05 0.48 0.89 -0.36 0.66 0.49 0.63 0.12 0.24 0.53 0.66 0.54 0.17 -0.48 0.1 -0.27 -0.24 -0.19 0.01 -0.07 -0.19 -0.33 0.61 -0.44 1.67 1.41 1.24 1.06 0.52 0.85 0.6 -0.87 -0.58 -0.56 -0.79 -0.71 -0.63 -0.18
0.44 -0.56 - -4.42 -6.92 - - 0.26 0.5 1.19 -1.08 -0.74 0.37 -2.59 -0.31 - - - 1.39 -0.62 -0.35 -0.77 0.65 -0.03 -1.22 0.14 -1.13 -0.75 -0.93 -0.24 0.03 0.2 0.14 -0.24 0.02 -0.19 0.07 0.25 -0.1 0.08 0.4 -0.27 1.47 1.06 1.59 -0.17 -0.65 1.07 1.13 0.16 0.27 0.35 0.12 -0.03 0.41 0.57
-0.1 -1.61 -2.17 -2.73 -3.58 -4.83 -7.86 0.0 0.62 1.22 0.53 -0.54 0.77 0.5 -0.35 -1.07 - -3.78 1.38 -1.18 -0.19 -1.16 -0.33 -0.94 -1.19 -0.15 -1.1 -0.65 -0.97 -0.65 0.74 0.51 0.8 0.76 0.58 0.56 0.47 0.43 0.58 0.37 0.57 0.36 1.01 0.81 0.47 -0.45 -0.9 0.19 0.2 -0.39 0.09 0.35 -0.36 -0.61 0.39 0.25
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-0.15 -1.48 -5.05 -3.23 -5.19 -4.41 -3.45 0.71 0.18 -0.57 -3.0 -1.26 0.91 -0.45 -1.24 -3.31 - -3.18 -0.28 0.05 0.72 -1.3 1.35 -2.55 0.73 -0.66 0.3 -0.01 0.34 0.17 0.02 -0.56 -0.46 -0.83 -0.66 -0.85 -0.82 -0.3 -0.09 -0.44 -0.34 -1.43 2.06 1.85 2.23 0.8 -1.73 0.2 0.13 -0.46 -0.14 -0.4 -0.08 -0.11 0.07 1.67
-0.52 -0.05 - - -4.71 -4.55 - 0.5 1.33 1.69 - -1.09 0.25 0.15 -1.04 - - - 1.26 -0.11 -0.53 -0.56 -0.65 -0.26 0.12 -0.05 0.83 0.7 0.22 0.41 -0.43 -1.64 -0.43 -1.03 -0.49 -0.7 -1.11 -0.21 -1.08 -0.22 0.39 -1.0 0.98 0.15 0.67 0.51 -0.46 0.97 1.17 0.66 0.43 0.02 0.59 0.59 0.93 0.81
-0.58 -1.01 - - - - - -0.16 1.13 0.79 -1.64 0.18 0.84 -1.96 -0.59 - - - 0.32 -0.52 -1.81 -2.26 0.65 -2.92 -0.98 0.51 -0.23 -1.34 -0.25 0.04 -3.99 - -2.86 -2.11 - -2.84 -2.94 - -1.62 -3.51 -2.25 -3.92 0.24 -0.59 2.6 -2.22 0.45 1.7 1.83 1.44 1.3 1.66 1.27 1.27 1.4 1.68
-0.83 -2.78 - -5.2 -7.74 - -2.46 0.02 1.24 1.66 1.08 0.65 0.85 0.79 0.18 -6.21 - - 1.55 -1.1 0.12 -1.39 -0.35 -1.7 -1.98 -0.72 -1.26 -1.85 -1.9 -2.6 -0.88 -1.47 -1.3 -0.75 -1.0 -0.92 -1.86 -1.05 -1.13 -0.47 -0.78 -1.88 2.25 2.05 2.62 -0.13 -0.96 0.75 0.91 -0.9 0.38 0.4 -0.26 -0.6 0.13 -0.57
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0.98 -0.64 - -1.79 - -5.15 - -0.21 0.91 -0.75 1.73 0.26 0.58 0.36 -0.01 - - - -1.01 0.78 0.08 -0.28 0.66 0.22 0.39 -0.36 0.21 0.44 0.68 -0.23 - - - - - - - - - - - - 1.6 1.52 0.82 0.56 0.65 1.05 1.07 -0.12 0.12 0.54 0.15 -0.42 0.32 2.62
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-0.72 -1.35 - -1.11 -1.25 -1.03 -0.15 0.07 1.13 0.22 0.51 -0.96 0.37 0.48 -1.01 -0.09 - -0.67 -0.39 -0.31 0.58 -1.28 0.96 -2.07 -2.53 -0.56 -3.96 -0.36 -1.61 -1.1 -0.7 -1.21 -1.16 -1.02 -1.82 -1.59 -2.38 -1.34 -0.8 -1.32 -0.46 -1.15 1.46 1.43 2.88 -0.3 -2.28 0.14 0.32 0.13 1.05 1.15 0.45 0.48 1.04 0.85
-2.1 -0.72 -1.72 -1.04 -2.84 -1.65 0.52 -0.52 0.56 0.75 0.67 0.59 0.95 0.65 -0.34 0.07 - -0.11 0.83 -0.14 0.07 -1.04 0.26 -0.44 -1.03 -0.44 -1.01 -1.44 -0.11 -0.31 -0.87 -1.39 -0.35 -0.88 -0.6 -0.73 -0.64 -0.74 -0.82 -1.06 -0.52 -0.99 0.56 -0.0 1.04 -0.05 -0.43 0.64 1.03 0.46 0.76 0.94 0.71 0.61 0.7 1.41
0.68 1.36 - - - - - 0.46 -0.03 0.44 -0.88 -0.9 0.04 -0.82 -0.5 - - - 0.86 -0.74 0.25 0.68 0.01 -0.39 0.45 -0.24 -1.76 -0.61 -0.16 -0.23 -0.61 -2.4 -1.12 -0.68 -0.47 -0.79 -0.2 -0.5 -0.58 -0.07 -0.66 -1.23 1.78 1.53 1.74 0.59 -1.41 0.49 0.24 0.24 1.14 0.88 0.08 0.24 1.01 0.81
-0.12 -3.09 - - - - - -1.25 1.74 2.02 -2.28 -2.2 -0.35 -1.77 -2.51 - - - 2.12 -0.4 -2.0 -2.69 -0.57 -1.76 -1.05 -0.88 -2.37 -0.98 -0.58 -1.75 -0.05 0.55 0.24 0.37 -0.18 -1.11 -0.02 0.28 0.3 0.03 0.81 -0.64 1.76 1.44 1.11 -1.09 -1.48 1.19 0.71 0.39 0.76 0.7 0.1 0.57 0.37 0.76
0.9 0.87 -4.14 -3.41 -4.89 -5.77 -4.63 1.54 -0.23 1.18 -2.64 -3.02 -2.65 -2.21 -3.23 - - -4.89 1.31 0.37 1.29 0.79 1.02 0.24 0.88 -0.37 0.9 0.74 1.17 0.95 -0.37 -0.24 -0.33 -0.18 -0.25 -0.44 -0.31 -0.42 -0.31 -0.41 -0.06 -0.69 0.18 -0.07 -0.03 1.18 0.65 0.25 0.27 -0.89 -0.49 -0.39 -0.78 -0.93 -0.11 -0.22
-0.11 -1.22 -1.0 -3.07 -2.85 - - 0.52 1.59 1.32 -0.56 -1.41 0.92 -0.1 -0.83 - - -1.78 1.5 -0.87 0.42 -2.03 0.86 0.09 0.04 0.11 -0.02 0.61 0.15 -0.75 -1.84 -1.75 -2.68 -2.54 -2.83 -2.06 -3.62 -2.11 -1.83 -3.31 -2.69 -3.71 1.65 1.67 2.32 -0.34 -0.51 0.72 0.92 -1.53 -0.92 0.05 -0.59 -0.4 0.25 2.32
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0.85 -0.51 -3.2 -1.35 -3.06 -4.25 - 0.0 0.88 1.84 -2.03 -0.53 0.37 -0.58 -0.18 -2.74 - -3.44 1.71 -1.25 0.08 -0.27 -0.34 -1.23 -1.42 -0.01 -1.56 -1.18 -0.45 -1.11 0.3 0.53 0.52 0.45 0.64 0.17 0.5 0.66 0.56 0.52 0.42 0.06 1.18 1.02 0.9 -0.07 -0.37 0.73 0.74 -0.96 -0.74 -0.83 -0.97 -1.21 -0.38 0.3
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Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.