Heatmap: Cluster_294 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - 4.54 - - - - - - - - 3.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.59 - -
- - - - - - - - - 4.14 - 3.61 3.56 - 3.16 - - - 1.94 - - - - - - 0.69 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - -2.94 - - - -1.01 -1.2 4.72 - - - - - - - - 4.2 - - -0.06 - - - 0.49 - - - - -4.47 -2.44 -3.31 -3.37 -1.16 -3.22 -1.93 -2.59 - -2.1 - -1.74 - - - - - 2.14 0.65 - - - - - - -
- 0.39 - - - - - - -0.67 4.13 1.79 1.34 - 1.42 - - - - 3.27 - - 1.54 - - - -0.95 - - 0.34 - -0.12 - -0.36 - - - - - -0.22 0.75 - -0.12 0.37 - 0.52 -0.48 - -2.02 -0.7 0.28 0.22 - 0.35 - - -1.09
- - - - - - - - -1.82 5.14 - - - - - - - - 4.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.01 4.82 - 1.5 - - - - - - 3.79 1.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.51 - - - -0.52 -1.26 - 1.15 - 1.0 - - -
- - - - - - - - -1.86 5.0 - - - - - - - - 3.36 - - - - - - -4.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.83 - - -2.36 0.23 0.23 0.28 0.42 1.98 1.4 -
- - - - - - - - -2.41 4.7 - - 0.08 1.05 -0.28 - - - 4.18 - - - - - - -5.57 - - - - 0.22 - - - - - - - - - -0.05 - - - -0.16 - - 0.44 1.75 - - - - - - -
0.21 -2.93 - - - - - - -0.52 3.42 - -3.55 -3.51 -3.18 - - - - 3.7 0.18 1.39 1.27 - -0.34 1.57 -0.65 -0.43 0.3 -0.61 0.22 -0.41 -1.48 -0.77 -1.49 -0.47 -1.28 -0.61 -0.79 -0.87 -0.23 -1.39 -2.39 -2.11 -2.76 0.01 -0.51 0.82 -2.38 -1.23 -0.18 -0.86 -1.8 -0.23 1.07 - -3.68
- - - - - - - - -7.47 4.62 - -4.03 -4.09 - - - - -0.58 4.73 - - - - - - -3.7 - - - - -2.43 - -4.25 -3.91 -3.28 -1.41 -2.94 -3.57 -1.29 -4.59 -3.26 -2.74 - - -1.2 - -3.13 -5.79 -5.27 -1.35 - -1.69 -4.53 -1.14 -1.56 -3.02
- - - 3.24 - - - - - 2.2 - - 2.93 2.36 - - - - 3.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.75 2.94 - - - - - - - - - -
- -4.37 -0.83 -1.94 -0.15 -0.57 0.15 -2.33 -3.47 4.46 -1.38 -3.98 -2.99 -2.47 -2.59 -0.08 - 0.12 4.02 -1.66 -0.99 -1.87 -0.58 -1.28 -3.33 0.33 -1.17 -0.69 -1.6 -1.32 -2.58 -3.58 -2.19 -3.0 -3.69 -3.24 -4.89 -4.43 -2.67 -2.39 -1.37 -3.03 -3.4 -1.97 -2.42 -1.09 -1.27 -1.66 -1.04 -2.29 -3.7 -2.21 -2.19 -3.0 -1.21 -1.73
-1.09 - - - - - - - - 4.66 - - - - - - - - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.1 -0.97 1.03 1.6 - - - -1.34 -2.19 - -2.61
- - - - - - - - - 4.97 - - - - - - - - 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.02 -3.76 - -4.12 - - - -4.84 0.82 2.35 - -2.37 -1.74 -0.03 -1.4 - - - 3.24 - -0.15 -0.56 - 0.05 -3.61 -0.2 -2.44 -3.08 -3.22 -3.89 1.49 0.32 0.66 0.61 0.74 1.45 1.22 0.96 0.5 0.43 0.64 0.92 0.08 -1.4 -2.17 0.66 1.03 -3.0 -3.3 -0.32 -0.57 -0.43 -0.1 -0.56 -0.04 -0.35
-1.37 1.03 -2.77 -4.26 -3.41 -3.49 - -1.24 0.01 2.8 -2.08 -0.86 -0.9 -3.61 -2.02 -2.58 - -2.31 1.45 0.37 0.73 -0.58 0.42 0.91 0.24 -0.94 0.26 0.13 0.04 0.46 0.59 -0.0 0.69 0.54 0.66 0.87 0.54 0.44 0.53 0.03 0.61 0.14 -0.23 -1.92 -0.89 0.68 -0.7 0.53 0.67 -1.37 -1.76 -1.06 -0.76 -1.23 -0.99 -1.7
- - - - - - - - - 5.22 - - - - - - - - 4.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.92 4.58 - - - - - - - - 4.15 0.37 - - - - - -4.81 - - - - - - - 1.91 0.81 - - 0.34 0.79 - - - - - - - - -0.4 - - 0.68 0.49 - - - -1.07
-1.29 - - - - - - -2.2 -0.62 3.45 - - - - - - - - 2.35 -1.33 - -2.25 - 2.18 1.89 -4.98 0.39 1.69 -0.44 0.73 -3.3 -2.19 -2.22 -1.38 - -2.05 -1.92 -2.3 - - - - 0.25 -3.09 1.92 -2.06 0.9 -3.23 -2.86 1.25 1.02 1.26 0.36 1.56 1.46 -
-3.36 -3.48 -2.26 -0.87 -3.47 - - -1.92 0.46 2.58 - -4.07 -2.09 - -5.54 - - - 1.71 0.6 0.19 -0.57 -1.69 1.63 1.98 -0.61 0.47 0.52 -0.44 0.09 -1.26 -1.08 -0.51 -1.28 -1.05 -1.18 -1.31 -2.51 -0.29 -0.53 0.2 -1.45 -0.0 -1.99 1.84 -0.85 0.06 -0.23 0.37 0.63 1.27 1.69 0.55 0.52 1.32 -3.0
- - - 0.87 1.38 - - - - 4.41 - - 2.01 - - - - - 3.76 - - - - - - 1.83 - - - - - - - 2.16 - - - - - - 1.87 - - - - - - - - - - - - - - 0.18
-0.07 0.07 -2.99 -0.87 -1.46 -1.77 -3.82 -0.67 0.3 2.23 -5.32 -1.38 0.06 -3.04 -1.55 -1.17 - -1.08 1.46 -0.79 -0.38 0.11 -0.72 -0.28 -0.73 0.12 -1.82 -1.4 -1.1 -0.92 0.22 -0.34 0.48 0.36 -0.02 -0.2 0.03 0.17 0.23 -0.3 0.43 -0.02 0.65 0.21 1.06 0.21 -0.48 -0.16 0.21 0.61 0.98 1.12 0.57 0.28 0.95 0.37
- - - - - - - - - 4.42 - - 3.15 - 3.78 - - - 3.47 - - - - - - -0.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.11 - - - - - -0.91 -1.02 4.02 - -1.44 - - - - - - 3.11 - - - - - - -1.16 - - - - -0.02 - 1.49 0.64 0.97 2.04 0.15 -2.13 0.28 - 1.86 1.25 - -1.52 0.01 - - - -3.62 -0.5 1.03 0.12 -1.56 0.09 0.12 -0.68
- - - - - - - - - 3.95 - - - - 4.56 - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.95 - - - - 4.56 - - - 4.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.35 - - - - - - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.81 - - - -1.65 4.38 - - 3.98 2.14 - - - - 2.71 - - - - - - -0.93 - - - - 0.75 - - - - - - - - 1.27 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.02 - - 3.9 - 1.51 - - - 1.91 - - - - - - -1.55 - - - - - - - - 2.48 1.86 - - - - - 3.01 - - - - - -0.84 - - - - - - - -
- - - - 1.14 -1.42 - -0.58 -3.05 3.76 -1.66 -1.39 -0.09 -0.02 - 1.92 - - 3.07 - - - - - - 0.34 - - - 0.27 0.68 0.08 0.64 -1.58 -0.14 -0.86 0.05 0.98 0.27 - 1.4 0.89 1.09 -0.28 -0.06 -1.44 -0.49 -4.43 - -1.78 - -0.36 - -1.77 -1.57 -1.48
- - - - - - - - - 3.11 - - 3.84 - 3.5 - - - 4.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-2.24 -0.93 - - -5.57 -2.94 - - 0.72 3.61 - - - - - - - - 2.79 -0.52 -2.14 1.64 -2.73 -1.22 -1.58 1.27 -3.74 -0.84 -0.81 -1.88 0.6 -1.44 -0.05 0.33 -0.53 -0.64 -0.38 -2.03 0.19 0.18 0.11 -1.39 -1.3 -3.34 -3.48 0.45 1.53 -1.97 -1.43 1.14 0.3 -0.87 0.22 0.14 1.44 -0.17
- - - - - - - - - 4.93 - - - - - - - - 4.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.86 - - - 2.39 - - - - 3.48 - - - - - - 0.15 - - - - - - - - - - - 1.06 - - - 2.78 - - 2.84 - - - - - - - - - 2.98 -
- - 1.76 - 0.2 - - - - 4.14 - 1.92 2.64 - 0.52 - - - 0.97 - - - 3.33 - - -2.52 - - - - 0.78 - - - - - - - - 2.18 - - - 0.94 - 0.88 - - -1.93 - - - - - - -
- - 2.9 1.32 1.22 - - - -1.57 4.63 - - - - - - - - 3.63 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.47 - - - 1.79 - -
- 3.92 - - - - - - -0.16 4.11 - - - - 2.91 - - - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.48 - - - - - - - - 3.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.79 -1.64 4.02 - - 3.97 - - - - - 2.67 - - - - - - -0.69 - - - - - - - - - 2.77 - - - - - - - - - - - - - 1.59 - 1.83 - - - -
- - - - - - - - -1.64 4.67 - - - - - - - - 1.79 - - - - - - -1.32 - - - - 0.45 1.17 0.21 1.15 1.67 - -0.31 -0.55 -0.55 0.71 0.95 - 0.13 - - - - -0.9 -0.17 - 2.1 - - - 1.89 -
- -0.71 - - - - - - 0.52 4.56 2.06 0.99 0.69 2.59 1.28 - - - 3.34 - - - - - - -1.02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.55 -1.36 - -2.5 -4.19 - -1.42 -1.47 -0.52 - -0.48 -1.44
- - - - - - - -2.37 -1.53 5.11 - -3.24 -0.44 -1.89 -1.64 - - - 4.08 - - - - - - 1.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - -4.45 - - - - - - - - -3.72 - -3.33 -4.09
- - - - - - - - - 5.0 - - - - - - - - 4.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.31 - -
- - - - - - - - - 3.93 - 3.43 - - 3.01 - - - 1.2 - - - - - - -2.27 - - - - 2.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.92 2.91 - -
-0.55 0.76 -3.69 -5.54 -7.18 - - 0.58 -0.65 3.63 - - - - - - - - 3.13 0.99 1.45 1.31 1.12 0.06 1.36 -0.36 -0.14 0.06 -0.13 0.58 -0.95 -1.26 -1.01 -1.25 -1.07 -1.44 -0.49 -1.84 -0.83 -1.23 -1.41 -1.36 -0.45 -2.28 -2.86 0.53 1.0 -0.66 -0.23 -6.91 -5.2 -2.83 - -6.03 -5.07 -1.17
- - - 3.54 - - - - - 3.97 - - 3.17 - - - - - 2.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.81 - 2.96 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.88 - - 4.63 - - - - - - - - - - - - 0.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.85 - - - - - - -2.09 4.2 - - 3.8 - - - - - 3.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.02 0.97 1.19 - - -1.78 - - - - - - -
-2.5 - -1.63 -2.53 - - - -0.48 -1.09 2.69 -1.33 -0.03 1.25 -0.44 -0.7 -1.37 - - 2.39 1.49 0.58 - -2.56 0.64 -0.81 0.37 0.81 -1.17 -0.25 -1.21 -0.11 0.18 -0.71 -0.7 -0.38 -1.47 -0.3 -0.31 -0.2 -0.02 -0.45 -1.51 -0.4 -1.92 1.21 -0.01 -0.24 -1.0 -0.2 1.28 0.44 -0.24 0.26 0.83 0.33 0.22
- - - - - - - - -1.77 3.52 - - - - - - - - 4.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.47 2.64 2.6 - - -1.01 0.01 - - - - - - -
- - - - - - - - -4.18 4.1 - - - - - - - - 2.14 - 3.2 -0.82 - - - -3.14 - - - - -0.3 - 0.22 - -0.63 -0.92 1.13 0.62 - - - - - - - 2.95 3.28 -2.39 - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.49 - - - - - - - - 5.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 5.03 - 4.03 - - - - - - 2.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.1 - - - - - - -1.14 4.88 - - - - - - - - 3.16 -0.13 -0.89 -0.89 - - - 0.3 -0.9 0.09 -1.14 0.54 -3.12 -1.83 - -0.88 -1.8 - - -2.22 - - -1.87 - -0.7 -1.19 0.95 -0.1 0.2 -2.48 -1.88 - -0.93 -1.01 - -1.07 -1.81 -0.09
-4.56 - - - - - - - -0.73 4.22 - -3.7 -4.33 - -3.7 - - - 3.2 1.58 1.16 -0.03 -0.15 -0.06 2.54 -1.99 1.29 1.83 0.74 1.1 -6.36 - - - - - -4.71 - -5.36 - - - -6.64 - -2.94 1.09 -0.18 -6.01 -4.95 - - - - - -5.38 -
- - - - - - - - - 5.41 - - - - - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.43 - - 4.2 - - - - - 4.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - -0.2 -5.12 3.12 - - - - - - - - 1.59 -0.11 2.79 -0.81 - 2.1 0.06 -1.81 0.8 1.11 -0.02 0.07 -1.07 -1.8 -1.81 1.33 -0.57 0.88 0.57 -3.52 -0.79 - -1.89 -1.88 - - - 2.49 -0.69 -2.41 -1.72 1.11 0.41 1.16 -1.08 0.3 -0.9 -
- - - - - - - - - 4.54 - 4.75 - - - - - - 2.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -0.92 - - - - - - 1.27 4.77 - - - - - - - - 3.15 - 0.87 - - - - -4.14 - - - - -0.58 - -0.8 - -1.95 - - - -1.53 0.89 -0.84 - -1.32 - - -0.81 -0.63 1.23 0.78 - -0.76 -1.75 -1.74 - 0.65 1.21
- 2.76 - - - - - - - 2.75 - - 3.98 - - - - - 3.83 - - - - - - - - - - - - - - 2.09 - - - - - - - - - 2.17 1.91 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.73 - - - - - - - - 4.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.44 2.3 - - - -1.93 4.75 - 0.01 3.16 - - - - - 0.33 0.78 - - - - - - - - - - -1.42 - - 0.14 0.04 - - - 0.02 - - -0.27 -0.59 -0.78 - - - -2.5 - - - - -0.48 -0.17 -0.16 -
- - - - - - - - - 4.6 - - - - - - - - 3.17 - - - - - - - - - - - - - - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.19 5.04 - - - - - - - - 4.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.39 -0.44 - - - 0.47 - - -
- - - - - - - - -2.06 4.4 - 0.68 - 2.89 2.19 - - - 3.7 - 0.51 1.04 - - - -3.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.35 1.92 - - - - - - - - -
-0.81 - - - -4.55 - - -2.68 0.72 4.1 - - - - - - - - 3.39 - 0.1 -0.36 -4.3 - - -1.69 - - - - -5.23 -5.33 -4.24 -5.17 -3.53 -4.53 - -5.56 -5.11 - -3.83 - 2.98 2.01 0.19 2.55 -4.21 -0.97 0.27 -1.8 0.81 -3.02 -1.63 -2.52 -5.26 -
- - - - - - - - 0.2 3.5 - - - - - - - - 3.91 - - - - - - - - - - - 0.7 - - 2.49 - 1.47 0.45 0.34 1.84 1.13 1.58 - - - - 2.83 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.01 2.75 - - -3.15 - -1.61 - - - 3.53 1.13 -0.38 -1.12 - 0.08 3.4 -2.12 0.93 1.59 0.17 -0.22 0.26 0.48 -0.57 -0.41 -0.02 -0.32 0.04 -0.59 -0.85 -0.71 0.64 -0.6 -2.99 - - -2.25 -0.3 -0.68 0.13 - -3.55 - -2.48 -3.58 -0.74 -
- - - - - - - - - 4.57 - - - - 4.36 - - - 3.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.69 -2.41 - - - - - -3.21 1.69 2.82 - -2.5 -4.1 1.12 -3.17 - - - 3.43 -2.68 -1.34 -1.8 - -0.82 - -0.32 - -2.55 - -5.44 0.47 -0.48 -0.05 0.08 0.65 -0.2 1.41 0.58 0.48 1.29 1.01 1.61 -0.79 -1.24 -1.35 -0.28 -0.61 -2.32 -1.94 -0.27 -1.67 -0.83 0.35 -0.13 0.34 -0.03
- - - 3.53 - - - - - 3.73 - - 3.54 - - - - - 4.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.06 -3.05 - - - - - - -2.05 3.15 1.04 1.28 2.14 1.37 0.61 - - - 2.62 -2.9 -1.26 -3.9 - - - -0.56 - - - - -0.94 - -0.32 0.64 -0.37 -2.84 0.39 -0.95 -1.22 -2.17 - -1.05 -1.43 -1.94 1.99 -1.19 -1.18 -0.52 -1.24 2.17 1.18 0.34 0.24 0.59 0.1 -2.44
- - - - - - - - -0.8 4.94 - - - - - - - - 3.46 - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - 3.44 - - - - - - - - - - - - - 0.97
- - - - - - - - -0.83 5.0 - - - - - - - - 3.75 - - - - - - - - - - - 1.76 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.35 - - - - - - - 2.05
- - - - - - - - - - - - 4.63 - - - - - 4.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.89 - - - - - - - 3.0

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.