Heatmap: Cluster_133 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - 1.16 - - 5.42 - - - - - 1.72 - - - - - - 0.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.63 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.34 - - 2.97 5.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.61 - - 5.28 - - - - - 3.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.78 4.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.91 4.9 - 3.48 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.35 4.32 - 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.09 5.1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.18 - - - - - - - - - 1.29 - - -
- - - - - - - 3.63 - - - 3.72 3.69 - - - - - - - - - - - - 0.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.61 - - - - 2.0
- - - - 1.56 - - - - 0.29 2.8 3.17 3.37 0.76 3.15 - - - - - - 1.29 - - - - - - - - 2.05 - 1.19 - - - 1.5 - 0.98 - - - - - - - - -0.33 -1.13 - - - - - - -
- - - 4.15 - - - - - 2.56 - - 4.86 - - - - - 1.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.82 4.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 4.11 - 1.42 - - 5.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.09 - - - - - - 4.11 4.09 - 3.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.28 4.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.13 -
- - - - - - - - - 3.44 - 2.96 3.54 3.87 1.57 - - - 1.11 - - - - - - -0.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.36 - - 1.47 - - -
- - - - - - - 0.6 -2.74 1.72 - 2.35 4.68 - - - - - 1.31 0.55 - - - - - -0.75 - - - - -0.64 - - - - - - 2.25 - - - - - - 1.13 1.53 1.69 - - - 0.56 - - - - -0.92
- - - - - - - - - 4.31 - 4.03 - - - - - - 3.16 - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.26 0.73 - - - 1.53 1.52 - -
- - 2.22 0.3 - - - - - - 2.65 - 4.27 2.12 2.75 2.39 - - 0.42 - - - - - - -1.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.72 - 1.71 - - - -
- - - - - - - - - - 4.3 3.58 - - 4.4 - - - 1.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 3.53 - - - - - - 2.83 3.79 2.2 4.02 - - - 0.62 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.16 - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.48 - 4.94 3.31 - 2.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.38 - - - - - - -
- - - - - - - - 1.45 - - 4.23 3.2 4.55 - - - - 1.01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.53 4.77 - 2.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -1.73 - - - - - - - -0.69
- - - 0.62 - - - - - - - - 3.89 - 2.46 - - - - - - - - - 2.92 - 3.08 - 2.84 2.93 - - - 1.4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.38
- - - - - - - - - - - 4.56 3.6 - 4.15 - - - 1.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.52 1.35 - 3.14 4.73 - - - - - - - - - - - - -0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.98 -
- - - - - - - - - - - 3.62 4.66 - 4.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.73 - - - 5.38 2.14 - - - - 2.41 - - - - - - 1.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.94 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.7 3.67 4.02 3.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.05
- - - - - - - - - - 3.77 - 5.12 - - - - - - - - - - - - 2.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.3 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.27 - - - - - - - - - - - - -0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.42 - - - 3.82 - - -
- - - - - - - - - - - 4.25 5.21 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 1.06 2.27 - - - - - - 1.01 - 3.24 2.72 - 1.6 - - 4.08 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.78 - - -0.73 - - - - - - - -
- - - - -0.3 - - - - - - 3.72 2.71 2.63 2.89 - - 4.36 0.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.16 4.13 - - - - - 1.95 - - - - - - 0.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.93 - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.36 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.91 - - -
- - - - - - - - - 1.18 - 4.98 3.58 - 2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.1
- - - - - - - - - - - 3.98 5.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 1.58 - - - - - 1.12 - - 4.25 - 0.93 - - 3.56 3.45 - - 1.13 - - - 0.27 - - - - -0.12 - - - - - - 0.88 - - - - - - - - - - 0.2 - - - - - - -
- - - - - - - 1.75 -1.7 - - 1.94 2.91 - 1.55 - - - - 2.52 - - - - 2.59 -0.38 - - 2.51 - - - - - - 3.3 - - - - 1.64 - - - - - - - - - - 1.79 - - 1.77 -
- - - - - - - - - - - 4.82 4.79 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.66 -0.93 - - 5.09 2.54 - - - - - - - - - - - -1.13 - - - - -0.21 - - 1.9 0.88 - 0.46 1.65 1.21 - - - - - - - - - - - - - - - 0.72 -
- - - - - - - - - - - 4.44 5.01 - - - - - - - - - - - - 1.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.84 4.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - 1.58 - - - - 2.36 - 0.84 3.97 2.48 1.44 - - - 2.41 - - - - - - -2.75 - - - - -0.05 - 1.58 - - 0.5 0.93 - - 2.12 0.54 - - - - - - - - 0.45 0.73 - - - - -0.83
- - - - 2.09 - - - -2.5 - - 3.19 3.48 2.05 3.32 4.0 - - - - - - - - - 0.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.58 4.62 3.89 - - - - 1.93 - - - - - - -0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.06 3.85 3.3 - 2.82 - - - 1.37 - - - - - - - - - - - 0.83 - - - - - 2.36 2.82 - - 1.97 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.93 - 2.46 5.09 - - - - - 3.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -2.47 0.33 1.87 - 4.57 0.52 1.72 - - - -0.07 - - - - - - 2.64 - - - - 0.7 - - - - - - 2.34 - - 2.15 - - - - - - -1.62 - - 1.92 - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.68 5.23 - - - - - 1.82 - - - - - - 1.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.43 - - 4.46 - - - 4.15 - 1.68 - - - - - - - - - - - - - 1.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.67 - -
- - - - - - - - 2.22 - - 4.71 4.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 3.24 - - - - - - - - 4.94 - 3.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.47 - 2.56 4.02 - - - - - 1.93 - - - - - - -1.46 - - - - - - - - 2.14 - - - - - - - 2.48 - - - - - - - 2.95 1.26 - 2.05 1.46 -
- - - - - - - - - - 4.66 3.93 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - 4.09 - - - - - - - - 4.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.47 - -
-2.34 - - - - - - -0.55 -2.91 2.18 1.58 1.24 3.86 1.37 0.53 - - - 3.69 - 0.56 -2.3 -2.25 - - -3.14 - -3.36 - - -0.11 -2.81 -3.2 -2.16 -1.48 -1.23 -4.27 -1.93 -1.69 -1.02 -3.12 -1.96 -1.29 -1.82 -1.85 1.88 -0.35 0.24 0.03 -4.32 - - - - -2.65 -4.72
- - - - - - - - - 2.68 - 0.92 3.25 0.19 0.47 - - - 3.84 - - - - - - -3.04 - - - - 2.28 0.59 0.79 - 0.94 0.58 0.49 - 0.84 - 0.62 0.63 - - - - - - - - 0.81 0.76 - - - -
- - - - - - - - - 2.63 - 3.59 4.19 - 3.75 - - - 2.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.31 - - 3.78 4.74 - - - - - 1.56 - - - - - - - - - - - - - 3.52 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.35 4.32 - 3.96 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 1.6 1.87 4.15 2.24 3.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.21 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.37 - 4.53 4.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 4.37 3.05 3.08 - 2.66 - - - 2.26 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.9 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - 3.29 - - - 4.38 3.34 2.65 2.98 - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 2.1 3.09 - - 4.6 - - 0.88 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.68 - - - - - - - - - - - 1.7 - - - 1.59 2.94 -
- - - - - - - - - - - 3.62 4.66 - 4.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.11 4.83 - 2.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.58 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.48 5.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.02 - - - - - - - - - 4.0 4.22 0.68 3.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.81 - - - - - -
- - - - - - - - - 3.05 - 4.2 4.75 - - - - - 1.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.49 2.87 3.19 3.5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.98 1.95 - - - - - - -
- - - - - - - - 0.58 - - 4.21 4.25 - - - - - - - - 3.97 - - - 0.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.36 - - 5.44 - - - - - 0.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.0 -
- - - - - - - - - 3.05 - - 5.22 2.01 - - - - 2.57 - - - - - - -0.89 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.03 4.0 - 3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.53 - - -
- - - - - - - - -1.28 - - 2.47 5.04 2.81 - - - - 1.68 - - 2.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.31 - - - - - - 0.6
- - 1.69 1.16 -0.16 1.79 3.25 - -4.92 0.38 - 3.18 2.15 0.77 1.55 - - 3.67 1.59 - - - - - - -2.21 - - - - - - - - - - - - - -1.03 - - - - - -1.4 - - - -1.53 - - - - - -
- - - - - - - - -0.55 2.15 - 2.93 3.9 - - - - - 2.55 - - - - - - 1.41 - - - - - - - - - - - - - - 2.77 - - - - 2.67 - - - - - - - - 2.75 -
- - - - - - - - - - - 4.82 4.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.8 - - - - - - - - - 4.17 4.19 - - - - - 2.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.39 - - 3.04 - - - -1.55 0.63 - 4.09 2.78 1.05 1.39 - - - -0.43 - - - 2.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.64 - 2.84 4.95 - 3.43 - - - 1.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.02 - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.56 - - - - - - - - - - - - 3.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.98 - 2.43 3.48 - 3.02 - - - 1.28 - - - - - - - - - - - - - 2.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.08 2.13 - 2.06 3.27 -
- - - - - - - - 1.06 - - 4.64 3.02 - 3.62 - - - - - - - - - - -0.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.0 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.82 4.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 5.48 - - - - - 2.28 - - - - - - 2.7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.3 5.14 - - - - - 3.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.36 4.34 - 3.92 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.5 5.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.71 3.04 4.69 - 0.66 - - - - - 2.87 - - 1.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.75 - - 0.53 -
- - - - - - - - - - - 4.31 4.36 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.53 - - - - - - -
- - - - - - - - - - 2.81 - 5.15 - - - - - - - - - - - - - - - 3.74 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.67 - 3.44 5.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 4.18 5.17 - - - - - - - - - - - - 0.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 3.99 - - - - - - 4.35 - 3.16 3.13 - - - - - 0.95 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.