Heatmap: Cluster_72 (HCCA)

View as: (view raw or zlog-transformed)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are normalized against highest expression of the row)

Gene	Aerial tissue - Light - ZT1	Aerial tissue - Light - ZT3	Aerial tissue - Light - ZT5	Aerial tissue - Light - ZT7	Aerial tissue - Light - ZT9	Aerial tissue - Light - ZT11	Aerial tissue - Dark - ZT1	Aerial tissue - Dark - ZT3	Aerial tissue - Dark - ZT5	Aerial tissue - Dark - ZT7	Aerial tissue - Dark - ZT9	Aerial tissue - Dark - ZT11	Roots	Root elongation and differentiation zone	Root meristematic zone	Aerial roots and rhizophores	Shoot tips	Microphyll	Strobili	Shoot apical meristem - AC	Shoot apical meristem - Core	Shoot apical meristem - P1	Stem - Top	Stem - Bottom	Whole plant	Aerial tissue - Stress - Dark	Aerial tissue - Stress - High light	Aerial tissue - Stress - Cont	Aerial tissue - Stress - 37C 1h	Aerial tissue - Stress - 37C 3h	Aerial tissue - Stress - 4C 1h	Aerial tissue - Stress - 4C 3h
Smo104980	0.18	0.16	0.27	0.27	0.26	0.33	0.39	0.26	0.39	0.29	0.29	0.18	0.71	1.0	0.31	0.27	0.12	0.09	0.02	0.01	0.08	0.0	0.12	0.11	0.08	0.05	0.07	0.09	0.07	0.08	0.25	0.24
Smo114160	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.71	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo118035	0.15	0.16	0.04	0.11	0.02	0.03	0.08	0.1	0.02	0.04	0.14	0.1	0.0	1.0	0.45	0.0	0.03	0.12	0.0	0.0	0.0	0.27	0.03	0.06	0.0	0.03	0.04	0.0	0.01	0.01	0.0	0.0
Smo119243	0.06	0.05	0.02	0.03	0.03	0.01	0.06	0.02	0.01	0.06	0.04	0.02	0.18	1.0	0.4	0.09	0.02	0.18	0.05	0.01	0.0	0.01	0.02	0.06	0.02	0.02	0.01	0.0	0.03	0.03	0.0	0.0
Smo129451	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.25	0.0	0.0	0.0	0.0	0.36	0.0	1.0	0.0	0.0	0.86	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.33	0.0	0.0	0.31
Smo133730	0.01	0.02	0.0	0.0	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.18	1.0	0.32	0.43	0.01	0.54	0.15	0.0	0.03	0.07	0.01	0.05	0.01	0.04	0.17	0.04	0.14	0.33	0.22	0.26
Smo17157	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo267384	0.36	0.32	0.37	0.41	0.38	0.4	0.42	0.45	0.43	0.45	0.41	0.43	0.59	1.0	0.69	0.36	0.33	0.29	0.31	0.25	0.43	0.27	0.42	0.45	0.25	0.31	0.19	0.17	0.33	0.34	0.28	0.33
Smo35960	0.03	0.01	0.22	0.04	0.05	0.05	0.03	0.09	0.02	0.03	0.03	0.02	0.09	0.39	1.0	0.13	0.06	0.07	0.06	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.0	0.0	0.07	0.0	0.04	0.03	0.06	0.05
Smo403841	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo404120	0.02	0.02	0.01	0.0	0.01	0.09	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.08	1.0	0.05	0.09	0.0	0.08	0.03	0.0	0.0	0.0	0.0	0.01	0.0	0.09	0.17	0.0	0.03	0.07	0.09	0.03
Smo406729	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo406775	0.1	0.07	0.08	0.12	0.15	0.06	0.07	0.09	0.11	0.12	0.15	0.12	0.67	1.0	0.67	0.74	0.01	0.0	0.17	0.0	0.0	0.0	0.01	0.01	0.02	0.07	0.08	0.09	0.03	0.05	0.01	0.02
Smo410408	0.04	0.04	0.05	0.08	0.13	0.08	0.11	0.08	0.07	0.08	0.09	0.07	0.31	0.94	1.0	0.49	0.02	0.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.01	0.19	0.09	0.05	0.1	0.14	0.02	0.14	0.02	0.03
Smo410458	0.0	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	1.0	0.74	0.13	0.01	0.0	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.05	0.0	0.01	0.03	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01
Smo410926	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo411202	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.65	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0
Smo411405	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo411805	0.06	0.06	0.07	0.13	0.09	0.07	0.12	0.05	0.08	0.1	0.1	0.11	0.52	0.96	0.98	0.77	0.22	1.0	0.37	0.0	0.01	0.0	0.02	0.1	0.97	0.16	0.04	0.13	0.19	0.16	0.08	0.1
Smo412484	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.27	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo413756	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo414251	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.02	0.48	1.0	0.0	0.0	0.05	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.11	0.01	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo415434	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo416580	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo416786	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo416825	0.0	0.0	0.0	0.01	0.06	0.08	0.12	0.02	0.01	0.01	0.0	0.0	0.01	0.98	1.0	0.05	0.03	0.27	0.12	0.15	0.11	0.08	0.02	0.01	0.05	0.01	0.39	0.08	0.07	0.09	0.16	0.24
Smo417534	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.16	0.0	0.0	0.0	0.0	0.56	0.0	0.23	0.0	0.0	0.2	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo417586	0.1	0.08	0.11	0.11	0.18	0.1	0.09	0.07	0.23	0.07	0.11	0.15	0.31	1.0	0.41	0.43	0.11	0.07	0.05	0.1	0.06	0.0	0.41	0.21	0.03	0.11	0.27	0.29	0.07	0.13	0.1	0.09
Smo417824	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo418199	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.89	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo418583	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.03	0.0	0.0	0.4	1.0	0.52	0.33	0.0	0.0	0.03	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.08	0.0	0.0	0.03	0.03	0.0
Smo419446	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo420143	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo421332	0.13	0.1	0.28	0.1	0.18	0.06	0.01	0.05	0.05	0.07	0.08	0.06	0.0	1.0	0.84	0.1	0.03	0.02	0.04	0.06	0.0	0.61	0.03	0.04	0.11	0.03	0.09	0.08	0.05	0.09	0.05	0.23
Smo421937	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.83	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.26	0.0	0.0	0.74	0.0	0.13	0.13	0.13	0.25
Smo422026	0.23	0.09	0.0	0.0	0.0	0.11	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.2	0.11	0.0	0.16	0.09	0.0	0.0	0.0	0.1	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.09	0.18	0.0	0.0
Smo422111	0.0	0.08	0.13	0.17	0.0	0.16	0.15	0.34	0.0	0.29	0.9	0.16	0.19	0.1	1.0	0.1	0.09	0.0	0.35	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.09	0.0
Smo424577	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo428451	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.48	0.34	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo428571	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.84	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo428640	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo429168	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.07	0.79	1.0	0.0	0.01	0.0	0.15	0.0	0.0	0.45	0.09	0.11	0.29	0.24	0.22	0.0	0.13	0.11	0.03	0.0
Smo429173	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo429274	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo430437	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.58	0.26	0.0	0.0	0.0	0.22	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.43	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo432429	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo441276	0.05	0.04	0.03	0.08	0.14	0.09	0.06	0.06	0.06	0.06	0.09	0.06	0.14	0.62	0.68	0.25	0.23	1.0	0.04	0.0	0.0	0.0	0.01	0.1	0.04	0.05	0.06	0.13	0.15	0.27	0.09	0.13
Smo83018	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.89	0.0	0.0	0.0	0.0	0.55	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
Smo84864	0.05	0.07	0.06	0.07	0.12	0.08	0.07	0.04	0.07	0.05	0.09	0.06	0.13	0.65	1.0	0.23	0.04	0.07	0.09	0.0	0.0	0.0	0.18	0.35	0.02	0.07	0.21	0.06	0.06	0.1	0.16	0.23
Smo91192	0.35	0.25	0.2	0.36	0.4	0.47	0.28	0.34	0.25	0.37	0.27	0.32	0.03	0.88	1.0	0.11	0.24	0.11	0.2	0.35	0.18	0.61	0.07	0.06	0.18	0.1	0.33	0.36	0.17	0.15	0.11	0.12
Smo97913	0.05	0.06	0.08	0.08	0.06	0.07	0.07	0.04	0.07	0.06	0.07	0.06	0.05	0.61	1.0	0.06	0.01	0.01	0.07	0.25	0.01	0.09	0.01	0.06	0.01	0.05	0.16	0.03	0.02	0.07	0.03	0.03
Smo98543	0.05	0.05	0.0	0.02	0.04	0.03	0.09	0.06	0.04	0.02	0.05	0.03	0.05	1.0	0.31	0.08	0.07	0.27	0.19	0.01	0.0	0.17	0.02	0.08	0.01	0.01	0.0	0.02	0.04	0.06	0.01	0.0
Smo98674	0.13	0.15	0.11	0.09	0.04	0.1	0.15	0.09	0.11	0.09	0.16	0.08	0.13	1.0	0.74	0.16	0.19	0.15	0.13	0.03	0.05	0.34	0.03	0.09	0.04	0.11	0.04	0.06	0.04	0.06	0.02	0.02

Details

Expression values normalized per gene (using the maximum value, Green cells indicate low expression and red high. (Dark gray cells indicate missing values)