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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)
Gene | Immature female cone | Immature male cones | Cambium and expanding xylem | Cambium | Expanding xylem | Expanding and mature xylem | Maturing xylem | Wood | Bark | Bark, healthy | S1 xylem tracheids | S1 whole sections | S2 ray cells | S2 xylem tracheids | S2 whole sections | Dead late wood | Phloem and cambium | Dear early and late wood | Bark, root and butt rot | Vegetative shoots - needles | Vegetative shoots - stem | Vegetative shoots | Girdled twig - stem | Dried twig - needles | Girdled twig - needles | Needles | Needles - dawn | Needles - later afternoon | Needles - midday | Needles - night | Light, 1 hour | Light, 3 hours | Light, 5 hours | Light, 7 hours | Light, 9 hours | Light, 13 hours | Light, 15 hours | Darkness, 1 hour | Darkness, 3 hours | Darkness, 5 hours | Darkness, 7 hours | Darkness, 11 hours | Vegetative buds | Female buds | Male buds | Buds | Pineapple galls | Somatic germinants - abnormal type | Somatic germinants - normal type | Cell culture - H20 - 5 days | Cell culture - KI added - 5 days | Cell culture - KI added - 20 days | Cell culture - KI removed - 4 days | Cell culture - KI removed - 12 days | Cell culture - solid medium | Somatic embryogenic cell line |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4.96 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.51 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.75 | - | - | - | |
- | - | - | - | 0.35 | - | - | - | -2.78 | 2.44 | 2.32 | - | 2.06 | - | - | 4.1 | - | - | 3.4 | - | - | - | - | - | - | -1.54 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.56 | - | - | - | - | - | - | - | 0.75 | - | -1.74 | -0.92 | 0.62 | - | - | 0.51 | - | - | -0.67 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.34 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.14 | - | - | - | - | - | 4.51 | - | - | |
- | - | - | -0.24 | - | - | - | - | -0.26 | -0.23 | - | - | - | - | - | 2.43 | - | - | 0.07 | 2.68 | - | - | - | - | - | -1.79 | - | 3.21 | 1.49 | 4.39 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.57 | -0.3 | - | - | 1.82 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.71 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.4 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.65 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.95 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.34 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.14 | - | - | - | - | - | 4.51 | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.01 | - | 1.79 | 2.53 | 0.59 | 0.82 | - | - | - | 1.96 | 4.13 | - | 0.99 | - | - | - | -1.76 | - | - | 2.79 | 2.89 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -1.0 | - | - | 1.13 | - | - | - | - | - | -0.27 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.89 | 3.17 | - | - | 3.75 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.0 | - | - | - | 2.9 | - | - | 1.42 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | 2.25 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.54 | - | - | - | - | 2.28 | - | 4.45 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.25 | 1.42 | 2.4 | 1.38 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.72 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.89 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
2.44 | 2.33 | - | - | - | - | - | - | -1.94 | 3.41 | - | - | 1.66 | - | - | - | - | - | 2.85 | - | - | - | - | - | - | 0.12 | - | 3.42 | - | - | - | - | 1.46 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.37 | - | - | - | - | 1.96 | - | - | - | - | 1.37 | - | - | 0.98 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | 0.46 | 1.79 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.16 | - | - | - | - | - | -0.24 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.78 | - | 3.47 | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | 1.0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.79 | - | - | - | - | - | 0.11 | - | 4.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.34 | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.12 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.91 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.91 | - | 0.18 | - | 2.8 | - | 3.68 | 2.83 | - | 1.22 | |
4.27 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.14 | - | - | - | - | 4.71 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.72 | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.07 | 5.69 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.18 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.15 | 4.95 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.43 | - | - | - | - | 1.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | -0.97 | -0.31 | - | - | 3.01 | 0.64 | - | - | - | - | 0.74 | -0.94 | - | - | - | - | - | -1.85 | 2.11 | - | - | - | -0.4 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -1.92 | - | - | 0.2 | -3.56 | -2.6 | 1.96 | 2.27 | 2.39 | 3.99 | 2.24 | 0.17 | -2.56 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.54 | 3.24 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.49 | - | 2.5 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.48 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.11 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.34 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.14 | - | - | - | - | - | 4.51 | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | 5.06 | - | - | 2.1 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.29 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.21 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.76 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.92 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.9 | - | - | - | - | 4.29 | 4.14 | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.56 | - | - | 3.16 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.91 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.31 | - | - | - | - | - | - | 0.24 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.32 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | |
- | - | - | - | 2.62 | - | - | - | - | - | - | 3.66 | - | - | - | - | - | - | - | 5.22 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | 3.22 | -0.24 | 2.63 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.55 | - | - | - | - | - | - | 0.84 | - | - | - | 5.07 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.37 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.75 | - | - | - | - | - | 0.35 | - | - | - | 4.83 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.68 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.54 | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.67 | 4.97 | - | 1.9 | - | 3.56 | - | 0.4 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | 2.68 | - | 1.09 | - | - | 2.9 | - | - | - | - | - | - | 2.45 | - | - | - | - | - | -0.82 | - | - | 3.44 | 3.53 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.88 | - | - | - | 2.08 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
1.1 | - | - | - | - | 1.74 | - | - | - | 1.89 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.05 | 3.94 | 1.78 | 0.72 | - | 2.07 | 0.02 | -2.21 | 2.77 | 1.07 | 0.94 | 1.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.3 | - | - | - | -1.98 | - | - | 1.48 | - | -2.4 | -3.48 | -1.22 | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | 2.53 | - | 3.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.96 | - | - | - | - | - | - | 0.58 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.86 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.38 | - | - | 1.01 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | 3.48 | - | - | - | - | - | 2.68 | - | 2.05 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.28 | - | - | - | 4.53 | - | - | - | - | - | 2.53 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.11 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.92 | - | - | - | - | - | - | 4.36 | - | - | - | - | - | 0.17 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.63 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.83 | -0.0 | - | 1.74 | 2.79 | 2.63 | - | 2.84 | 1.21 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | 2.56 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.56 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.41 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.39 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.35 | - | - | - | - | 1.18 | 4.61 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.16 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | 0.81 | - | - | 2.66 | 0.96 | 1.03 | 3.65 | - | - | - | - | 0.41 | 3.39 | 1.82 | - | - | - | - | - | 2.81 | - | 2.57 | - | - | - | 0.78 | - | - | - | 0.57 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.05 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.78 | - | - | - | - | - | - | - | 4.68 | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.87 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.61 | 1.79 | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.28 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.64 | - | - | - | - | 3.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.41 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.43 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.74 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | 2.63 | - | - | - | - | - | 0.66 | - | - | 2.49 | - | 3.12 | - | - | - | 0.3 | - | - | - | - | - | - | 0.69 | - | - | - | - | - | - | 2.3 | 2.34 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.78 | -0.3 | - | 3.23 | 2.22 | 2.17 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | -0.77 | 3.56 | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.27 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.04 | - | 2.98 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | 0.68 | 1.44 | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.11 | 4.12 | - | - | - | - | - | 1.3 | 3.03 | - | 2.79 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.96 | - | - | 1.47 | - | - | - | - | - | - | 0.56 | |
2.12 | - | - | - | - | -25.31 | - | - | -1.05 | 0.97 | - | - | - | - | - | -17.88 | - | - | 2.81 | - | -18.08 | - | - | - | - | 0.92 | - | - | - | 2.06 | 1.95 | - | 2.14 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | -17.61 | - | - | - | 3.52 | 3.26 | 1.03 | 2.26 | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | -0.11 | - | - | 1.74 | - | 1.23 | - | - | - | -0.18 | 3.84 | - | - | - | - | 2.32 | 0.74 | - | 4.38 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.46 | 2.01 | - | - | - | 0.4 | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.81 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.84 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.61 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.26 | - | - | 5.2 | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.73 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.62 | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.47 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.51 | 3.48 | - | - | - | - | - | - | - | |
5.09 | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.72 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.62 | - | - | - | - | - | - | - | - | |
- | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 5.19 | 4.28 | - | - |
Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.