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Heatmap: Cluster_170 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

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Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - - - - 4.9 - - - - - - - 3.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.7 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
1.95 2.84 - - 1.38 - - - -2.21 1.44 - - 1.2 4.29 0.78 - - - 2.53 - - - - - 2.88 - - - - - - - 1.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.49
- - - - - - - - - - - - 3.7 5.05 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.33 0.54 - 2.34 - 5.11 - - - - 1.69 - 3.15 - - - - 1.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.8 - - - - - - - - - - 3.13 4.11 - - - - - - - - - - - 0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.7 - 3.04 -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.71 - - - - 3.59 - - - - - - - 3.49 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.33 - 3.46 3.93 - - - - - - - 3.15 - - 0.54 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.23 -0.59 - - 2.1 - - - - -
- - - - 2.06 - - - - - - 3.08 - 5.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.35 - - - - - - 0.54 - -0.52 - 0.65 2.64 5.09 1.21 - - - - - - 1.39 - - - - - - - - - 0.42 - - - - - - - - - - - - - - - - -1.03 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.49 2.84 4.24 - 3.56 - - - - 1.63 - - - - - - -0.52 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.83 - - - - - - - - 3.0 - - - -
- - - - - - - - - 2.69 - - 4.52 - 4.16 - - - 2.33 - - - - - - 1.87 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.02 - - - - 2.53 - - - 4.63 3.93 - - - - - - - - - - 1.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.74 - 4.37 - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.17 5.47 2.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.93 - - - 5.05 - - - - 2.97 - - - - - - - - - - - - - 2.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.91 - - 3.47 4.47 2.1 - - - 2.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.33 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.69 4.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.29 3.88 - - - - - - - - - - 1.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.84 0.35 - 2.57 3.01 4.92 - - - - - - - - - - - -1.1 - - 2.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.89 - 0.99 - - - - - -
- - - - - 1.34 - - - 3.54 - 3.91 - 3.23 - - - - 2.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.83 - 2.06 - - - 2.12 - -
- - - - - - - - - - - - - 4.84 3.09 - - - - - - - - - - - - - - 3.16 - - - - 2.51 - - - 2.05 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.67 2.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.75 - 3.84 - 4.37 - - - - 0.95 - - - - - - -1.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.02 - - 1.87 2.1 -
- - - - - - - - - 3.76 - - - 4.31 - - - - 2.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - 1.42 - - - - - - - -
- - - - - - - - 1.27 4.14 - - - 4.47 - - - - 3.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.07 4.29 - - - - - - - - - - 1.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.63 - - - 4.72 2.05 - - - -0.4 - - - - - - -1.81 - - - - - - 1.19 - - - - - - - - - - - - 1.4 - - - 2.69 - 1.15 - 0.94 2.89 -
- - - - - - - - - 3.76 - - - 4.31 - - - - 2.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - 1.42 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 1.59 4.27 2.76 - - - 1.02 - - - - 2.32 - -1.44 2.43 - - - 0.33 - - - - -0.09 - 1.33 - - - - 0.26 0.4 1.95 - - - -1.32 - 1.39 - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.7 5.05 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.8 - - - - - - - - - - - -1.24 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.53 - - 2.95 3.9 3.57 - - - 3.16 - - - - - - -0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.55 - 5.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.13 - - - - 3.52 - - - 4.91 - - - - 2.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - 3.97 - - 0.01 - - 3.39 - 3.68 - - - - - - - - - - - -0.46 - - 3.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.06 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.04 - - - - - - - - 1.16 - - 2.29 4.81 1.91 - - - 1.29 - - - - - - -0.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.33 - - - - -0.4 - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.49 0.95 1.33 4.09 4.89 - - - - 0.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.16 -
- - - - - - - - - 3.28 - - - 4.09 3.29 - - - 2.5 - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.61 - - - - -
- - - - - - - 0.93 - 1.82 - - - 3.82 0.58 - - - - 0.6 - 0.78 - - 3.25 -1.04 - 1.72 1.59 2.68 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.93 - - - 1.8 0.72 - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.32 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.84 - 5.19 - - - - 2.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.05 - - 3.41 4.49 1.4 - - - 1.98 - 3.64 - - - - 0.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.98 -0.03 - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.21 - - - 3.38 3.67 - - - 0.85 - - - - - - 1.14 - - - 4.73 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.53 - - 3.36 5.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.77 3.66 2.83 - - - 1.01 - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.87 - - 3.58 5.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.13 4.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.54 4.89 - - - - - - - - - - - 1.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 2.99 4.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.03 - - - - - - - - - - - - - - 2.65 - -
- - - - - - - - - - - - - 5.11 4.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.69 3.05 - - - 5.37 - - - - 1.02 - - - - - - 0.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.35 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.5 3.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.15 4.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.35 - - - - - 2.36 - 2.54 2.49 3.45 3.69 - - - - - - - - - - 0.02 - - - - - - - - - 2.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.73 - 4.26 - 3.81 2.25 - - - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.44 - - - 5.5 - - - - 2.13 - - - - - - -0.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.7 - 5.05 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- -1.2 - 1.29 -0.87 - - - - 0.43 2.96 1.93 3.99 3.67 2.74 - - - - - - - - - - -0.07 - - - - -1.25 - - - - - 0.16 - - - 0.52 - - - - - - - -1.54 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.17 5.37 1.81 - - - 1.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.81 - - - - - - - 0.39 - - 2.22 4.42 - - - - - - - - - - - -1.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.67 - - 3.77 5.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 2.19 - - - - 2.19 - 1.99 - 5.2 1.63 - - - 1.58 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.0 - 5.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.06 - 3.66 - 4.58 - - - - 1.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.4 - - - - 3.9 -
- - - - 4.09 4.13 - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.6 2.61 4.26 3.2 - - - - - - - - - - -1.15 - - - - - - - - - 2.28 - - - - - - - - 3.35 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 1.31 4.56 4.8 0.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.54 - - - 5.16 3.85 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.16 - - - - 0.34 - - -2.1 -0.21 - - 1.48 4.38 - - - - -0.73 - - - 2.25 - - 0.29 - - - - - 2.38 - - - 1.49 - 1.01 - - - - - - - 1.18 - -1.59 - - - - 1.08 0.93 1.26 -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.71 - - - - - - - - - - 4.07 - 3.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.27 5.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 1.8 - 2.58 0.61 - 1.87 4.12 - - - - -0.27 - - - 1.7 - - -2.82 2.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.21 1.79 - - 0.63 0.66 - - - 1.05 -
- - - - - - - - - - - - - 5.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.83 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.32 4.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.11 - - - - -2.28 3.55 3.01 2.85 2.25 2.63 2.45 1.78 - - 1.39 - - - - - - - 2.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.98 - 4.61 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.52 3.93 4.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 0.7 - - - - 3.59 - 1.73 1.67 4.77 1.32 - - - 1.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.53 - -
- - - - - - - - - 0.5 - 2.22 - 5.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.56 - - - - 3.0 - - - - - - -0.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 3.23 5.26 1.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.24 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.95 2.92 4.62 2.56 - - - 3.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 5.05 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.76 3.32 2.3 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - -0.7 1.31 - 3.55 4.46 1.75 - - - - - - 1.85 - - - -1.29 - - - - - - - - - 2.4 - 0.64 - - - - 0.71 0.29 0.85 - - -1.67 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.21 - 4.93 2.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.