Heatmap: Cluster_13 (HCCA)

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(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Aerial tissue - Light - ZT1
Aerial tissue - Light - ZT3
Aerial tissue - Light - ZT5
Aerial tissue - Light - ZT7
Aerial tissue - Light - ZT9
Aerial tissue - Light - ZT11
Aerial tissue - Dark - ZT1
Aerial tissue - Dark - ZT3
Aerial tissue - Dark - ZT5
Aerial tissue - Dark - ZT7
Aerial tissue - Dark - ZT9
Aerial tissue - Dark - ZT11
Roots
Root elongation and differentiation zone
Root meristematic zone
Aerial roots and rhizophores
Shoot tips
Microphyll
Strobili
Shoot apical meristem - AC
Shoot apical meristem - Core
Shoot apical meristem - P1
Stem - Top
Stem - Bottom
Whole plant
Aerial tissue - Stress - Dark
Aerial tissue - Stress - High light
Aerial tissue - Stress - Cont
Aerial tissue - Stress - 37C 1h
Aerial tissue - Stress - 37C 3h
Aerial tissue - Stress - 4C 1h
Aerial tissue - Stress - 4C 3h
- - - -2.07 -2.14 -0.34 -0.28 -0.17 -1.66 -2.66 -1.72 - 0.85 -3.15 -0.47 1.49 0.99 1.68 1.56 - - - 1.08 1.02 - -1.4 0.82 1.09 1.25 1.02 -0.55 0.19
0.18 0.47 0.13 0.17 0.15 0.09 -0.25 -0.4 -0.03 0.06 0.02 -0.05 0.72 0.56 0.53 1.23 0.12 0.39 0.85 -5.6 -2.97 -3.63 0.23 0.08 -2.32 -0.45 -0.51 -0.79 -0.07 -0.04 -0.11 -0.2
-1.19 -1.21 -1.61 -1.59 -2.68 -2.97 -1.65 -1.43 -2.02 -0.36 -1.15 -0.07 0.53 -2.12 -2.03 1.68 0.44 1.38 2.06 -1.94 - - 0.66 1.17 -0.13 -0.8 -2.45 -0.5 1.0 0.96 0.79 0.73
0.17 -0.17 0.11 -0.37 -0.07 -0.79 -0.6 -0.35 -0.16 -0.45 -0.08 -0.49 0.8 -0.5 -0.86 1.22 0.16 0.41 0.35 - - - 0.95 0.93 - 0.57 -0.03 0.17 0.45 0.61 0.21 0.44
-0.27 -0.42 -0.44 -0.24 -0.34 -0.61 -0.33 -0.1 0.04 0.2 0.05 0.19 0.85 0.55 0.65 0.73 0.19 0.02 0.44 -8.94 -6.7 - 0.41 0.61 -4.31 0.01 -0.79 -0.76 0.53 0.47 0.65 0.86
-0.79 0.06 -0.34 -0.07 0.31 0.1 0.67 0.43 -0.07 -0.1 0.08 -0.58 0.37 -0.13 -2.33 0.41 0.18 0.95 -0.1 -4.21 - -7.18 0.52 0.76 -2.39 0.89 0.31 0.06 0.75 0.27 -0.35 -0.22
- - - - - - - - - - - - 2.8 - - 2.31 0.57 1.75 1.55 - - - 1.39 0.99 - - - - 1.4 -0.16 1.15 0.94
-0.39 -0.17 -0.22 -0.11 0.35 -0.36 -0.19 -0.19 -0.25 -1.02 -0.0 0.19 0.59 0.15 0.4 0.75 0.34 -3.62 1.17 -2.14 -3.94 - 0.59 0.54 -3.42 0.38 -0.79 -0.07 0.68 0.49 0.33 0.69
0.1 0.04 -0.13 -0.23 -0.38 -0.6 -0.47 -0.57 -0.35 -0.27 -0.35 -0.23 1.02 0.55 0.35 1.38 0.2 0.25 0.71 - -7.67 - 0.47 0.4 -4.49 -0.2 -0.26 -0.2 0.5 0.56 0.38 0.25
-8.39 -8.63 -7.53 -7.58 -5.97 -7.24 -6.69 -7.43 -7.23 -4.62 -7.41 -8.12 -0.27 -0.52 -1.3 1.38 0.1 1.3 1.12 -1.81 -0.74 -2.36 1.35 1.54 -2.04 -1.13 -1.93 -1.59 1.65 1.62 1.9 1.95
- - - - - - - - - - - - 1.15 - - 1.98 1.03 1.62 0.41 - - - 2.19 2.22 - - - - 1.27 1.14 1.5 1.46
- - - - - - - - - - - - 2.47 - - 2.27 -0.18 0.19 1.2 - - - 2.17 2.63 - - - - 0.39 0.92 0.59 0.97
-3.41 -4.78 -2.31 -2.6 -1.36 -1.68 -2.19 -1.92 -2.19 -2.12 -2.34 -2.57 2.45 -0.84 -3.66 3.09 -0.88 -0.52 0.13 -2.88 -4.47 0.21 -0.06 0.03 0.16 0.18 -0.4 -0.91 0.72 1.3 -0.46 -0.25
-0.28 -0.29 -0.42 -0.47 -1.5 -0.44 -0.54 -0.73 -0.23 -0.16 -0.44 -0.41 1.17 -0.44 -0.92 0.91 0.27 1.31 0.19 -0.94 -1.14 0.09 0.94 0.8 0.01 -2.37 -1.79 -1.67 0.78 0.82 0.17 -0.09
-0.73 -0.4 -0.31 -0.18 -0.33 -0.39 -0.33 -0.44 -0.03 -0.09 -0.45 -0.38 1.09 -0.65 -0.67 0.97 0.32 0.02 0.46 -2.34 -0.41 -0.88 0.46 0.85 -0.74 -0.18 -0.24 -0.53 0.26 0.27 0.63 0.86
- - - - - - - - - - - - 2.9 - - 2.02 0.72 0.2 0.83 - - - 1.56 1.3 - - - - 1.27 1.13 1.38 1.72
-0.34 -0.4 -0.27 -0.69 -0.33 -0.64 -0.7 -0.92 -0.24 -0.3 -0.18 -0.37 1.43 -0.64 -2.3 1.5 -0.84 0.78 1.03 - -4.69 - 1.13 1.46 - -0.78 -0.64 -0.91 0.11 0.03 0.45 1.14
-0.24 0.07 0.1 0.0 -0.19 -0.48 -0.33 -0.41 -0.5 -0.02 -0.11 0.32 1.28 -1.25 -0.42 0.79 0.78 0.42 0.96 -7.19 - - 0.85 0.71 -6.33 -1.42 -1.32 -1.03 1.0 0.83 -0.02 0.25
- - - - - - - - - - - - 1.35 - - 1.43 1.18 0.86 1.75 - - - 1.36 1.24 -4.96 - - - 1.96 1.94 1.79 1.66
- - - - - - - - - - - - 1.34 - - 1.68 0.98 1.62 2.12 - - - 1.47 1.38 -2.17 - - - 1.65 1.13 1.48 1.65
-3.21 - - -2.46 - - - - -1.48 -2.8 - -2.62 1.68 -0.03 -3.04 1.68 1.35 - 1.99 - - - 1.08 1.27 - -0.04 - 0.46 1.65 1.64 0.94 0.97
-1.63 -1.51 -2.25 -1.82 -2.31 -1.9 -1.48 -2.34 -1.34 -1.0 -1.86 -1.49 1.02 -0.61 -1.06 1.13 0.72 1.22 1.01 -4.18 -1.72 1.12 1.15 0.97 -0.61 -0.86 -1.51 -1.53 1.43 1.22 0.78 0.64
0.16 0.19 0.17 0.09 0.08 0.16 -0.28 -0.09 -0.4 -0.36 -0.23 -0.26 0.72 0.5 0.67 0.5 -0.01 -0.03 0.53 -2.49 -1.42 -2.22 0.47 0.63 -0.52 -0.87 -0.61 -0.65 -0.1 0.06 0.42 0.42
0.16 0.2 -0.02 -0.25 -0.3 -0.26 -0.39 -0.32 -0.24 -0.18 -0.19 -0.06 0.52 0.53 -0.16 0.86 0.16 0.19 0.54 -0.86 -0.92 -1.94 0.74 0.7 -0.79 -0.07 -0.32 -0.2 0.35 0.29 -0.41 -0.4
-5.85 - - -3.84 - - - - - -3.14 -2.62 -3.48 1.66 -1.1 -0.34 1.3 1.13 1.3 1.28 - 1.14 - 0.99 1.56 -0.38 0.05 -0.16 0.23 0.42 0.49 1.04 0.83
-0.1 -0.11 -0.12 -0.2 0.12 -0.07 -0.38 -0.48 -0.6 -0.52 -0.63 -0.76 0.39 0.43 0.13 0.99 0.46 1.18 1.02 -5.68 -2.96 -4.14 0.99 0.96 -2.5 -1.03 -0.68 -1.01 0.39 0.37 0.23 0.16
-0.73 -0.12 -0.1 -0.13 -0.41 -0.24 -0.28 -0.69 -0.84 -0.94 -0.81 -0.82 0.13 1.11 0.3 1.03 0.99 1.26 -0.21 -5.83 -6.0 -6.04 1.52 1.16 -4.63 -2.61 -1.77 -0.96 0.98 1.11 -0.41 -0.84
-0.43 -0.24 -0.05 -0.0 -0.46 -0.36 -0.34 -0.39 -0.21 -0.1 -0.18 -0.29 0.94 -1.38 -0.26 1.56 -0.11 0.59 0.92 -3.32 -1.67 -1.49 0.34 0.48 -1.52 0.14 -0.38 -0.33 0.47 0.42 0.34 0.06
-0.46 0.33 0.44 -0.4 0.37 -0.33 0.03 -0.73 -0.41 0.26 0.31 -0.01 0.14 0.02 0.8 0.84 0.22 -4.54 1.08 - - - 0.51 0.67 - -1.99 -0.43 -1.29 0.59 0.68 0.78 0.86
-0.67 -1.35 -1.12 -0.36 -0.49 0.0 0.25 0.09 0.24 -0.45 0.17 -0.01 0.45 -0.73 -0.06 0.84 -0.34 -1.26 1.05 - - - 0.05 0.01 -3.01 0.53 0.55 0.91 1.17 0.64 0.5 0.64
-0.85 -0.96 -0.63 -0.91 -0.78 -0.96 -0.64 -1.2 -0.97 -1.09 -1.29 -0.93 0.75 0.03 0.34 0.97 0.61 1.37 0.85 -1.51 -0.0 -1.07 0.51 0.6 0.55 -0.9 -0.24 0.13 0.61 0.56 0.08 0.11
-0.57 -0.78 -0.66 -0.31 -0.44 -0.51 -0.12 -0.59 -0.07 -1.02 -0.72 -0.93 0.44 -1.07 -1.4 1.12 0.49 0.54 1.11 - - - 0.9 0.55 - 0.29 0.44 0.32 0.9 0.68 0.98 0.78
- - - - - - - - - - - - 1.16 - - 1.75 1.41 1.21 1.06 - - - 1.43 1.2 - - - - 2.03 1.88 1.62 1.81
- - - - - - - - - - - - 2.9 - - 2.72 1.43 - 1.63 - - - 1.71 1.29 - - - - 1.3 0.41 0.48 0.35
-7.35 - - -5.09 - - - - -3.35 -6.22 - - 1.57 -3.58 -3.21 1.75 0.71 1.06 1.63 -4.76 - - 1.23 1.36 -2.76 - - - 1.68 1.3 1.87 2.04
- - - - - - - - - - - - 1.93 - - 2.17 0.9 0.85 2.02 -5.69 -3.41 - 1.95 2.27 -2.37 - - - 0.98 0.93 0.59 0.68
0.09 0.02 0.15 0.33 0.53 0.01 -0.13 -0.14 0.01 -0.13 0.15 0.06 0.89 0.29 0.8 1.08 0.04 -0.18 0.23 -4.93 -2.86 -1.85 0.3 0.17 -2.11 -0.01 -0.53 -0.41 -0.01 0.08 -0.22 -0.28
-0.57 -0.51 -0.56 -0.68 -0.39 -0.65 -0.59 -0.37 -0.24 -0.06 -0.15 -0.4 0.76 -1.18 -0.94 0.94 0.11 0.57 0.61 -1.88 -1.28 -0.22 0.7 0.62 0.19 0.45 -0.81 -0.76 0.8 0.73 0.11 0.58
-0.08 -0.33 -0.71 -0.7 -0.7 -0.45 -0.87 -0.86 -0.7 -0.57 -0.56 -0.46 1.13 0.05 -0.64 1.06 0.55 1.52 0.63 -0.57 -0.75 -3.09 -0.13 0.39 -1.07 -1.79 -1.94 -2.03 0.77 0.58 0.97 1.03
-0.29 -0.16 -0.28 -0.34 -0.29 -0.24 -0.38 -0.21 -0.39 -0.11 -0.21 -0.58 0.43 0.39 0.09 0.97 0.09 0.36 0.78 -0.97 -0.79 -1.44 0.44 0.36 -0.05 -0.25 -0.39 -0.28 0.45 0.41 0.23 0.05
-0.84 -1.07 -0.98 -1.1 -0.94 -0.97 -1.03 -0.86 -0.8 -0.55 -0.52 -0.67 1.32 -0.29 -1.18 1.38 -0.18 0.72 0.88 -0.59 -1.48 -1.04 0.56 0.7 -1.08 1.16 -0.31 -0.81 0.32 0.58 0.55 0.78
0.0 -0.17 -0.31 -0.21 -0.25 -0.06 -0.04 -0.02 0.06 0.11 0.0 0.03 0.83 0.56 -0.58 0.53 -0.16 0.1 0.53 -8.23 -6.96 - 0.6 0.76 -3.75 0.53 -0.01 0.08 0.32 0.35 0.08 0.51
-1.19 -0.65 -0.61 -0.73 -0.48 -0.14 -0.75 -1.18 -0.77 -0.88 -1.28 -1.61 1.43 1.88 -3.72 1.64 0.06 1.16 -1.16 -3.39 -0.77 -6.41 1.96 1.2 -1.17 -3.59 -2.12 -1.67 -0.12 -0.01 -0.35 0.28
-0.52 -0.14 -0.18 -0.03 0.08 -0.28 0.29 -0.4 0.24 0.04 -0.06 0.02 0.97 -0.33 0.7 0.77 0.45 -0.16 0.89 - - - 0.77 0.52 -2.6 -1.57 -0.66 -2.07 0.69 0.64 0.28 0.47
0.06 -0.21 -0.62 -0.22 -0.07 -0.2 -0.42 -0.4 -0.69 -0.15 -0.34 -0.36 0.6 0.18 0.59 1.14 0.2 0.99 0.56 -2.0 -2.23 0.75 0.08 0.26 0.03 -0.75 -0.94 -0.97 0.46 0.32 -0.46 -0.29
- - - - - - - - - - - - 2.37 - - 2.9 0.59 -0.1 1.3 - -2.24 - 1.44 1.9 - - - - 0.71 1.29 0.82 0.97
0.49 1.1 -0.21 0.28 0.0 0.32 -1.44 -1.11 -1.15 -1.36 -2.85 0.4 0.7 -1.13 -1.11 1.32 0.08 0.9 2.26 - -1.84 - 0.44 0.01 -2.08 -1.51 - -1.9 0.57 0.46 0.35 -0.65
- - - - - - - - - - - - 2.17 - - 2.35 0.85 -0.11 1.13 -1.51 -0.04 -2.37 1.67 1.81 1.95 - - - 0.66 0.9 -0.27 0.2
- - - - - - - - - - - - 2.17 - - 2.35 0.85 -0.11 1.13 -1.51 -0.04 -2.37 1.67 1.81 1.95 - - - 0.66 0.9 -0.27 0.2
-0.62 -1.24 -0.92 -0.75 -0.93 -1.42 -0.34 -0.36 -0.59 0.31 -0.3 -0.45 1.15 -1.92 -2.47 1.18 -0.02 0.43 1.05 - - - 0.97 0.97 -5.07 -0.62 -0.86 -0.99 1.25 1.09 1.06 1.2
- - - - - - - - - - - - 1.09 - - 1.35 1.0 1.08 1.43 -2.39 -1.76 -2.12 1.56 1.8 -2.05 - - - 1.67 1.4 1.63 2.07
-0.24 0.02 -0.23 -0.46 -1.04 -0.82 -0.85 -0.88 -0.64 -0.39 -0.58 -0.21 0.53 0.38 -2.5 0.72 0.6 1.57 -0.32 -3.08 -0.33 -2.75 1.4 1.32 -1.38 -2.25 -1.52 -1.45 0.99 0.85 0.1 0.33
-3.47 -4.11 -5.31 -4.22 -6.19 -4.92 -4.57 -5.32 -4.25 -4.23 -4.69 -3.12 1.41 -1.33 -2.75 1.16 -0.23 0.7 0.85 -1.85 -2.48 - 1.94 2.07 -0.95 - -5.83 -3.42 1.06 1.06 2.05 2.07
- - - - - - - - - - - - 0.18 - - 1.22 1.75 1.61 1.52 - - -4.89 1.88 1.69 - - - - 1.91 1.73 1.53 1.25
- - - - - - - - - - - - 1.08 - - 2.01 1.66 2.33 1.47 -3.14 -2.28 - 1.56 1.38 -3.14 - - - 1.62 1.45 0.76 0.51
-4.45 -2.76 -3.35 -4.61 - - - -3.29 -3.14 - -4.71 -4.62 1.07 -4.63 -3.65 0.75 1.07 2.28 1.16 -0.54 0.23 -0.4 1.4 1.49 0.65 - - - 1.26 1.3 0.76 1.07
-1.46 -3.73 -2.39 -1.49 -2.53 -2.52 -2.73 -3.99 -3.93 -1.66 -1.3 -1.35 1.5 -3.39 -4.3 1.59 0.7 1.7 0.84 -2.53 -2.25 - 1.51 1.06 -0.77 -0.89 -0.65 - 1.7 0.9 1.49 0.69
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- - - - - - - - - - - - 1.57 - - 1.93 0.98 1.24 2.0 - - - 1.64 1.32 - - - - 1.31 1.11 1.74 1.71
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- - - - - - - - - - - - 2.28 - - 1.36 0.82 0.58 -0.72 -10.74 -6.43 - 2.19 3.04 - - - - 1.16 1.04 1.08 0.58
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-2.99 -2.16 -2.77 -2.03 -1.97 -1.87 -1.96 -2.17 -2.65 -2.4 -1.99 -1.91 0.71 -0.17 -0.15 1.08 0.73 1.49 0.88 -0.48 -0.51 0.63 1.09 1.08 -0.69 0.32 0.33 0.18 0.74 0.68 0.45 0.51
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-0.18 -0.29 -0.72 -0.36 -0.52 -0.27 -0.21 0.19 0.32 0.17 -0.01 -0.02 -0.49 -1.08 -0.11 0.74 0.13 -0.23 0.67 -2.32 -2.46 -1.7 0.02 0.21 0.34 0.61 0.5 0.67 0.52 0.52 -0.01 0.25
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- - - - - - - - - - - - 1.18 - - 1.56 1.25 1.37 1.75 - - -0.12 1.27 1.1 -1.82 - - - 1.69 1.5 1.7 1.76
0.02 -0.04 -0.11 -0.1 0.09 -0.13 -0.01 0.1 -0.07 0.14 -0.07 -0.15 0.98 -0.2 -0.51 1.03 0.07 -0.31 0.82 - -7.4 - 0.3 0.28 -5.13 0.39 -0.14 -0.0 0.55 0.33 0.43 0.31
0.24 -0.05 -0.68 0.28 0.26 -0.13 -0.52 -1.33 -0.78 -0.65 -0.62 -0.64 0.42 1.24 -0.3 0.96 0.99 1.34 1.3 -5.09 - - 0.07 -0.34 - -1.69 -1.15 -2.16 0.37 0.16 1.08 0.55
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-0.22 -0.41 -0.07 -0.09 0.08 -0.17 -0.71 -0.6 -0.52 -0.39 -0.38 -0.78 1.81 0.83 -1.11 1.72 -1.05 -0.89 0.92 0.02 -3.79 - 0.09 0.64 0.01 -0.48 -0.28 -0.34 -0.41 -0.2 -0.1 -0.14
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0.13 -0.38 -0.02 -0.11 -0.74 -0.17 -0.31 0.41 0.54 0.38 0.24 0.59 1.17 0.36 -0.99 0.57 -0.36 -0.13 0.24 - -2.98 - 0.5 0.64 -2.72 -0.4 -0.58 -0.9 0.75 0.8 -0.35 0.42

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.