Heatmap: Cluster_68 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo101058	0.51	0.47	0.49	0.48	0.51	0.53	0.52	0.59	0.55	0.58	0.55	0.48	0.6	0.64	0.66	0.72	0.38	0.29	0.65	1.0	0.32	0.27	0.47	0.49	0.84	0.66	0.57	0.53	0.44	0.46	0.47	0.43
Smo102729	0.45	0.5	0.47	0.51	0.51	0.63	0.51	0.46	0.48	0.46	0.48	0.35	0.47	0.29	0.62	0.52	0.39	0.45	0.47	1.0	0.67	0.53	0.5	0.48	0.22	0.23	0.41	0.45	0.49	0.54	0.24	0.27
Smo110695	0.02	0.02	0.04	0.03	0.04	0.06	0.04	0.02	0.02	0.06	0.02	0.02	0.01	0.02	0.22	0.03	0.03	0.04	1.0	0.3	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01
Smo115915	0.14	0.2	0.18	0.2	0.13	0.21	0.14	0.11	0.13	0.14	0.14	0.12	0.0	0.03	0.02	0.01	0.19	0.13	0.45	1.0	0.26	0.12	0.02	0.01	0.06	0.02	0.07	0.07	0.06	0.11	0.05	0.04
Smo116019	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.05	0.05	0.02	0.01	0.03	0.06	0.02	0.02	0.02	0.33	0.04	0.04	0.01	0.04	1.0	0.0	0.08	0.02	0.0	0.08	0.0	0.04	0.04	0.03	0.03	0.02	0.02
Smo141552	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.01	1.0	0.91	0.47	0.11	0.0	0.01	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo152207	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.16	0.0	0.0	0.17	0.14	0.2	0.14	1.0	0.15	0.7	0.11	0.13	0.03	0.0	0.0	0.0	0.13	0.13	0.17	0.19
Smo153168	0.24	0.18	0.2	0.23	0.12	0.19	0.15	0.18	0.18	0.22	0.14	0.19	0.44	0.18	0.03	0.86	0.13	0.05	0.42	1.0	0.35	0.0	0.16	0.07	0.46	0.71	0.27	0.42	0.2	0.16	0.1	0.07
Smo164163	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	1.0	0.38	0.11	0.1	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	0.01	0.0	0.01
Smo16705	0.1	0.1	0.07	0.05	0.06	0.05	0.05	0.03	0.03	0.03	0.07	0.05	0.06	0.19	0.21	0.17	0.25	0.32	1.0	0.7	0.58	0.06	0.23	0.25	0.14	0.32	0.11	0.14	0.27	0.3	0.25	0.54
Smo19054	0.13	0.14	0.15	0.15	0.13	0.14	0.18	0.17	0.17	0.2	0.21	0.19	0.28	0.11	0.3	0.3	0.25	0.34	0.51	1.0	0.21	0.66	0.26	0.28	0.03	0.24	0.05	0.03	0.3	0.29	0.33	0.35
Smo402069	0.12	0.09	0.08	0.1	0.07	0.08	0.08	0.07	0.1	0.11	0.14	0.13	0.07	0.1	0.14	0.09	0.05	0.02	1.0	0.48	0.15	0.26	0.06	0.09	0.19	0.11	0.07	0.06	0.06	0.07	0.08	0.07
Smo403712	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.04	0.03	0.04	0.04	0.05	0.03	0.06	0.43	0.35	0.05	0.03	0.04	0.04	1.0	0.13	0.26	0.02	0.05	0.18	0.04	0.1	0.12	0.03	0.03	0.01	0.01
Smo403897	0.04	0.03	0.05	0.04	0.04	0.04	0.05	0.03	0.05	0.04	0.06	0.04	0.0	0.01	0.05	0.01	0.02	0.01	0.07	1.0	0.3	0.15	0.0	0.0	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01
Smo405132	0.01	0.02	0.02	0.05	0.04	0.08	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.03	0.55	0.04	0.06	0.02	0.21	1.0	0.0	0.03	0.0	0.02	0.0	0.03	0.26	0.15	0.02	0.02	0.03	0.02
Smo406649	0.05	0.06	0.09	0.1	0.13	0.07	0.06	0.08	0.11	0.06	0.06	0.07	0.22	0.04	0.2	0.23	0.07	0.03	0.1	1.0	0.04	0.3	0.03	0.04	0.08	0.22	0.09	0.08	0.04	0.06	0.03	0.04
Smo407272	0.02	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.02	0.0	0.02	0.01	0.0	0.0	0.01	0.02	0.0	1.0	0.5	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01
Smo407463	0.27	0.12	0.05	0.15	0.05	0.03	0.15	0.03	0.07	0.07	0.15	0.18	0.48	0.03	0.09	0.18	0.06	0.04	0.35	1.0	0.11	0.0	0.02	0.02	0.18	0.52	0.23	0.41	0.01	0.05	0.01	0.01
Smo407636	0.09	0.18	0.19	0.21	0.09	0.0	0.16	0.16	0.07	0.21	0.05	0.06	0.04	0.11	1.0	0.07	0.06	0.0	0.28	0.71	0.0	0.41	0.1	0.04	0.08	0.16	0.21	0.35	0.1	0.06	0.08	0.09
Smo409317	0.06	0.09	0.03	0.04	0.08	0.08	0.08	0.03	0.07	0.12	0.08	0.06	0.05	0.07	1.0	0.07	0.06	0.06	0.23	0.98	0.04	0.0	0.02	0.03	0.12	0.07	0.06	0.0	0.05	0.05	0.04	0.03
Smo409950	0.09	0.06	0.06	0.08	0.08	0.1	0.09	0.08	0.12	0.1	0.12	0.08	0.08	0.08	0.17	0.21	0.09	0.09	1.0	0.3	0.15	0.14	0.03	0.04	0.17	0.1	0.09	0.08	0.13	0.15	0.16	0.2
Smo412661	0.05	0.03	0.02	0.04	0.03	0.01	0.03	0.05	0.03	0.03	0.04	0.05	0.04	0.02	0.01	0.05	0.09	0.09	0.1	1.0	0.03	0.48	0.13	0.1	0.07	0.06	0.11	0.11	0.11	0.09	0.05	0.04
Smo412678	0.14	0.16	0.12	0.16	0.08	0.24	0.15	0.17	0.21	0.2	0.14	0.14	0.07	0.15	0.89	0.08	0.09	0.08	0.46	1.0	0.81	0.05	0.05	0.15	0.33	0.12	0.24	0.24	0.09	0.08	0.08	0.11
Smo413037	0.04	0.04	0.02	0.02	0.05	0.09	0.06	0.06	0.01	0.02	0.1	0.03	0.1	0.08	0.53	0.02	0.01	0.01	0.02	1.0	0.46	0.63	0.01	0.01	0.04	0.04	0.02	0.0	0.04	0.08	0.04	0.02
Smo414101	0.07	0.06	0.07	0.03	0.15	0.08	0.05	0.06	0.13	0.11	0.07	0.11	0.01	0.0	0.07	0.02	0.04	0.08	0.29	1.0	0.09	0.18	0.02	0.03	0.01	0.04	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.05
Smo414957	0.03	0.06	0.09	0.07	0.08	0.07	0.08	0.1	0.06	0.05	0.05	0.04	0.06	0.09	0.83	0.09	0.03	0.11	0.22	1.0	0.0	0.0	0.04	0.02	0.05	0.09	0.52	0.48	0.02	0.04	0.03	0.05
Smo415764	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.06	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	1.0	0.26	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo418260	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.0	0.0	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.01	0.0	0.13	1.0	0.3	0.4	0.0	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0
Smo418336	0.01	0.07	0.21	0.04	0.2	0.04	0.0	0.12	0.0	0.0	0.0	0.0	0.19	0.04	0.03	0.17	0.06	0.0	1.0	0.34	0.0	0.0	0.06	0.06	0.14	0.0	0.0	0.0	0.08	0.08	0.2	0.06
Smo418528	0.05	0.03	0.06	0.07	0.04	0.04	0.07	0.04	0.08	0.07	0.06	0.08	0.0	0.0	0.04	0.02	0.03	0.1	1.0	0.24	0.02	0.03	0.05	0.12	0.17	0.06	0.02	0.02	0.03	0.04	0.05	0.05
Smo420682	0.04	0.1	0.15	0.18	0.12	0.12	0.12	0.14	0.11	0.12	0.04	0.1	0.0	0.01	0.15	0.0	0.39	0.0	1.0	0.34	0.1	0.1	0.29	0.26	0.0	0.25	0.3	0.3	0.25	0.25	0.09	0.1
Smo421975	0.01	0.01	0.01	0.04	0.06	0.09	0.01	0.06	0.05	0.03	0.01	0.03	0.0	0.01	0.07	0.01	0.07	0.01	1.0	0.36	0.06	0.02	0.14	0.09	0.07	0.25	0.33	0.28	0.04	0.07	0.06	0.02
Smo426148	0.03	0.02	0.02	0.05	0.09	0.05	0.02	0.03	0.07	0.03	0.02	0.05	0.02	0.02	0.41	0.1	0.05	0.03	0.07	1.0	0.27	0.09	0.02	0.01	0.0	0.03	0.06	0.0	0.0	0.03	0.01	0.01
Smo427005	0.09	0.15	0.14	0.14	0.19	0.1	0.11	0.01	0.14	0.13	0.07	0.13	0.15	0.09	0.56	0.1	0.15	0.15	0.16	1.0	0.0	0.45	0.08	0.07	0.47	0.02	0.24	0.28	0.11	0.18	0.11	0.21
Smo432580	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.72	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo437650	0.01	0.0	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.04	0.02	0.12	0.05	0.06	0.05	0.0	0.02	0.97	1.0	0.83	0.12	0.01	0.03	0.0	0.02	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.01
Smo439471	0.08	0.06	0.05	0.06	0.13	0.16	0.11	0.13	0.12	0.12	0.1	0.08	0.11	0.06	0.24	0.23	0.09	0.09	1.0	0.45	0.14	0.16	0.05	0.03	0.2	0.15	0.11	0.14	0.06	0.07	0.06	0.05
Smo444697	0.25	0.13	0.21	0.21	0.32	0.55	0.72	0.56	0.59	0.5	0.21	0.22	0.18	0.23	0.76	0.28	0.28	0.26	0.82	1.0	0.39	0.42	0.28	0.23	0.26	0.31	0.39	0.58	0.36	0.27	0.43	0.41
Smo54363	0.0	0.0	0.0	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.0	0.02	0.01	0.01	0.12	0.03	0.06	0.05	0.01	0.01	1.0	0.34	0.0	0.03	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01
Smo73774	0.08	0.11	0.1	0.14	0.16	0.16	0.13	0.16	0.13	0.14	0.17	0.11	0.08	0.32	1.0	0.17	0.02	0.32	0.22	0.76	0.02	0.05	0.01	0.01	0.0	0.08	0.17	0.18	0.02	0.03	0.06	0.1
Smo74928	0.35	0.31	0.32	0.3	0.37	0.37	0.34	0.43	0.38	0.41	0.38	0.37	0.49	0.43	0.51	0.43	0.18	0.12	0.49	1.0	0.09	0.22	0.26	0.31	0.42	0.82	0.71	0.58	0.22	0.22	0.22	0.35
Smo75793	0.31	0.39	0.4	0.57	0.49	0.59	0.62	0.54	0.57	0.39	0.37	0.3	0.72	0.72	0.84	0.75	0.49	0.41	0.66	1.0	0.61	0.57	0.59	0.64	0.44	0.33	0.43	0.46	0.53	0.62	0.2	0.19
Smo76510	0.11	0.09	0.15	0.2	0.2	0.36	0.24	0.13	0.21	0.11	0.11	0.1	0.08	0.06	0.58	0.06	0.1	0.06	0.1	1.0	0.61	0.0	0.08	0.06	0.26	0.07	0.32	0.42	0.07	0.1	0.03	0.03
Smo76965	0.04	0.07	0.05	0.06	0.08	0.09	0.07	0.04	0.05	0.04	0.05	0.04	0.09	0.14	0.22	0.17	0.05	0.08	1.0	0.61	0.05	0.12	0.11	0.18	0.07	0.01	0.08	0.05	0.07	0.09	0.2	0.2
Smo78171	0.05	0.03	0.01	0.03	0.03	0.05	0.09	0.07	0.04	0.13	0.04	0.03	0.03	0.07	0.14	0.02	0.05	0.05	0.01	1.0	0.02	0.11	0.02	0.02	0.03	0.01	0.05	0.1	0.06	0.03	0.06	0.06
Smo83360	0.12	0.1	0.08	0.11	0.15	0.12	0.16	0.19	0.17	0.18	0.18	0.16	0.09	0.15	0.51	0.15	0.08	0.09	0.82	1.0	0.05	0.06	0.06	0.07	0.15	0.3	0.49	0.43	0.09	0.09	0.07	0.09
Smo85986	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.01	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.02	0.0	0.03	0.14	0.02	0.0	0.07	1.0	0.97	0.01	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.0	0.0	0.03	0.02	0.03	0.01
Smo88262	0.07	0.06	0.05	0.08	0.07	0.09	0.09	0.03	0.06	0.04	0.07	0.04	0.06	0.06	0.26	0.06	0.1	0.09	0.08	1.0	0.28	0.34	0.05	0.06	0.18	0.05	0.06	0.1	0.07	0.07	0.02	0.02
Smo91791	0.04	0.04	0.06	0.05	0.05	0.06	0.05	0.04	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.03	0.06	0.06	0.06	0.05	0.05	1.0	0.26	0.32	0.05	0.05	0.27	0.03	0.04	0.03	0.05	0.05	0.08	0.08
Smo92029	0.09	0.02	0.02	0.03	0.1	0.08	0.11	0.06	0.02	0.05	0.08	0.04	0.04	0.01	0.33	0.08	0.1	0.04	1.0	0.25	0.18	0.03	0.01	0.01	0.15	0.02	0.03	0.02	0.07	0.05	0.05	0.03
Smo93011	0.12	0.09	0.07	0.1	0.09	0.12	0.12	0.14	0.19	0.13	0.13	0.18	0.3	0.46	0.39	0.49	0.12	0.22	0.16	1.0	0.08	0.04	0.03	0.03	0.09	0.33	0.42	0.26	0.07	0.1	0.06	0.1
Smo93022	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.04	0.03	0.12	0.04	0.03	0.03	0.04	1.0	0.24	0.2	0.03	0.03	0.06	0.01	0.02	0.02	0.04	0.03	0.04	0.05
Smo95560	0.06	0.03	0.01	0.01	0.07	0.01	0.03	0.05	0.03	0.05	0.05	0.07	0.11	0.1	0.22	0.17	0.02	0.0	1.0	0.22	0.0	0.0	0.01	0.01	0.02	0.06	0.0	0.02	0.01	0.01	0.0	0.0
Smo98284	0.07	0.06	0.06	0.07	0.04	0.09	0.08	0.1	0.06	0.08	0.1	0.06	0.42	0.26	0.35	0.42	0.19	0.38	1.0	0.61	0.44	0.21	0.2	0.25	0.15	0.22	0.11	0.08	0.18	0.16	0.14	0.13
Smo99292	0.08	0.15	0.06	0.12	0.19	0.14	0.1	0.13	0.14	0.14	0.11	0.12	0.03	0.01	0.26	0.05	0.06	0.04	0.23	1.0	0.37	0.52	0.07	0.04	0.05	0.05	0.04	0.08	0.06	0.05	0.04	0.01

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)