Heatmap: Cluster_233 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Immature female cone
Immature male cones
Cambium and expanding xylem
Cambium
Expanding xylem
Expanding and mature xylem
Maturing xylem
Wood
Bark
Bark, healthy
S1 xylem tracheids
S1 whole sections
S2 ray cells
S2 xylem tracheids
S2 whole sections
Dead late wood
Phloem and cambium
Dear early and late wood
Bark, root and butt rot
Vegetative shoots - needles
Vegetative shoots - stem
Vegetative shoots
Girdled twig - stem
Dried twig - needles
Girdled twig - needles
Needles
Needles - dawn
Needles - later afternoon
Needles - midday
Needles - night
Light, 1 hour
Light, 3 hours
Light, 5 hours
Light, 7 hours
Light, 9 hours
Light, 13 hours
Light, 15 hours
Darkness, 1 hour
Darkness, 3 hours
Darkness, 5 hours
Darkness, 7 hours
Darkness, 11 hours
Vegetative buds
Female buds
Male buds
Buds
Pineapple galls
Somatic germinants - abnormal type
Somatic germinants - normal type
Cell culture - H20 - 5 days
Cell culture - KI added - 5 days
Cell culture - KI added - 20 days
Cell culture - KI removed - 4 days
Cell culture - KI removed - 12 days
Cell culture - solid medium
Somatic embryogenic cell line
- - - - - - - - - - - 2.77 - - 1.38 - - - - - - - - - - - - - - - 3.35 3.58 - 2.01 - 1.47 2.68 1.76 - - - 2.98 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.58 - 1.53 - - 1.09 - - - 1.38 - - - - - - -0.17 - - - - 1.8 2.37 1.32 - 3.0 1.19 1.62 1.18 - - 2.53 1.38 0.93 - - - - - - - 2.31 1.32 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.09 4.7 - 3.68 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.14 - - - - - 3.12 - - - - - 2.97 4.94 - - - - - - - - -
- 3.22 - - - - - - 0.01 3.01 - - - - - - - - 3.02 - - - - - - 1.71 - - - - - - - - - 3.57 - 3.2 - - - - - - - 2.35 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.63 - - - - - - - - - - - 2.7 - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.55 - - 0.41 - - 1.0 2.82 - - - -0.18 1.01 1.58 - - -1.21 2.91 1.2 0.73 3.8 - - - -1.63 - 0.86 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.56 - - - - - - - - - 2.91 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.73 - - 3.91 - - 2.96 - - - - - - - - - - - - - - - 2.85 -
- 0.18 - - 0.87 - - - - - - 2.73 -0.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.46 2.67 1.33 -0.49 1.88 1.26 1.15 2.94 - - -0.28 0.99 - - - - - - -3.15 -0.82 1.22 1.36 1.54 -0.81 1.45 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.53 4.09 - - - - - - - - - - - - 3.98 - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.8 - - - - - - 3.64 - 5.19 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 4.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.49 2.22 - - - - - - - - 3.26 3.14 - - - - - 0.47 - - - - 2.76 1.17 1.12 - - - - 1.84 - - - - - 1.75 - - - -1.53 - - 1.15 2.73 - 1.01 - -0.28
- - - - - - - - -1.37 - - - - - - - - - -1.06 - - - - - - -2.79 - - - - 2.22 0.26 2.36 1.4 0.49 2.94 0.38 1.04 2.33 3.9 0.74 2.01 - - - - - - -1.19 - - - - - 1.49 -
- - 1.38 - - - - - - - 1.84 0.57 1.11 - -0.99 - - - - - - - - - - -2.64 - - - - 1.75 1.46 - 2.99 - 2.7 3.47 - - 2.76 - 2.18 - - - - - - - - 0.32 0.39 - - - -
- - - - -7.82 - - - - -0.59 1.1 - 1.77 - -0.21 - - - 1.15 - - -0.05 - - - -1.49 1.0 - - - 1.75 2.48 - 1.17 1.9 2.93 2.47 - 2.3 0.86 2.11 - - - - - - - - 1.12 - 0.03 - - 0.04 -
- - - - - - - - -0.93 1.79 - 2.56 - 4.71 - - - - 1.11 - - - - - - -1.02 - - - - 3.17 - - - - - - - 2.58 - - - 1.21 - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 4.58 - - - - - - - - 2.24 - - - - - - - - - - - 3.82 - - - - - - 3.72 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - 3.12 2.05 - 1.71 - - - -0.06 - - - - - - - - 0.85 - - - 1.62 - - 2.72 - - - - 4.58 - - - - 1.87 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.38 - - - - - - - - 0.31 - - 1.93 - - - 3.15 - 2.87 - - 0.88 - - - 2.08 4.09 1.74 - 1.72 - - - - - - - - 0.71 1.02 - - - - - - -
- - 2.5 - 0.67 3.87 - 1.78 - - - - - - - - - - - - - - 2.78 - - 0.6 - - - - - - - - - - - - - 4.27 - - - - - - - - - - - 1.6 - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.03 - - - - - - 1.8 - - - - 1.88 - 0.98 2.12 2.53 0.91 1.93 0.8 2.25 3.44 2.08 1.35 - - 0.98 - - 0.15 0.03 - - - - - - -0.44
- - - - - - - - - - - 1.05 0.85 0.37 - - - - - - - - - - - -1.74 - - - - -0.28 0.94 0.9 2.97 - 3.83 3.29 0.71 3.04 1.96 - - - - - - - - -1.56 - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.47 - - - - 1.22 - - - 1.07 - - - - - - 0.41 - - - - 2.87 1.29 2.36 - 1.53 - 1.42 - 3.13 3.82 2.46 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - 4.42 - - - - - - - - - - - 2.04 - - - - 3.62 - - 4.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - 3.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.21 - 3.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.35 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.8 - - - - - - - - - - - - - 5.73 - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.47 - - - - - - -0.83 1.08 - - - - - - - - 2.21 4.14 - - - - - 1.37 - - - - 2.42 - - - - - - - - - - - 2.47 - - - - - - - - - - - 2.71 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.02 - - - - 4.06 3.67 - - 4.21 - - - - - - - - - - - - - - - -
0.73 - - - - - - - - 0.83 - 0.01 0.98 1.85 1.16 - - - 0.22 3.2 0.83 - - - 0.66 -1.88 - 1.42 - 1.67 0.21 0.81 0.64 -0.17 -0.41 0.6 2.57 - - 0.12 0.17 2.1 - - - - 0.91 - -2.87 - - - - - 0.86 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.31 - 2.94 - - 4.42 4.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
3.76 - - - - - - - -1.56 - - 3.03 - - - - - - 1.77 - - - - - - - - - - - -9.13 - - - 3.15 - 2.61 2.49 - - 1.87 - 2.65 - - - - - - - - - - - - -
- 2.59 - - - - - -1.57 0.73 -1.27 - - - - - - - - -0.2 -1.72 - 1.61 - -0.78 0.75 -3.0 0.33 - - -0.82 0.54 1.12 -1.69 1.66 3.15 -0.85 3.0 - -0.21 2.12 - 0.04 -1.25 - - 0.42 1.43 -1.07 -1.18 - - - - - -0.06 1.02
- - - - - - - - - - - - 4.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.13 - - - - - - - 4.16 - - 4.01 - - - - - 4.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.08 1.93 - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - 3.4 - 2.2 3.46 2.24 3.12 - - 2.53 - - - - - - - - 1.9 - -
- - - - - - - - - - - 2.87 - - - - - - - - - - - - - 2.37 - - - - - - - - - 4.45 - - - - 2.6 2.61 - - 3.24 - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - 0.43 1.76 - - - - - - - - 3.57 - - - - - - 1.05 - - - - - - - - - 4.88 - - - - - - - - - - - - 0.11 - - 2.76 - - - -
- - - - - - - - -0.67 3.56 - - - - 3.29 - - - 2.33 0.97 - - - - - -1.84 - - - - 2.56 - - - - - - 1.84 - 1.47 - - 1.61 0.16 - 2.13 - - 0.22 - - 1.23 1.18 - - -
- - - 0.9 - - - - - -0.14 - - 3.48 - - - - - 0.67 - - -0.94 - -0.05 - - 2.06 - - - 2.16 0.04 1.54 - 2.42 2.93 -0.44 -1.03 0.45 2.76 0.77 0.78 - - - - - - -3.62 - - -0.9 - - - -
- - - - - - - - - 0.94 1.37 2.71 - - 3.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.62 1.78 - 3.13 3.42 - - - - 1.98 - - - - - - - 1.33 - 1.42 - - - -
- - - - - - - - -1.17 1.37 - - - - 2.08 - - - - 3.28 - - - - - -0.09 - - 3.09 - 2.09 2.34 3.31 - - 2.49 - 2.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.92 - - - 2.45 - - - - 0.86 - - - - - - - - - 3.64 - - - - - - 3.04 - - - - - - - 1.85 - 3.03 - - - - - - 2.72 2.57 - -
- - - - - - - - -1.58 - - - - - - - - - - 1.81 - - 3.1 - - - 3.86 - - - - - - 2.18 - 3.48 2.62 - - - - 2.83 - - - - -3.43 - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.66 - 2.12 - - 2.41 - - - -3.31 - - 0.72 - 3.71 3.11 2.34 - - - - - -0.06 -0.63 1.45 - 1.42 0.51 0.24 2.73 -
- - - - - - - - - -0.56 - - -0.58 1.71 - - - - 1.03 0.58 - - - - - 0.06 - - - - 1.97 0.13 1.84 1.65 1.77 2.85 2.93 2.22 2.7 1.12 - - - - - - - -3.36 -3.34 -1.2 0.29 - -1.11 - 0.27 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.73 2.86 - - - - - - - - - - - - - - 3.3 - 2.86 - - 3.39 - - - - - - - - - - - 2.98 - - - -
- 0.24 - 0.46 - -0.02 - - - -0.31 - - -0.38 -1.99 - -0.86 - - 1.76 - -0.55 - 3.15 - - -0.8 0.44 - -0.8 - -0.77 -0.62 0.01 1.81 0.86 2.16 2.66 0.95 2.05 2.16 2.05 - - - - -0.51 -0.47 -3.02 -4.34 - - - - - - -
- - - 1.38 1.88 - - - - - - 2.56 - - 3.12 - - - - - - - - - - -0.1 - - - - - - - 2.36 - - - 2.25 - 3.65 - 3.55 - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.4 - - - - 1.7 1.05 - 0.75 - 0.73 2.1 1.54 -0.16 0.18 1.42 3.19 1.29 0.76 1.79 1.16 2.46 1.9 - - - - - - -2.83 - -0.3 - - - 0.04 -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -2.59 - - - - 2.66 - 2.88 3.03 - 2.68 2.89 3.6 3.02 - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 3.52 - - 3.46 - - - - - 1.66 - - - - - - - - - - - - - - - - 4.48 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.02 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.42 - - 0.64 - - - - - - - - - - - - - 4.42 - - - - - 3.55 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.9 - - 2.41 - - - - - 0.25 - - - - - - 0.32 3.28 - - - - - - - - 2.43 - - - - 2.17 - - - 2.2 2.42 3.37 -0.28 - - - - - - - -
- - - - - 2.2 - - 0.81 1.57 - - - 2.65 2.9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.25 - - 3.29 - - - - 2.06 - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.96 - - - - - - - - - 3.46 3.3 - - - - - - - - - 4.43 - - - - 3.29 - - - -
- - - - - - - 0.61 - 0.95 - - 1.71 - 0.28 - - - 1.06 - - - - 1.4 - 1.25 1.51 - - - - 0.72 - 1.09 1.72 2.5 - 0.47 - - - 1.73 - - - - - - -2.16 1.21 1.54 1.45 2.36 0.52 2.57 -
- - - - 2.86 - - - -0.0 2.76 - - - - - - - - 2.83 - - - - - - 0.21 - - - - - - - - - 4.54 - - - - - - - - - - - - - - - - 3.23 - - -
- - - - - - - - - - - - - 3.82 4.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.62 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -0.09 - 3.34 - 3.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.36 - - - 3.29 - 4.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 1.8 - - - - - - - - 1.69 - 1.8 - - - - 1.5 - - - - 1.23 0.77 - 2.5 0.57 - 2.7 - - 3.13 2.91 0.83 - - - - - - - - 0.63 0.68 1.78 - - -0.7
- - - - - 3.5 - - - - 4.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.7 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.48 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.68 - - - - 3.19 - - 4.41 - - - - - 4.58 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.69 - - 2.56 - - - - - 3.58 - - - - - - - - - - - - - - - 3.63 - - -
- - - - - - - - - -0.1 - - - 2.07 - - - - 1.85 - - - - - - -0.59 - - - - - - - - 2.63 - 3.06 1.29 3.29 3.83 - - - 0.5 2.06 - - - - - - - - - - -
- -0.07 - - - - - -0.13 -0.86 -2.06 - 1.85 0.91 -0.43 0.24 - - - -0.3 -1.5 -2.3 -0.19 - 2.78 - -1.17 - - - - -16.23 -0.96 1.37 - 1.71 3.32 - - -0.55 -2.99 1.81 2.2 0.37 1.77 1.02 1.64 - - - - - -0.76 -0.62 - - -
- 1.21 - - - - - 2.79 - - - - 3.63 - 3.35 - - - - - - - - - - 1.18 - - - - - - - - - 2.46 - - - 3.16 - - - - - - - - - - - - - - 2.35 1.21
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.38 - - - - - - -0.19 -0.05 2.69 2.3 1.11 3.24 3.13 2.85 0.01 - -5.8 0.64 - -0.13 - - - - 0.46 - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - 1.54 - -5.83 - - - - - - - - - - 1.02 - 3.98 - - 4.01 - - 1.06 - - - - 2.76 - - - - - - - - - - - - - - 3.37 - -
- - 3.08 - - - - - - - - 2.26 3.87 - 1.81 - - - - - - - - - - 0.26 - - - - 0.82 - - 2.63 - - 3.07 - - - - - - - - - - - - - 1.92 - 1.75 - - -
- - - 1.47 2.07 1.57 - - - 1.02 - - - - - - - - 1.14 - - - - - - 0.16 - - - - - - 3.19 3.31 - - - - - 3.66 3.18 - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.54 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -2.02 2.34 1.6 1.58 - - - - - - 1.05 - - - - - - - - - - - -4.51 -25.19 - - 2.89 - 4.71 - - - - - - 0.38 - - - 0.38 -0.07 - 1.56 - 1.27 - - -
- - - - - - - 1.81 - 0.29 - - - - - - - - - - 2.82 - 2.81 - - - - - - - 0.71 - 1.78 - 2.02 3.43 - - - - - 1.7 - - - - - - - 2.58 2.78 - - - - 0.28
- - - - - - - 0.79 -2.65 2.59 - 0.88 2.46 - - - - - 2.78 1.64 2.7 0.64 - - - 1.01 1.69 - - - -0.57 - - - 1.9 - - 1.92 0.43 - - - - 1.08 - - 1.78 -1.98 -1.1 - - - - - 0.71 -
- - - - - - - 4.19 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.34 - - - - - - - - - 4.12 - - - - - - - - - -
- - - - - - - 2.27 -2.38 - - - 2.4 - - - - - - - - - - - - 0.74 - 2.06 - - 2.73 - 1.1 3.07 - 1.32 - 1.98 - 2.69 1.44 1.47 - - - - - - - - 1.01 - 1.16 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.55 - - - 3.97 2.15 - - - - - - - - - 3.13 - - - - - 4.19 - 0.52 - - - 2.75 - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.09 - - - - - - - - - - - - - 5.57 - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 0.56 0.49 0.75 2.38 0.07 1.93 - - 1.39 -1.1 - - - - - - -1.92 - - - - - - 1.52 1.88 - 1.72 0.55 1.34 0.31 2.82 1.76 0.6 - - - - - - - 1.5 1.46 - - 0.38 1.63 0.05
- - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - 2.53 - - - - - - - - 3.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.97 - - - - - - - - - - - - - - - 3.0 2.85 3.21 -
- - - - - - - - - -2.63 - - 3.68 - 1.59 - - - -6.03 1.01 - 0.92 - - 0.6 -0.71 - -0.82 - 1.72 1.88 - 2.69 - - - - - 0.85 3.64 - - - - - 2.52 - - - - - - - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.81 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - - -1.04 - - 1.34 - - - - - - - - - - - - - -0.83 - - - - 2.98 - 3.03 1.67 - 3.09 2.5 2.34 - 2.12 2.31 2.21 - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.