Heatmap: Cluster_121 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log₂ transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo112102	-	-	-	-	-	-	-	0.49	0.81	-	2.18	1.79	-	-	-	-	0.98	-	-	-	-	-	-	0.78	-	-	2.31	3.12	-	-	0.83	0.79
Smo113781	2.08	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.1	-	3.41	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo114259	-	-	-	-	-	-	2.98	-	-	-	-	-	-	-	-	1.9	-	-	-	-	-	-	2.7	1.72	-	-	-	-	-	1.84	-	2.81
Smo122726	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo123884	0.16	-	-1.29	0.52	-	0.9	0.77	1.24	0.45	0.59	1.2	-1.6	-	0.01	1.95	-	-0.05	-1.46	-0.7	-	0.82	-	-0.62	1.72	-	-	-	0.88	0.96	0.36	-	-
Smo131670	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.15	-	-	2.86	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.99	-	-
Smo134719	-	2.72	-	-	-	-	3.69	-	-	-	-	3.64	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo135319	-	-	-	-	-	-	4.42	-	-	-	-	-	-	3.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo136252	-0.14	0.59	2.02	-	1.86	-	0.67	0.4	-	-	2.83	0.69	0.82	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.61	-	1.91	-	-	-	-	0.69	0.65
Smo34645	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.19	-	-	4.14	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.76	-	-	-	-	-	-
Smo402137	0.31	0.94	-0.4	-0.38	-8.28	-2.78	1.62	-0.37	-0.13	-0.77	1.09	-0.3	-	-0.06	-3.35	-2.01	-0.35	-0.28	0.17	-1.6	-1.15	-	0.76	2.09	-0.61	-0.07	0.67	-0.5	-0.51	0.09	0.0	0.5
Smo403163	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo403250	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo403289	-	2.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.05	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.35	2.48	-	-
Smo404580	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.13	2.36	-	-	-	2.36	-	-	-	-	-	-	2.07	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo404718	0.77	-2.65	-0.3	0.54	-	1.32	2.48	-1.28	-	-0.28	1.63	-	0.77	-	0.51	0.3	-0.93	-	0.07	-	-	-	1.11	1.42	-	1.24	0.34	-	-	-0.91	-0.94	-
Smo404993	2.29	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.24	-	-	-	-	-	-	4.14	-	-
Smo405536	-	-	-	-0.11	-	0.66	4.07	-	-	-	-	-	-	0.95	2.48	-	-	-0.09	-	-	-	-	-	-	-	-	1.58	-	0.32	-	-	-
Smo406933	-	-	-	-	-	-	4.55	-	-	-	-	3.11	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo407240	-	-	-	-	-	-	2.92	-	-	-	2.8	2.85	-	-	-	-	-	3.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo408350	-	-	-	-	-	-	-0.34	-0.46	-0.55	0.44	1.86	-	1.56	-	-0.86	-	0.83	-	1.42	-	-	-	-0.03	-	1.9	-	-	-	-0.15	-	2.81	2.08
Smo408686	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.3	3.41	2.48	-	-	-	-	2.48	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.41	-	-
Smo409272	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.15	-	2.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.61	-	3.68	-	1.44	-	-
Smo409321	-1.14	0.96	-2.57	-0.74	-0.76	1.15	1.44	1.7	-3.36	1.37	-0.11	-0.13	-3.26	-2.72	-2.3	-1.18	-1.04	0.53	2.02	-	0.79	-	-0.7	-2.33	0.2	0.42	0.4	-0.53	-1.11	-0.82	-2.44	-1.42
Smo409395	-0.66	-0.47	-3.21	-1.45	-2.78	0.38	1.11	-0.34	-0.19	-1.12	1.23	0.05	0.67	0.74	-0.18	0.74	-0.73	-0.44	-0.79	-	-	-	2.15	1.23	-0.01	-0.72	-0.51	0.4	-0.28	-0.2	-0.83	-0.57
Smo410051	-	1.15	-	-	-	-	3.12	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.46	-	3.33	-	-	-	-	-	-	-	2.52	-	-	1.34	-	-
Smo410453	-	-	-	-	-	1.13	3.31	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.89	-	3.41	-	-	0.82	-	-	-	-	-	1.93	-	-
Smo410627	0.15	-	-0.51	-	-	-	-	0.05	-	-1.53	1.38	-1.36	-	-1.22	-	-1.23	-0.39	-0.57	0.93	0.65	-	-	1.73	1.42	1.69	0.88	1.74	1.1	-0.33	0.67	-1.35	-0.4
Smo410878	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo411952	-0.9	-0.18	-	0.53	-	-	3.56	1.22	-0.04	2.06	1.32	-	-	-	-	-	-	1.71	1.02	-	-	-	0.17	-0.04	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo412147	-	-	-	-	-	1.52	3.89	2.61	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.04	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo413177	2.14	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.93	-	-	3.63	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo413441	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo413634	-	-	2.51	-	-	2.94	3.7	-18.16	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.49	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo413646	-0.11	-	-	-	-	-	3.44	-	-	-	-	-	0.1	1.81	1.05	1.74	0.11	0.23	2.8	-	-	-	-	0.03	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo414340	-	-	2.85	-	-	-	-	-	-	-	-	4.63	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo415418	0.25	-1.08	-0.26	-	1.69	0.8	2.89	-	2.94	-0.89	-	0.12	-	-	-	-0.88	-	-	-	-	1.23	-	-	-1.09	-	-	2.15	-	-	-	-	-
Smo415765	-	0.05	0.91	-	-	-	-0.67	-	-0.1	-	2.99	0.06	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.3	3.2	-	-	-	-	-0.14	-	1.22	0.16
Smo416321	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.42	3.78	-	2.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo416613	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo416718	-2.98	-1.98	-	0.5	-	0.09	1.49	1.87	0.68	-1.72	0.61	-	-	-19.9	0.62	-	-0.91	-	-0.97	-0.98	1.81	-15.46	-0.33	-0.94	1.49	-	-	2.28	-0.98	0.67	0.09	-1.01
Smo416777	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo416911	0.15	-	1.4	-	-	-	-	-12.59	-	-	-	-	2.2	-	-0.56	0.67	1.03	-	1.31	-	-	-	-	-0.0	-	-	1.3	-	0.96	3.14	1.42	-
Smo416913	-	-	2.27	-	-	-	-	4.36	-	-	-	-	-	-	-	-	-5.0	-	-17.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.71
Smo417021	-	-	3.25	-	-	-	3.48	-	-	-	3.5	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo418738	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo419023	1.2	1.01	-	-	-	-	-	-	-	-	2.22	0.12	0.35	2.5	3.02	0.35	0.19	-	0.18	-	-	-	-	0.12	-	-	-	-	0.2	-	0.16	-
Smo419590	-6.26	-	-	-0.63	-	-0.26	0.57	2.12	-	-	2.09	-	-	2.09	2.36	-	-	-0.9	-	-	1.44	-	-	-	-	-	2.0	-	1.08	-0.8	0.16	-
Smo419729	-	3.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.56	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo420339	-	-	-	-	-	-	3.26	-	2.59	-	-	-	2.44	2.6	2.29	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo420362	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.17	-	-	-	-	-	-	3.81	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo420557	-0.9	0.48	-0.53	-2.65	-	0.99	-2.26	-	0.15	0.54	2.11	-1.12	0.97	-2.29	-0.62	-0.13	-2.26	-0.25	-0.28	-	-	-	1.77	2.43	-	-1.05	0.94	0.43	-0.7	-2.39	-2.42	-0.89
Smo421193	-	-	-	0.02	-	-	3.35	-	1.14	0.13	3.1	3.15	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo421438	-	-	-	-	-	-	3.91	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.09	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo422302	0.39	-0.36	-1.22	-1.52	-	-	1.53	-2.2	-	-0.08	1.23	-1.87	-1.85	-2.02	-	-1.65	1.09	-1.25	1.2	-	-	-	1.48	-0.41	-	1.22	1.01	0.44	0.64	0.66	1.66	0.32
Smo422890	-	-	-	-	-	-	3.31	-	3.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.53	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo423008	-	-	-	-	-	-	3.4	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.18	-	-	-	-	-	-	3.63	-	-	-	-	-	-
Smo423225	-	-	-	1.2	-	-	-	-	1.63	1.31	3.42	-	-	-	-	-	-	-	3.33	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.75	-	-
Smo423654	-	-	1.63	-	-	-	2.61	-	2.64	-	-	-	0.62	0.98	0.8	-	0.49	-	-	-	-	-	-	0.43	2.53	-	-	-	1.5	-	-	-
Smo425234	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo426643	-	2.63	-	-	-	-	4.25	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.79	-	-	-	-	-	-	-	-	1.77
Smo427247	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.0	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo427481	0.6	-	-	-	-	-	-	0.82	-	-	-	4.2	1.11	-	-	-	-	-	1.14	-	-	-	1.23	-	-	-	-	-	1.87	-	-	-
Smo427535	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.0	-	2.18	1.46	1.18	-	-	1.45	-	1.32	-	-	-	-	-	-	3.41	-	-	1.36	-	-	-
Smo428016	-	-	1.73	-	-	-	-	-	-	-	-	3.58	-	-	-	-	-	2.74	-	-	-	-	-	-	-	-	3.32	-	-	-	-	-
Smo428499	-	-	-	-	-	-	3.05	-	-	2.32	-	3.0	-	1.42	0.95	-	-	1.69	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.54	-	-	-
Smo428549	-	-	-	-	-	-	3.13	-	-	-	4.4	-	-	-	-	-	0.82	-	-	-	-	-	-	-1.4	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo428689	-	-	-	-	-	-	3.11	-	-	2.89	-	-	-	-	2.57	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.33	-	-	-
Smo429463	-1.42	-	-	-0.29	-	-0.71	-	-	-	-0.9	-	2.06	2.07	2.09	-	0.91	-	1.36	-0.88	-	1.42	-	-	-	-	0.22	1.7	2.16	-1.01	-	-	-
Smo429481	-0.14	-0.17	-0.91	-0.36	-0.48	-0.69	-1.09	-0.42	-1.43	-0.79	-0.1	-0.31	0.29	-0.27	0.01	0.39	-0.16	-2.0	0.82	-0.31	-2.32	-1.76	0.71	0.55	1.43	1.0	1.2	0.62	-0.4	-0.31	-0.28	0.02
Smo430170	1.92	-	-	1.34	-	-	-	-	-	-	3.56	-	-	1.63	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.97	-	-	-	-	-	1.55
Smo430520	-	-	-	-	-	-	3.21	-	-	-	4.48	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-1.32	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo431523	-0.51	1.03	-	-	-	-	1.04	-2.43	-0.16	-	1.72	1.07	-	-	-	-	0.94	-	-0.19	-	-	-	0.86	-0.25	-	-	1.92	3.28	-0.17	-0.18	-	-
Smo431635	-1.5	-	-	-0.4	1.19	-	-0.11	-	0.04	1.33	2.92	1.22	0.18	-	-	-	0.15	2.02	2.61	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-0.11	-	-	-0.09
Smo431942	-1.36	-	-1.79	0.72	-1.36	-	0.8	-1.22	2.1	0.93	1.91	2.69	1.33	-	-	-	-1.47	-	-1.48	-	-	-	-	-	-	1.16	0.02	-	-	-	0.53	1.46
Smo431975	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo432252	-	-	-	-	-	-	3.41	-	-	-	3.91	-	-	-	-	1.1	1.48	-	-	-	-	-	-0.51	-0.44	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo432292	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.86	-	-	-	-	-	1.28	-	-	-	-	-	-	-0.94	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo432329	0.47	-	-	-	2.72	-	3.42	-	2.56	0.93	-	2.46	-	-15.55	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo432345	0.16	-	-	0.67	-1.49	0.09	1.94	0.97	1.58	1.45	2.53	1.31	-	-0.21	1.22	-	-	-	-	-	-	-	-0.6	-	-	0.84	1.1	-	-	-	-1.69	-
Smo432411	-	-	-	3.3	-	-	-19.16	-	-	1.03	3.6	-	-	-	0.74	-	-	2.67	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo432643	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.46	-	-	-	-	-	-	-	2.8	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-1.1	-	0.42	0.37
Smo432683	0.63	-	-	-	1.82	2.25	2.24	-	0.38	-	2.47	-	-	-	0.78	-	-	-	-	-	-	-	-	2.87	-	-	-	-	-	0.64	-	-
Smo5172	-	-	-	2.35	-	-	4.28	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.9	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo71477	-0.59	-	-	-	-	0.99	2.34	1.64	0.85	-	-	0.81	1.91	-	0.36	0.2	-	-	-0.2	-	-	-	0.75	0.78	-	-	2.4	-	-0.05	-0.09	-	-
Smo76459	-0.69	-1.7	0.39	-	-	-	0.41	0.57	-	-22.81	1.38	-8.59	-0.8	0.31	-3.54	-2.63	0.91	0.72	-0.53	-1.07	0.68	-0.14	-1.92	-0.41	-	1.33	0.81	1.98	0.61	0.04	0.79	0.66
Smo77259	-0.69	-1.7	0.39	-	-	-	0.41	0.57	-	-22.81	1.38	-8.59	-0.8	0.31	-3.54	-2.63	0.91	0.72	-0.53	-1.07	0.68	-0.14	-1.92	-0.41	-	1.33	0.81	1.98	0.61	0.04	0.79	0.66
Smo84442	0.57	-4.67	0.03	-1.96	0.48	-0.88	3.34	0.02	1.72	-0.47	0.12	-	-1.32	-1.92	1.0	-2.47	-0.26	-	-0.8	-	-	-	0.52	-0.84	-	-0.53	-	-25.19	-0.73	1.11	0.12	-1.95
Smo86099	3.93	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
Smo88307	-0.37	-0.25	-	1.63	-	-	2.42	0.24	2.36	-	-	0.74	-	-	1.61	-	-	1.01	0.58	-	-	-	1.45	0.34	-	-	1.34	-	-	-	-0.63	-2.28
Smo97800	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.14	1.21	-0.24	-	-	2.19	-	0.42	1.64	-	-	-	-	-	-	1.44	-	3.67	-	-	-	-

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.